PDB-6hkg: Structure of FISW84 Fab Fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hkg

タイトル

Structure of FISW84 Fab Fragment

要素

(FISW84 Fab Fragment Heavy ...) x 2
(FISW84 Fab Fragment Light ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Benton, D.J. / Rosenthal, P.B.

資金援助

英国, 7件

組織	認可番号	国
Cancer Research UK	FC001078	英国
Cancer Research UK	FC001143	英国
Medical Research Council (United Kingdom)	FC001078	英国
Medical Research Council (United Kingdom)	FC001143	英国
Wellcome Trust	FC001078	英国
Wellcome Trust	FC001143	英国
European Research Council	629829	英国

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Influenza hemagglutinin membrane anchor.
著者: Donald J Benton / Andrea Nans / Lesley J Calder / Jack Turner / Ursula Neu / Yi Pu Lin / Esther Ketelaars / Nicole L Kallewaard / Davide Corti / Antonio Lanzavecchia / Steven J Gamblin / ...
要旨: Viruses with membranes fuse them with cellular membranes, to transfer their genomes into cells at the beginning of infection. For Influenza virus, the membrane glycoprotein involved in fusion is the ...

履歴

登録	2018年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月10日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hkg.cif.gz	329.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hkg.ent.gz	268.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hkg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hkg_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hkg_full_validation.pdf.gz	473 KB	表示
XML形式データ	6hkg_validation.xml.gz	32.9 KB	表示
CIF形式データ	6hkg_validation.cif.gz	47.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/6hkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/6hkg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	0234C 0235C 0236C 0237C 6hjnC 6hjpC 6hjqC 6hjrC 2vxsS 2vxvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tcn-2 1t66-2 1aif-1 4kk8-2 1wcb-1 4kk9-2 1fve-1 4kk6-2 3d0l-d 2a1w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FISW84 Fab Fragment Heavy Chain

B: FISW84 Fab Fragment Light Chain

C: FISW84 Fab Fragment Heavy Chain

D: FISW84 Fab Fragment Light Chain

ヘテロ分子

84.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FISW84 Fab Fragment Heavy Chain

B: FISW84 Fab Fragment Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: FISW84 Fab Fragment Heavy Chain

D: FISW84 Fab Fragment Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.160, 130.160, 167.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
抗体 , 4種, 4分子 ABCD

#1: 抗体	FISW84 Fab Fragment Heavy Chain 分子量: 23055.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	FISW84 Fab Fragment Light Chain 分子量: 23277.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	FISW84 Fab Fragment Heavy Chain 分子量: 20802.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体	FISW84 Fab Fragment Light Chain 分子量: 17205.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 413分子

#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 2.04 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 Cryoprotected in 2.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 and 25 % (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月21日 / 詳細: Mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→29.75 Å / Num. obs: 118143 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 39.3 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.87→1.92 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 8595 / CC_1/2: 0.288

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2vxs, 2vxv

2vxs

2vxv

解像度: 1.87→29.749 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1995	5868	4.97 %
R_work	0.1826	-	-
obs	0.1835	118081	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→29.749 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5854	0	30	407	6291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6305
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.902	8636
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.315	3741
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	972
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1124

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.8912	0.3113	183	0.3255	3639	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8912-1.9135	0.3729	191	0.3379	3713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9135-1.9368	0.3444	210	0.3271	3651	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9368-1.9613	0.3384	180	0.2907	3712	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9613-1.9871	0.2778	195	0.2753	3683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9871-2.0143	0.2817	210	0.2517	3690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0143-2.0431	0.2566	188	0.243	3733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0431-2.0736	0.2416	190	0.2283	3733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0736-2.106	0.2947	190	0.2222	3703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.106-2.1405	0.2304	189	0.2096	3731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1405-2.1774	0.2212	188	0.2037	3702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1774-2.217	0.2164	187	0.1954	3713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.217-2.2596	0.2021	196	0.1994	3730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2596-2.3057	0.2355	194	0.1895	3683	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3057-2.3558	0.2187	200	0.1909	3689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3558-2.4106	0.2123	197	0.1858	3732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4106-2.4708	0.2404	169	0.1817	3737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4708-2.5376	0.207	188	0.1867	3740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5376-2.6122	0.211	207	0.1769	3740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6122-2.6965	0.1946	211	0.1775	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6965-2.7928	0.1853	190	0.1746	3775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7928-2.9045	0.2191	181	0.1874	3740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9045-3.0366	0.2092	234	0.1861	3729	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0366-3.1965	0.2026	185	0.176	3755	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1965-3.3965	0.1851	197	0.1724	3763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3965-3.6584	0.1776	201	0.1591	3787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6584-4.0257	0.1646	177	0.158	3829	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0257-4.6064	0.1549	214	0.1411	3795	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6064-5.7965	0.1653	220	0.158	3848	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7965-29.7527	0.2372	206	0.2209	4019	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8999	0.0698	0.8068	2.5963	-0.3963	1.6202	0.0311	0.0988	0.051	-0.0209	-0.0591	-0.051	-0.0327	-0.0129	-0.0001	0.3163	0.0071	-0.0519	0.3626	0.0315	0.3462	1.0521	104.8631	5.6608
2	0.0211	0.0277	0.0155	0.036	0.0036	0.0238	0.0379	-0.3741	-0.4127	-0.0234	-0.0885	0.1723	0.9531	-0.0818	-0.0008	0.5152	-0.0407	-0.0961	0.4426	0.0311	0.5044	1.4968	82.0222	11.4189
3	1.7535	-0.3862	0.5151	2.5599	-0.5281	1.2849	-0.1387	-0.3934	0.0558	0.3005	0.2483	0.4172	-0.0381	-0.4909	-0.0072	0.4293	0.007	-0.0087	0.5932	0.0278	0.5129	-0.5236	88.2772	33.7257
4	2.7025	-0.03	1.1334	2.373	-0.8564	2.0055	-0.1096	0.1131	0.3056	0.1527	0.0154	-0.2587	-0.2373	0.2396	-0	0.3596	-0.0244	-0.0832	0.3517	0.0334	0.4597	17.6862	113.6219	16.7529
5	0.0848	-0.0125	0.0109	0.0432	-0.005	0.046	-0.0143	0.093	0.1169	-0.018	0.1137	0.0782	0.0378	-0.0306	-0	0.3948	-0.0005	-0.0529	0.3406	-0.0355	0.3329	20.3881	104.4281	38.3546
6	1.9002	-0.2325	0.6276	3.1118	-0.742	1.22	-0.0568	-0.2166	-0.133	0.0495	0.1003	0.1231	0.0652	-0.1175	0.0001	0.4078	0.004	-0.0171	0.4079	0.0272	0.3712	14.4898	82.875	38.846
7	2.4256	-0.6655	-0.1868	2.1	-0.8723	2.3126	0.0347	0.2427	-0.1966	-0.2446	-0.0515	-0.1515	0.2086	-0.0004	0.0002	0.3899	-0.0124	0.0217	0.3926	-0.005	0.3748	41.376	75.4321	22.8288
8	0.1377	-0.0185	-0.1679	-0.0004	0.0153	0.2023	-0.4206	0.463	-0.0865	-0.624	-0.1238	-0.9272	0.05	0.6841	-0.0031	1.1209	0.0797	0.1662	0.8438	-0.2352	0.9352	48.2873	64.6629	2.1893
9	0.0147	0.0911	0.0308	0.1184	-0.2269	0.3722	0.2285	0.2946	0.3575	-0.7056	-0.2867	-1.7104	0.1977	0.4731	-0.0008	1.3158	0.0932	0.4975	1.2106	0.0876	1.4227	52.7371	79.7148	-8.138
10	2.3739	-1.0634	0.3918	2.4858	-0.0427	2.3527	0.0284	0.352	0.2685	-0.267	-0.0667	-0.1005	-0.0519	0.0926	0.0001	0.3487	-0.0077	-0.0097	0.4184	0.0664	0.349	29.6265	92.5698	16.0978
11	0.0271	-0.0179	0.0138	0.0518	-0.0984	0.237	0.3543	0.7325	0.2924	-1.4247	-0.1606	0.0106	-0.1765	-0.0752	0.152	1.4984	0.347	0.3571	1.1784	0.548	0.0856	34.057	100.7422	-6.3062
12	0.5836	-0.5357	0.1191	0.3951	-0.0769	0.1913	0.8756	1.0153	0.079	-1.7946	-0.5979	-0.5346	-0.0292	-0.0735	0.0014	1.739	0.2083	0.1602	1.2805	0.0441	0.6959	39.9925	87.3998	-12.5788

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 1 through 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 120 through 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resi 126 through 230
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resi 1 through 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resi 106 through 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resi 114 through 214
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and resi 1 through 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and resi 120 through 125
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and (resi 126 through 218)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and resi 1 through 105
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and resi 106 through 113
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and (resi 114 through 181)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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