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- PDB-6hk2: Crystal structure of ferric R-state human methemoglobin bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hk2
タイトルCrystal structure of ferric R-state human methemoglobin bound to maleimide-deferoxamine bifunctional chelator (DFO)
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / DFO / COMPLEX / BETA CYS93
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G7Z / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Cerutti, G. / Savino, C. / Montemiglio, L.C. / Boffi, A.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
European Commission637295 イタリア
European Commission312284 イタリア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Biodistribution PET/CT Study of Hemoglobin-DFO-89Zr Complex in Healthy and Lung Tumor-Bearing Mice.
著者: Kiraga, L. / Cerutti, G. / Braniewska, A. / Strzemecki, D. / Sas, Z. / Boffi, A. / Savino, C. / Montemiglio, L.C. / Turnham, D. / Seaton, G. / Bonamore, A. / Clarkson, R. / Dabkowski, A.M. / ...著者: Kiraga, L. / Cerutti, G. / Braniewska, A. / Strzemecki, D. / Sas, Z. / Boffi, A. / Savino, C. / Montemiglio, L.C. / Turnham, D. / Seaton, G. / Bonamore, A. / Clarkson, R. / Dabkowski, A.M. / Paisey, S.J. / Taciak, B. / Kucharzewska, P. / Rygiel, T.P. / Krol, M.
履歴
登録2018年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,62018
ポリマ－62,0814
非ポリマー3,53914
水10,647591
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13170 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area23330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.807, 62.863, 153.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

-
非ポリマー , 5種, 605分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-G7Z / 3-[2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-1-yl]-~{N}-methyl-propanamide


分子量: 184.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12N2O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 5.8
詳細: 2.4 M (NH4)2SO4, 0.23 M (NH4)2HPO4, 0.07 M (NH4)H2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→76.8 Å / Num. obs: 139941 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.64 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique obs: 18776 / CC1/2: 0.87 / Rrim(I) all: 0.55 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P5Q

3p5q


解像度: 1.55→48.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.367 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21178 3620 4.9 %RANDOM
Rwork0.16663 ---
obs0.16882 70661 95.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2--1.72 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→48.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 235 592 5211
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7441.7147225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4731.62311293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg16.015.263685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3422.119236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.57915830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2251518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021118
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8921.5142410
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8911.5132409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4292.2653034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4292.2663035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1481.7112817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1041.6712788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.712.4524105
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.55320.3076454
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.43319.2176275
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.551→1.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 215 -
Rwork0.314 3945 -
obs--73.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.81720.7667-0.53550.9462-0.65772.4005-0.01080.00190.28160.1381-0.0998-0.1105-0.25470.19520.11070.0662-0.0131-0.03040.13160.08420.09122.4335-8.1183-7.8905
23.0201-0.27710.77061.4868-0.41092.4540.01550.3818-0.0464-0.2597-0.02440.00440.11410.23060.00890.0797-0.0253-0.00780.10250.01240.00775.8529-12.9941-24.8043
32.65161.0184-1.08952.6965-0.20742.890.0536-0.47530.07840.3823-0.02540.1869-0.1170.2525-0.02820.10450.01190.02330.1216-0.01970.07133.790515.6471-11.263
43.8044-0.94580.17091.2842-0.26731.99960.06310.1318-0.0448-0.1949-0.1261-0.14770.02120.27270.06310.1146-0.0360.0120.1120.03390.048919.898714.8326-29.3927
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 202
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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