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- PDB-6hjd: Cholera toxin classical B-pentamer in complex with Lewis-x -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hjd
タイトルCholera toxin classical B-pentamer in complex with Lewis-x
要素Cholera toxin B subunit
キーワードTOXIN / cholera toxin / lectin / complex / Lewis-x / protein-carbohydrate interactions / X-ray crystal structure
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lewis X antigen, beta anomer / Lewis X antigen, alpha anomer / alpha-L-fucopyranose / Cholera toxin B / Cholera enterotoxin subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Krengel, U. / Heim, J.B.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway247730 ノルウェー
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of cholera toxin in complex with fucosylated receptors point to importance of secondary binding site.
著者: Heim, J.B. / Hodnik, V. / Heggelund, J.E. / Anderluh, G. / Krengel, U.
履歴
登録2018年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholera toxin B subunit
B: Cholera toxin B subunit
C: Cholera toxin B subunit
D: Cholera toxin B subunit
E: Cholera toxin B subunit
F: Cholera toxin B subunit
G: Cholera toxin B subunit
H: Cholera toxin B subunit
I: Cholera toxin B subunit
J: Cholera toxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,66539
ポリマ－116,23310
非ポリマー6,43329
水12,034668
1
A: Cholera toxin B subunit
B: Cholera toxin B subunit
C: Cholera toxin B subunit
D: Cholera toxin B subunit
E: Cholera toxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,61719
ポリマ－58,1165
非ポリマー3,50114
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18290 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
2
F: Cholera toxin B subunit
G: Cholera toxin B subunit
H: Cholera toxin B subunit
I: Cholera toxin B subunit
J: Cholera toxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,04820
ポリマ－58,1165
非ポリマー2,93215
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16730 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.965, 108.291, 115.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Cholera toxin B subunit


分子量: 11623.267 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: ctxB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6R7L2, UniProt: P01556*PLUS

-
糖 , 3種, 9分子

#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Lewis X antigen / alpha anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis X antigen, alpha anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGalpb1-4]DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / Lewis X antigen / beta anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis X antigen, beta anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGalpb1-4]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 688分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bicine-Tris, 8% PEG1000, 8% PEG3350, 8% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.977021 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977021 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→82.97 Å / Num. obs: 153937 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.984 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 7547 / CC1/2: 0.535 / Rrim(I) all: 0.907 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PHENIX精密化
Cootモデル構築
xia2データ削減
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ELB

5elb


解像度: 1.54→79.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.154 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22355 7676 5 %RANDOM
Rwork0.19255 ---
obs0.19411 146128 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.474 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2---1.17 Å20 Å2
3---1.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.54→79.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8140 0 419 668 9227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0149422
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0178656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.6912876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0081.65920488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.5895.2271214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.0124.014436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.225151700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg30.361530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0210698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7551.0864371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7551.0854370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2051.6215521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2051.6225522
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0741.3165051
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0731.3165051
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6621.9287297
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.63814.310507
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.63814.30310508
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 515 -
Rwork0.309 10731 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4117-0.67510.13591.71460.02810.9516-0.029-0.13770.02540.2030.0571-0.12150.04260.0787-0.0280.06140.0051-0.0250.0612-0.01230.0137-3.7616-23.932442.3617
21.0092-0.5883-0.38621.08810.19121.5897-0.0362-0.0180.0371-0.00770.0372-0.1536-0.02580.0656-0.0010.020.0003-0.01140.0254-0.0010.04034.8756-37.890927.9141
30.8709-0.77710.45931.0158-0.59112.1914-0.00220.11670.055-0.123-0.0156-0.10670.01440.08170.01770.0531-0.03220.02240.0488-0.01150.0151-3.6832-33.3028.2148
40.7752-0.393-0.04021.91530.24611.42180.01710.07810.1155-0.12610.009-0.003-0.0854-0.0449-0.02610.0189-0.0153-0.00340.05460.02180.0213-17.5801-16.473710.5128
50.74670.18790.27341.29570.27381.2932-0.0058-0.0630.05420.07470.01190.07920.0178-0.0504-0.00610.00490.00030.00240.0278-0.0060.0341-17.5968-10.733331.6434
60.9656-0.2733-0.32461.27250.33991.6987-0.008-0.1343-0.07030.2510.0014-0.01460.0832-0.01320.00660.1235-0.0224-0.00660.07090.02210.0088-28.7824-50.960247.3022
71.6281-0.54830.38921.2536-0.14481.354-0.0182-0.1710.0590.12830.02440.1735-0.065-0.1789-0.00620.0911-0.01120.02680.0786-0.00960.0377-43.0562-35.427441.4246
81.1496-0.10420.13921.4461-0.10621.29590.01040.06420.0175-0.0741-0.01040.1488-0.0176-0.089300.0218-0.008-0.01320.05270.00590.018-46.084-37.004319.8123
91.1806-0.2208-0.00622.44830.25750.9662-0.02480.1099-0.1002-0.23180.01060.03890.09160.00660.01420.0581-0.0167-0.00530.06750.00190.0121-33.8397-53.439412.2823
100.829-0.08150.25971.7142-0.22131.82950.0251-0.029-0.12310.120.0125-0.08720.18930.0622-0.03760.05020.0042-0.00430.0530.00180.0375-23.1636-62.210529.2134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 103
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 103
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 103
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 103
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 103
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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