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万見
- PDB-6hkc: Solution structure of the Sushi 1 domain of GABAbR1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hkc
タイトルSolution structure of the Sushi 1 domain of GABAbR1a
要素Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / neurotransmitter receptor / G protein coupled receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / negative regulation of dopamine secretion / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion ...negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / negative regulation of dopamine secretion / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / negative regulation of synaptic transmission / positive regulation of glutamate secretion / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / axolemma / dendritic shaft / response to nicotine / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / mitochondrial membrane / GABA-ergic synapse / Schaffer collateral - CA1 synapse / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / osteoblast differentiation / synaptic vesicle / presynaptic membrane / response to ethanol / G alpha (i) signalling events / dendritic spine / postsynaptic membrane / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Volkov, A.N. / Buts, L. / Van Molle, I.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - FlandersOdyssey ベルギー
European Research Council311083 ベルギー
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Secreted amyloid-beta precursor protein functions as a GABABR1a ligand to modulate synaptic transmission.
著者: Rice, H.C. / de Malmazet, D. / Schreurs, A. / Frere, S. / Van Molle, I. / Volkov, A.N. / Creemers, E. / Vertkin, I. / Nys, J. / Ranaivoson, F.M. / Comoletti, D. / Savas, J.N. / Remaut, H. / ...著者: Rice, H.C. / de Malmazet, D. / Schreurs, A. / Frere, S. / Van Molle, I. / Volkov, A.N. / Creemers, E. / Vertkin, I. / Nys, J. / Ranaivoson, F.M. / Comoletti, D. / Savas, J.N. / Remaut, H. / Balschun, D. / Wierda, K.D. / Slutsky, I. / Farrow, K. / De Strooper, B. / de Wit, J.
履歴
登録2018年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5201
ポリマ－8,5201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5930 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1 / Gb1


分子量: 8519.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR1, GPRC3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBS5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D HN(COCA)CB
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic13D C(CO)NH
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic12D 1H-13C HSQC
1101isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1141isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1151isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sushi 1, 3 mM APP 9mer, 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
Label: sample 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMsushi 1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
3 mMAPP 9mernatural abundance1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.01 %sodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: condition 1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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