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- PDB-6hq8: Bacterial beta-1,3-oligosaccharide phosphorylase from GH149 with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hq8
タイトルBacterial beta-1,3-oligosaccharide phosphorylase from GH149 with laminarihexaose bound at a surface site
要素Beta-1,3-oligosaccharide phosphorylase
キーワードHYDROLASE / Beta-1 / 3-oligosaccharide phosphorylase / Glycosyl hydrolase family 149 / oligosaccharide synthesis / oligosaccharide surface binding site
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Kuhaudomlarp, S. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Field, R.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004561/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilBB/M02903411 英国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: The structure of a GH149 beta-(1 → 3) glucan phosphorylase reveals a new surface oligosaccharide binding site and additional domains that are absent in the disaccharide-specific ...タイトル: The structure of a GH149 beta-(1 → 3) glucan phosphorylase reveals a new surface oligosaccharide binding site and additional domains that are absent in the disaccharide-specific GH94 glucose-beta-(1 → 3)-glucose (laminaribiose) phosphorylase.
著者: Kuhaudomlarp, S. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Field, R.A.
履歴
登録2018年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-oligosaccharide phosphorylase
B: Beta-1,3-oligosaccharide phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,87123
ポリマ－268,4252
非ポリマー3,44621
水12,592699
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17210 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area77790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.129, 158.756, 178.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 19 - 1156 / Label seq-ID: 38 - 1175

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Beta-1,3-oligosaccharide phosphorylase


分子量: 134212.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Metagenomic database from Prozomix Ltd / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1_d3-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 718分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: Null

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→66.41 Å / Num. obs: 134201 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 1808389
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.25-2.2913.62.02465120.6370.5692.103100
12.32-66.4111.50.0289380.9990.0090.02998.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6HQ6

6hq6


解像度: 2.25→66.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 12.839 / SU ML: 0.159 / SU R Cruickshank DPI: 0.2495 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.192
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2173 6752 5 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1817 127355 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.25 Å2 / Biso mean: 56.814 Å2 / Biso min: 12.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å20 Å20 Å2
2--1.51 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→66.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17973 0 222 730 18925
Biso mean--63.41 47.63 -
残基数----2276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01418614
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01716201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.64825232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8911.64337860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.54152278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98223.959970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.169153058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1361567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.22478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0220935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023641
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 37838 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 530 -
Rwork0.278 9234 -
all-9764 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5734-0.13990.04520.7851-0.32260.69490.0072-0.04910.03220.0784-0.0215-0.0048-0.04980.03170.01430.012-0.00550.02190.0067-0.00750.167356.294331.408223.2768
20.60110.1020.29770.4585-0.231.28-0.0209-0.1440.1490.3088-0.0477-0.0906-0.17460.18140.06860.2530.0315-0.05560.15780.04950.410686.70819.570262.4745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 1156
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 1156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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