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- PDB-6hon: Drosophila NOT4 CBM peptide bound to human CAF40 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hon
タイトルDrosophila NOT4 CBM peptide bound to human CAF40
要素
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 4, isoform L
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 9
キーワードGENE REGULATION / DEADENYLATION / MRNA DECAY / CCR4-NOT / HYDROLASE / TRANSCRIPTION / UBIQUITINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / sex differentiation / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway ...CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / sex differentiation / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / epidermal growth factor receptor binding / nuclear receptor coactivator activity / P-body / kinase binding / cytokine-mediated signaling pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of translation / protein ubiquitination / protein domain specific binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / RNA binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CNOT4, RNA recognition motif / NOT4, modified RING finger, HC subclass (C4C4-type) / CCR4-NOT transcription complex subunit 4 / RING/Ubox like zinc-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type ...CNOT4, RNA recognition motif / NOT4, modified RING finger, HC subclass (C4C4-type) / CCR4-NOT transcription complex subunit 4 / RING/Ubox like zinc-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Zinc finger RING-type profile. / RNA-binding domain superfamily / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 4, isoform L / CCR4-NOT transcription complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Raisch, T. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2019
タイトル: A conserved CAF40-binding motif in metazoan NOT4 mediates association with the CCR4-NOT complex.
著者: Keskeny, C. / Raisch, T. / Sgromo, A. / Igreja, C. / Bhandari, D. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
履歴
登録2018年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
B: CCR4-NOT transcription complex subunit 4, isoform L
C: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
D: CCR4-NOT transcription complex subunit 4, isoform L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1197
ポリマ－68,0254
非ポリマー943
水1,15364
1
A: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
B: CCR4-NOT transcription complex subunit 4, isoform L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1065
ポリマ－34,0122
非ポリマー943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
2
C: CCR4-NOT transcription complex subunit 9
D: CCR4-NOT transcription complex subunit 4, isoform L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0122
ポリマ－34,0122
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.630, 90.320, 196.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

NA

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要素

#1: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation protein RQCD1 homolog / Rcd-1


分子量: 31072.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first six residues (GPHMLE) remain from the expression tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT9, RCD1, RQCD1 / プラスミド: PETMCN(PNEA) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q92600
#2: タンパク質・ペプチド CCR4-NOT transcription complex subunit 4, isoform L


分子量: 2940.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: M9PCL9
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.9 M K2HPO4, 0.3 M NaH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月13日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 39129 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 56.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2831 / CC1/2: 0.899 / Rsym value: 1.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2fv2, chain A

2fv2


解像度: 2.2→49.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9429 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9269 / SU R Cruickshank DPI: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.202 / SU Rfree Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.177
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2299 1907 4.87 %RANDOM
Rwork0.1928 ---
obs0.1947 39127 99.88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.322 Å20 Å20 Å2
2---20.3523 Å20 Å2
3---25.6742 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→49.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4738 0 3 64 4805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014828HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.046556HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1714SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes678HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4828HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion650SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5597SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2755 123 4.34 %
Rwork0.2477 2709 -
all0.2488 2832 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20930.192-0.79870.4747-0.16313.42670.04360.24190.21970.02590.0070.0414-0.5592-0.3431-0.0506-0.05590.1320.0218-0.15240.0165-0.18434.064593.8235210.52
24.3621-2.6806-1.79713.04331.88680.1201-0.0357-0.03220.03050.0087-0.0360.2518-0.2985-0.01730.0718-0.01250.20850.1129-0.11170.06260.0013-9.997791.5191219.965
31.5957-0.2529-0.0370.8961-0.19192.96730.0372-0.137-0.09110.0974-0.0036-0.14750.0650.6156-0.0336-0.1440.0873-0.04030.0082-0.0285-0.20725.228574.2339233.297
42.87770.3215-1.32942.35350.54140.0327-0.0478-0.0064-0.1719-0.0713-0.057-0.28370.11880.14680.1048-0.16310.2173-0.01230.1246-0.1129-0.043225.67562.4487222.115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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