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万見
- PDB-6hk0: X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erw... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hk0
タイトルX-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) F16'S pore mutant (F247S) with alternate M4 conformation.
要素Cys-loop ligand-gated ion channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / pentameric ligand-gated ion channel / cya-loop receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cys-loop ligand-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya chrysanthemi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Nury, H. / Spurny, R. / Govaerts, C. / Evans, G.L. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Ulens, C.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: A lipid site shapes the agonist response of a pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Henault, C.M. / Govaerts, C. / Spurny, R. / Brams, M. / Estrada-Mondragon, A. / Lynch, J. / Bertrand, D. / Pardon, E. / Evans, G.L. / Woods, K. / Elberson, B.W. / Cuello, L.G. / Brannigan, G. ...著者: Henault, C.M. / Govaerts, C. / Spurny, R. / Brams, M. / Estrada-Mondragon, A. / Lynch, J. / Bertrand, D. / Pardon, E. / Evans, G.L. / Woods, K. / Elberson, B.W. / Cuello, L.G. / Brannigan, G. / Nury, H. / Steyaert, J. / Baenziger, J.E. / Ulens, C.
履歴
登録2018年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cys-loop ligand-gated ion channel
B: Cys-loop ligand-gated ion channel
C: Cys-loop ligand-gated ion channel
D: Cys-loop ligand-gated ion channel
E: Cys-loop ligand-gated ion channel
F: Cys-loop ligand-gated ion channel
G: Cys-loop ligand-gated ion channel
H: Cys-loop ligand-gated ion channel
I: Cys-loop ligand-gated ion channel
J: Cys-loop ligand-gated ion channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,66920
ポリマ－353,56310
非ポリマー5,10610
水00
1
A: Cys-loop ligand-gated ion channel
B: Cys-loop ligand-gated ion channel
C: Cys-loop ligand-gated ion channel
D: Cys-loop ligand-gated ion channel
E: Cys-loop ligand-gated ion channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,33410
ポリマ－176,7815
非ポリマー2,5535
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26880 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area67130 Å2
手法PISA
2
F: Cys-loop ligand-gated ion channel
G: Cys-loop ligand-gated ion channel
H: Cys-loop ligand-gated ion channel
I: Cys-loop ligand-gated ion channel
J: Cys-loop ligand-gated ion channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,33410
ポリマ－176,7815
非ポリマー2,5535
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27390 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area66560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.800, 264.697, 111.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))
21(chain B and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))
31(chain C and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))
41(chain D and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))
51(chain E and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))
61(chain F and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))
71(chain G and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))
81(chain H and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))
91(chain I and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))
101(chain J and resid 11 through 297)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROARGARG(chain A and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))AA11 - 2861 - 276
12ASPASPILEILE(chain A and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))AA293 - 297283 - 287
21PROPROARGARG(chain B and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))BB11 - 2861 - 276
22ASPASPILEILE(chain B and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))BB293 - 297283 - 287
31PROPROARGARG(chain C and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))CC11 - 2861 - 276
32ASPASPILEILE(chain C and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))CC293 - 297283 - 287
41PROPROARGARG(chain D and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))DD11 - 2861 - 276
42ASPASPILEILE(chain D and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))DD293 - 297283 - 287
51PROPROARGARG(chain E and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))EE11 - 2861 - 276
52ASPASPILEILE(chain E and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))EE293 - 297283 - 287
61PROPROARGARG(chain F and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))FF11 - 2861 - 276
62ASPASPILEILE(chain F and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))FF293 - 297283 - 287
71PROPROARGARG(chain G and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))GG11 - 2861 - 276
72ASPASPILEILE(chain G and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))GG293 - 297283 - 287
81PROPROARGARG(chain H and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))HH11 - 2861 - 276
82ASPASPILEILE(chain H and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))HH293 - 297283 - 287
91PROPROARGARG(chain I and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))II11 - 2861 - 276
92ASPASPILEILE(chain I and (resid 11 through 286 or resid 293 through 297))II293 - 297283 - 287
101PROPROILEILE(chain J and resid 11 through 297)JJ11 - 2971 - 287

-
要素

#1: タンパク質
Cys-loop ligand-gated ion channel / ELIC


分子量: 35356.258 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dickeya chrysanthemi (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C7B7
#2: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM ammonium sulfate, 50 mM ADA pH 6.5, 12% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→48.9 Å / Num. obs: 75824 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/av σ(I): 6.7 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.45→3.52 Å / Rmerge(I) obs: 1.365 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4508 / CC1/2: 0.409 / Rpim(I) all: 0.903 / Rrim(I) all: 1.834

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2yoe

2yoe


解像度: 3.45→19.991 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 3749 4.98 %
Rwork0.2278 --
obs0.2298 75338 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 299.32 Å2 / Biso mean: 112.7414 Å2 / Biso min: 44.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.45→19.991 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24972 0 240 0 25212
Biso mean--150.71 --
残基数----3064
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8530X-RAY DIFFRACTION3.435TORSIONAL
12B8530X-RAY DIFFRACTION3.435TORSIONAL
13C8530X-RAY DIFFRACTION3.435TORSIONAL
14D8530X-RAY DIFFRACTION3.435TORSIONAL
15E8530X-RAY DIFFRACTION3.435TORSIONAL
16F8530X-RAY DIFFRACTION3.435TORSIONAL
17G8530X-RAY DIFFRACTION3.435TORSIONAL
18H8530X-RAY DIFFRACTION3.435TORSIONAL
19I8530X-RAY DIFFRACTION3.435TORSIONAL
110J8530X-RAY DIFFRACTION3.435TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.45-3.49340.38211440.366326572801100
3.4934-3.53920.3991280.357326622790100
3.5392-3.58740.36041150.343326752790100
3.5874-3.63830.35521320.325726302762100
3.6383-3.69230.36771210.319326602781100
3.6923-3.74960.31121200.309826702790100
3.7496-3.81070.34491350.302926732808100
3.8107-3.87590.32531290.281726112740100
3.8759-3.94590.32471360.280326932829100
3.9459-4.02120.28551400.26426222762100
4.0212-4.10260.32031370.256226712808100
4.1026-4.1910.25951210.250626652786100
4.191-4.28750.29741280.223526542782100
4.2875-4.39370.25211480.213326432791100
4.3937-4.51110.23721460.200926162762100
4.5111-4.64230.23051560.19726652821100
4.6423-4.79010.24821260.184526402766100
4.7901-4.95880.26931590.203926132772100
4.9588-5.15410.27121470.205526352782100
5.1541-5.38430.29061480.199226712819100
5.3843-5.66210.22021500.203926462796100
5.6621-6.00780.24431570.20926322789100
6.0078-6.45710.30471610.23226312792100
6.4571-7.08050.31071430.233326892832100
7.0805-8.04610.28051270.210726622789100
8.0461-9.92620.18031460.16822645279199
9.9262-19.9910.21551490.20222658280799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -93.8686 Å / Origin y: -76.9074 Å / Origin z: -40.6466 Å
111213212223313233
T0.6359 Å2-0.0334 Å2-0.1578 Å2-0.6 Å2-0.0525 Å2--0.3972 Å2
L0.2329 °2-0.2095 °2-0.1408 °2-0.9463 °2-0.2001 °2--0.267 °2
S-0.0245 Å °-0.0342 Å °-0.001 Å °-0.0266 Å °0.0677 Å °-0.0739 Å °-0.0666 Å °-0.0375 Å °-0.043 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA11 - 317
2X-RAY DIFFRACTION1allA401
3X-RAY DIFFRACTION1allB11 - 317
4X-RAY DIFFRACTION1allB401
5X-RAY DIFFRACTION1allC11 - 317
6X-RAY DIFFRACTION1allC401
7X-RAY DIFFRACTION1allD11 - 317
8X-RAY DIFFRACTION1allD401
9X-RAY DIFFRACTION1allE11 - 317
10X-RAY DIFFRACTION1allE401
11X-RAY DIFFRACTION1allF11 - 317
12X-RAY DIFFRACTION1allF401
13X-RAY DIFFRACTION1allG11 - 317
14X-RAY DIFFRACTION1allG401
15X-RAY DIFFRACTION1allH11 - 317
16X-RAY DIFFRACTION1allH401
17X-RAY DIFFRACTION1allI11 - 317
18X-RAY DIFFRACTION1allI401
19X-RAY DIFFRACTION1allJ11 - 317
20X-RAY DIFFRACTION1allJ401

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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