PDB-6hqq: Crystal structure of GcoA F169A bound to syringol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hqq

タイトル

Crystal structure of GcoA F169A bound to syringol

要素

Cytochrome P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytochrome / P450 / lignin.

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / catabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Mallinson, S.J.B. / Hinchen, D.J. / Allen, M.D. / Johnson, C.W. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国,

米国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/P011918/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/L001926/1	英国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC36-08GO28308	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Enabling microbial syringol conversion through structure-guided protein engineering.
著者: Machovina, M.M. / Mallinson, S.J.B. / Knott, B.C. / Meyers, A.W. / Garcia-Borras, M. / Bu, L. / Gado, J.E. / Oliver, A. / Schmidt, G.P. / Hinchen, D.J. / Crowley, M.F. / Johnson, C.W. / ...

履歴

登録	2018年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hqq.cif.gz	199.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hqq.ent.gz	157.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/6hqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/6hqq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hqkC 6hqlC 6hqmC 6hqnC 6hqoC 6hqpC 6hqrC 6hqsC 6hqtC 5ncbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ncb-d 6hqr-d 6hqn-d 6ycn-d 6ycl-d 6yci-d 6ycp-d 5oms-d 4g47-d 6ych-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450

ヘテロ分子

46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.074, 104.074, 116.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-638- HOH
2	1	A-1045- HOH
3	1	A-1107- HOH
4	1	A-1108- HOH

#1: タンパク質	Cytochrome P450 分子量: 45222.516 Da / 分子数: 1 / 変異: F169A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア) 遺伝子: AMETH_3834 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076MY51, UniProt: P0DPQ7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-3DM / 2,6-dimethoxyphenol / 2,6-ジメトキシフェノ-ル分子量: 154.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.62 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium malonate, HEPES, syringol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→77.49 Å / Num. obs: 75469 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.66→1.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC_1/2: 0.794

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NCB

5ncb

解像度: 1.66→73.591 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.57

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1909	3798	5.03 %
R_work	0.1676	-	-
obs	0.1688	75469	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→73.591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3152	0	54	545	3751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3302
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	4527
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.473	1930
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	598

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6601-1.6811	0.3748	145	0.3303	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6811-1.7032	0.3576	137	0.3334	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7032-1.7265	0.3351	121	0.3129	2582	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7265-1.7512	0.3249	131	0.2891	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7512-1.7774	0.3445	122	0.2737	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7774-1.8051	0.2831	157	0.258	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8051-1.8347	0.2796	137	0.2459	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8347-1.8664	0.2501	115	0.2296	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8664-1.9003	0.2791	142	0.2222	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9003-1.9369	0.2303	147	0.2156	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9369-1.9764	0.2515	151	0.2018	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9764-2.0194	0.2243	136	0.1881	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0194-2.0664	0.2088	148	0.187	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0664-2.118	0.1972	154	0.1711	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.118-2.1753	0.1942	145	0.1614	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1753-2.2393	0.1835	157	0.1532	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2393-2.3116	0.1813	145	0.1543	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3116-2.3942	0.1911	156	0.1519	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3942-2.4901	0.1881	139	0.1582	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4901-2.6034	0.1856	136	0.1626	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6034-2.7407	0.2169	135	0.1752	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7407-2.9124	0.2144	141	0.1828	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9124-3.1373	0.1776	136	0.1662	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1373-3.453	0.1781	133	0.1489	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.453-3.9526	0.1386	142	0.1227	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9526-4.9797	0.1308	134	0.1169	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9797-73.6638	0.154	156	0.1595	2903	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 47.1077 Å / Origin y: 80.4621 Å / Origin z: 42.1991 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1543 Å²	0.0308 Å²	-0.0081 Å²	-	0.1558 Å²	-0.0314 Å²	-	-	0.159 Å²
L	0.7152 °²	-0.1449 °²	-0.1238 °²	-	0.5017 °²	0.2252 °²	-	-	0.5654 °²
S	-0.0652 Å °	-0.0908 Å °	0.1375 Å °	0.0738 Å °	0.1036 Å °	-0.0884 Å °	0.0606 Å °	0.0738 Å °	0.0291 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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