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- PDB-4raj: Crystal structure of heme oxygenase 2 from Chlamydomonas reinhard... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4raj | ||||||
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Title | Crystal structure of heme oxygenase 2 from Chlamydomonas reinhardtii without heme. | ||||||
![]() | Heme oxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Heme Oxygenase / heme / biliverdin / HMOX2 | ||||||
Function / homology | ![]() heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fisher, A.J. / Lagarias, J.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of heme oxygenase 2 from Chlamydomonas reinhardtii without heme. Authors: Lopez, O. / Duanmu, D. / Lagarias, J.C. / Fisher, A.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 102 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 77.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 713.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 714.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1n45S ![]() 1we1S ![]() 1wovS ![]() 2rgzS ![]() 4g7lS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 26816.490 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-243 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A8JBZ0, heme oxygenase (biliverdin-producing) |
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#2: Chemical | ChemComp-PG6 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 18% PEG Monomethyl Ether 5000, 0.2M NaCl, 0.1M Bis Tris pH 6.5. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 29, 2013 / Details: Si (111) |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.12709 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→50 Å / Num. all: 20218 / Num. obs: 20218 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 17.45 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.89 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1484 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1n45, 4g7l, 1wov, 2rgz, 1we1 Resolution: 1.84→35.865 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→35.865 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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