PDB-6hql: Crystal structure of GcoA F169H bound to guaiacol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hql

タイトル

Crystal structure of GcoA F169H bound to guaiacol

要素

Cytochrome P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytochrome / P450 / lignin.

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / : / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Mallinson, S.J.B. / Hinchen, D.J. / Allen, M.D. / Johnson, C.W. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国,

米国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/P011918/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BB/L001926/1	英国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC36-08GO28308	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Enabling microbial syringol conversion through structure-guided protein engineering.
著者: Machovina, M.M. / Mallinson, S.J.B. / Knott, B.C. / Meyers, A.W. / Garcia-Borras, M. / Bu, L. / Gado, J.E. / Oliver, A. / Schmidt, G.P. / Hinchen, D.J. / Crowley, M.F. / Johnson, C.W. / ...

履歴

登録	2018年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hql.cif.gz	191.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hql.ent.gz	151.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hql.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hql_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hql_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6hql_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	6hql_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/6hql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/6hql	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hqkC 6hqmC 6hqnC 6hqoC 6hqpC 6hqqC 6hqrC 6hqsC 6hqtC 5ncbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gr6-2 5oe7-d 7ao7-4 5ik1-d 6yct-d 2zqx-2 1phc-d 6ycj-d 2cpp-d 3tgr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450

ヘテロ分子

46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.986, 101.986, 109.905
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-629- HOH
2	1	A-1006- HOH

#1: タンパク質	Cytochrome P450 分子量: 45289.582 Da / 分子数: 1 / 変異: F169H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア) 遺伝子: AMETH_3834 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076MY51, UniProt: P0DPQ7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-JZ3 / Guaiacol / 2-methoxyphenol / グアイアコ-ル分子量: 124.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.02 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium malonate, HEPES, guaiacol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→60.29 Å / Num. obs: 93998 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.49→1.53 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NCB

5ncb

解像度: 1.49→50.993 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1984	4576	4.87 %
R_work	0.1744	-	-
obs	0.1756	93998	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→50.993 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3157	0	52	443	3652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3306
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.371	4532
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.691	1188
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.108	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	599

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4899-1.5068	0.38	147	0.334	2831	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5068-1.5245	0.356	132	0.3158	2922	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5245-1.5431	0.3317	136	0.3028	2918	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5431-1.5626	0.3443	150	0.301	2930	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5626-1.5832	0.3357	174	0.2895	2861	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5832-1.6049	0.3299	146	0.2797	2934	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6049-1.6278	0.2568	143	0.2566	2913	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6278-1.6521	0.2898	134	0.245	2957	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6521-1.6779	0.289	160	0.2393	2941	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6779-1.7055	0.2366	163	0.2388	2908	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7055-1.7349	0.2586	125	0.2091	2957	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7349-1.7664	0.2278	160	0.2099	2956	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7664-1.8004	0.2145	140	0.1912	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8004-1.8371	0.2042	148	0.1791	2963	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8371-1.8771	0.2001	164	0.1757	2945	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8771-1.9208	0.1803	138	0.1748	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9208-1.9688	0.2031	158	0.1615	2968	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9688-2.022	0.1959	167	0.1563	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.022-2.0815	0.1798	149	0.1496	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0815-2.1487	0.1535	171	0.1441	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1487-2.2255	0.1634	173	0.1409	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2255-2.3146	0.1731	147	0.1502	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3146-2.42	0.1635	154	0.1531	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.5475	0.1911	150	0.1619	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5475-2.7071	0.1833	172	0.1747	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7071-2.9161	0.2051	191	0.1751	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9161-3.2096	0.2023	117	0.1658	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2096-3.6739	0.1557	131	0.1444	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6739-4.6282	0.1568	177	0.1396	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6282-51.0229	0.2291	159	0.1894	3295	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 46.3956 Å / Origin y: 77.9497 Å / Origin z: 41.5313 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.122 Å²	0.0056 Å²	-0.001 Å²	-	0.1119 Å²	-0.0038 Å²	-	-	0.1258 Å²
L	0.5248 °²	0.0967 °²	-0.0376 °²	-	0.3653 °²	0.1094 °²	-	-	0.6499 °²
S	-0.0174 Å °	-0.0295 Å °	-0.0126 Å °	0.0393 Å °	0.0202 Å °	-0.0309 Å °	0.0227 Å °	0.0676 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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