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万見
- PDB-6hpj: Structure of human SRSF1 RRM1 bound to AACAAA RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hpj
タイトルStructure of human SRSF1 RRM1 bound to AACAAA RNA
要素
  • Immunoglobulin G-binding protein G,Serine/arginine-rich splicing factor 1
  • RNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / splicing / SR protein / SRSF1 / RRM / spinal muscular atrophy / SMA / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to P-body / DNA topoisomerase binding / RS domain binding / protein kinase B binding / interleukin-17-mediated signaling pathway / mRNA splice site recognition / alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 3'-end processing / mRNA stabilization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript ...protein localization to P-body / DNA topoisomerase binding / RS domain binding / protein kinase B binding / interleukin-17-mediated signaling pathway / mRNA splice site recognition / alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 3'-end processing / mRNA stabilization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / IgG binding / RNA Polymerase II Transcription Termination / signal transduction involved in regulation of gene expression / regulation of RNA splicing / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA Splicing - Minor Pathway / oligodendrocyte differentiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / protein localization to nucleus / mRNA transport / cardiac muscle contraction / catalytic step 2 spliceosome / liver regeneration / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / nuclear envelope / in utero embryonic development / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / SRSF1, RNA recognition motif 1 / : / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide ...: / SRSF1, RNA recognition motif 1 / : / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Immunoglobulin G-binding protein G / Serine/arginine-rich splicing factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. group G (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Allain, F.T.H. / Clery, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of SRSF1 RRM1 bound to RNA reveals an unexpected bimodal mode of interaction and explains its involvement in SMN1 exon7 splicing.
著者: Clery, A. / Krepl, M. / Nguyen, C.K.X. / Moursy, A. / Jorjani, H. / Katsantoni, M. / Okoniewski, M. / Mittal, N. / Zavolan, M. / Sponer, J. / Allain, F.H.
履歴
登録2018年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Immunoglobulin G-binding protein G,Serine/arginine-rich splicing factor 1
A: RNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8632
ポリマ－19,8632
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: ITC and NMR
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1780 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5910 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G,Serine/arginine-rich splicing factor 1 / IgG-binding protein G / Alternative-splicing factor 1 / ASF-1 / Splicing factor / arginine/serine- ...IgG-binding protein G / Alternative-splicing factor 1 / ASF-1 / Splicing factor / arginine/serine-rich 1 / pre-mRNA-splicing factor SF2 / P33 subunit


分子量: 17956.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GB1 tag followed by 6His tag and SRSF1 RRM1 from amino acid 1 to 97,GB1 tag followed by 6His tag and SRSF1 RRM1 from amino acid 1 to 97
由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: spg, SRSF1, ASF, SF2, SF2P33, SFRS1, OK/SW-cl.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909, UniProt: Q07955
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1906.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA molecule / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic42D NOESY
122isotropic33D 1H-15N NOESY
133isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
143isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 15N] SRSF1 RRM1, 0.5 mM RNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3'), 100% D2O20mM NaHPO4 pH7, 50mM Arg, 50mM Glu, 0.05% beta-mercaptoethanolsample1100% D2O
solution20.5 mM [U-99% 15N] SRSF1 RRM1, 0.5 mM NA RNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3'), 90% H2O/10% D2O20mM NaHPO4 pH7, 50mM Arg, 50mM Glu, 0.05% beta-mercaptoethanolsample290% H2O/10% D2O
solution30.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SRSF1 RRM1, 0.5 mM NA RNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3'), 90% H2O/10% D2O20mM NaHPO4 pH7, 50mM Arg, 50mM Glu, 0.05% beta-mercaptoethanolsample390% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMSRSF1 RRM1[U-99% 15N]1
0.5 mMRNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3')natural abundance1
0.5 mMSRSF1 RRM1[U-99% 15N]2
0.5 mMRNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3')NA2
0.5 mMSRSF1 RRM1[U-99% 13C; U-99% 15N]3
0.5 mMRNA (5'-R(*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3')NA3
試料状態詳細: 20mM NaHPO4 pH7, 50mM Arg, 50mM Glu, 0.05% beta-mercaptoethanol
イオン強度: 120 mM / Label: sample / pH: 7 Not defined / 圧: atmospheric atm / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker 500 AVIIIBruker500 AVIII5001
Bruker 600 AVIIIBruker600 AVIII6002
Bruker 700 AVIIIBruker700 AVIII7003
b 900 AVIIIb900 AVIII9004

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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