PDB-6hji: Xray structure of GLIC in complex with crotonate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hji

タイトル

Xray structure of GLIC in complex with crotonate

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Pentameric Ligand-Gated Ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Fourati, Z. / Delarue, M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structural evidence for the binding of monocarboxylates and dicarboxylates at pharmacologically relevant extracellular sites of a pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Fourati, Z. / Sauguet, L. / Delarue, M.

履歴

登録	2018年9月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hji.cif.gz	674 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hji.ent.gz	565.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hji.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hji_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hji_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	6hji_validation.xml.gz	58.4 KB	表示
CIF形式データ	6hji_validation.cif.gz	77.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hji	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hj3C 6hjaC 6hjbC 6hjzC 6hppC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uu5-d 4hfc-d 6hjz-1 6hz1-d 3uu8-d 6hj3-d 3uu6-d 5hcj-d 6f10-d 6hpp-d 6hyw-d 6f0r-d 4hfi-d 6hy5-d 3uub-1 3p4w-d 5l4e-d 4qh1-d 4hfe-d 3tlv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

195 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.943, 133.242, 159.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36277.723 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 121分子

#2: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-BEO / BUTENOIC ACID / クロトン酸分子量: 86.089 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 5.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Na-crotonate pH4 400 mM Na-Isothiocyanate 12-15% PEG4000 2% DMSO 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49 Å / Num. obs: 91038 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 84.02 Å² / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.9→49 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

解像度: 2.8→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9415 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9379 / SU R Cruickshank DPI: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.292 / SU R_free Blow DPI: 0.21 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.221

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2043	4491	5 %	RANDOM
R_work	0.1888	-	-	-
obs	0.1896	89816	98.32 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.4075 Å²	0 Å²	17.8442 Å²
2-	-	-3.2937 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.7012 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.414 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.8→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12720	0	470	83	13273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	13532	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.1	18390	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4706	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		270	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1947	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13532	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.52
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.23
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1781	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14948	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2917	349	5.3 %
R_work	0.2662	6242	-
all	0.2675	6591	-
obs	-	-	98.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5374	-0.1651	0.8882	1.0574	-0.3014	2.9326	-0.0131	-0.0926	0.1661	-0.0122	0.0517	0.0675	-0.3479	-0.3566	-0.0385	0.0936	0.1202	-0.2177	-0.2892	-0.0204	-0.1669	40.3762	-6.6398	30.5813
2	3.344	0.4712	3.6273	2.0777	0.536	5.4772	0.148	-0.1207	-0.1687	0.0576	-0.0161	0.2278	0.0577	-0.4199	-0.1319	-0.3962	0.0812	0.0799	0.0112	-0.0225	-0.2513	28.3761	-27.9714	36.5784
3	1.5968	0.1675	1.2611	1.2614	0.5032	3.2214	0.146	0.0639	-0.2799	-0.0363	-0.0924	0.133	0.3093	-0.0835	-0.0536	0.009	0.0511	-0.309	-0.2736	-0.0385	-0.0803	42.4768	-47.582	29.5169
4	1.3299	0.1069	1.0229	1.0738	0.4269	4.1483	-0.0132	0.1912	-0.0984	-0.1733	-0.0187	-0.1358	-0.1231	0.3322	0.0319	-0.0224	0.1252	-0.2349	-0.2163	-0.0835	-0.1215	63.4492	-38.2725	18.517
5	1.1317	-0.2336	0.796	1.2373	-0.7785	3.4535	-0.0108	0.0475	0.1694	-0.1533	-0.0823	-0.1882	-0.2004	0.1003	0.0931	0.0788	-0.0224	-0.2176	-0.2771	0.0057	-0.1418	62.1268	-12.9074	19.3119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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