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万見
- PDB-6hos: Structure of the KpFlo2 adhesin domain in complex with glycerol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hos
タイトルStructure of the KpFlo2 adhesin domain in complex with glycerol
要素
  • BA75_04148T0
  • Expression tag from chain B, or symmetry related chain
キーワードCELL ADHESION / C-type lectin / Komagataella pastoris / cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


fungal-type cell wall / cell adhesion molecule binding / cell-cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Agglutinin-like protein / GLEYA adhesin domain / GLEYA domain / Jelly Rolls - #1560 / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Komagataella pastoris (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Essen, L.-O. / Kock, M. / Veelders, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationES152/10 ドイツ
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018
タイトル: Structural and Functional Characterization of PA14/Flo5-Like Adhesins FromKomagataella pastoris.
著者: Kock, M. / Bruckner, S. / Wozniak, N. / Maestre-Reyna, M. / Veelders, M. / Schlereth, J. / Mosch, H.U. / Essen, L.O.
履歴
登録2018年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BA75_04148T0
B: BA75_04148T0
C: Expression tag from chain B, or symmetry related chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,01322
ポリマ－55,8343
非ポリマー2,18019
水3,801211
1
A: BA75_04148T0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,37910
ポリマ－27,2691
非ポリマー1,1109
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
2
B: BA75_04148T0
C: Expression tag from chain B, or symmetry related chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,63512
ポリマ－28,5652
非ポリマー1,07010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.943, 103.186, 72.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 BA75_04148T0


分子量: 27268.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類) / 遺伝子: ATY40_BA7504148 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 Express / 参照: UniProt: A0A1B2JGH2
#2: タンパク質・ペプチド Expression tag from chain B, or symmetry related chain


分子量: 1296.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 Express

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非ポリマー , 6種, 230分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30 mg/ml protein, 20 mM MgCl2, 200 mM sodium cacodylate, 50% (V/v) PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月25日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40.67 Å / Num. obs: 29204 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A3L

5a3l


解像度: 2.15→39.409 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.65 / 位相誤差: 21.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1989 1005 3.44 %
Rwork0.1724 --
obs0.1734 29182 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→39.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3461 0 139 211 3811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043779
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6095125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2282187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.26340.28311340.23724021X-RAY DIFFRACTION100
2.2634-2.40520.25271340.21114040X-RAY DIFFRACTION100
2.4052-2.59080.21141340.18394004X-RAY DIFFRACTION100
2.5908-2.85150.23182010.17973963X-RAY DIFFRACTION100
2.8515-3.26390.17571340.15364038X-RAY DIFFRACTION100
3.2639-4.11150.14821340.14384018X-RAY DIFFRACTION100
4.1115-39.41540.20951340.17744093X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.76090.7255-0.40132.56890.05333.3464-0.23910.02070.28790.1723-0.0580.0907-0.1808-0.00110.21380.1956-0.03920.0010.2141-0.00640.309532.367987.477824.1684
22.96591.09220.50732.75290.15232.1224-0.22730.19230.0408-0.29020.20350.0474-0.08680.02360.00770.2797-0.09130.0130.24770.02530.200333.530783.877815.8941
32.73760.320.75262.8905-0.16092.6662-0.10290.0924-0.250.13160.0361-0.15180.1609-0.10070.10350.2207-0.0649-0.00420.2217-0.01040.307117.946954.352124.5635
41.76080.6077-0.13282.656-0.18621.5073-0.16690.2451-0.079-0.23220.14610.27520.02-0.26880.04220.2628-0.1072-0.01620.2638-0.02750.25610.537355.839415.7594
51.15940.64790.14662.3239-0.25231.9515-0.05730.0146-0.3316-0.0830.0432-0.30630.08950.0990.06370.2309-0.06310.0060.2806-0.02080.28824.457257.571221.9949
62.76281.5969-0.39032.0255-0.66612.3686-0.24210.25350.2262-0.31660.21550.0997-0.1332-0.0849-0.05120.3101-0.0833-0.0540.2682-0.00020.252117.410363.990715.0376
73.371-0.5498-0.44864.02360.00822.9406-0.30930.3205-0.4098-0.39440.3528-0.27370.18130.2233-0.06070.4186-0.12590.13450.3849-0.1240.355722.535248.57198.5746
86.6519-2.7839-0.47966.0878-0.06745.5423-0.11270.65390.1617-0.82030.23060.4534-0.2976-0.0839-0.12290.4716-0.2454-0.04150.4311-0.02020.392324.37271.369210.8696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 88 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 252 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 43 through 88 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 89 through 143 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 144 through 180 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 181 through 226 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 227 through 252 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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