PDB-6hjb: Xray structure of GLIC in complex with malonate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hjb

タイトル

Xray structure of GLIC in complex with malonate

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Pentameric Ligand-Gated Ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3 Å

データ登録者

Fourati, Z. / Delarue, M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structural evidence for the binding of monocarboxylates and dicarboxylates at pharmacologically relevant extracellular sites of a pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Fourati, Z. / Sauguet, L. / Delarue, M.

履歴

登録	2018年9月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hjb.cif.gz	668.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hjb.ent.gz	554.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hjb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hjb_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hjb_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	6hjb_validation.xml.gz	62.1 KB	表示
CIF形式データ	6hjb_validation.cif.gz	81.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/6hjb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hj3C 6hjaC 6hjiC 6hjzC 6hppC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f16-d 3uu8-d 5j0z-d 4hfh-d 6f0r-d 5mvm-d 6hjz-2 4hfe-d 4zzc-d 6hz3-d 6f0v-d 3uub-2 6hjz-1 4ila-d 3tlw-d 4hfi-d 4il4-d 4qh1-d 3lsv-d 6hj3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

216 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.099, 133.366, 158.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.35, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 41019.363 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 182分子

#2: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Na-malonate pH4 400 mM Na-Isothiocyanate 12-15% PEG4000 2% DMSO 16% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→49 Å / Num. obs: 312634 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 103.43 Å² / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 3→3.3 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

解像度: 3→49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9205 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9074 / SU R Cruickshank DPI: 0.448 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.403 / SU R_free Blow DPI: 0.245 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.256

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	3630	5 %	RANDOM
R_work	0.1818	-	-	-
obs	0.1827	72540	98.23 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.6696 Å²	0 Å²	25.929 Å²
2-	-	6.2772 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.3924 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.381 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12654	0	389	149	13192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	13349	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	18169	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4569	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		262	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1902	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13349	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.71
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.19
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1778	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		15342	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3115	269	4.98 %
R_work	0.2749	5133	-
all	0.2767	5402	-
obs	-	-	99.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3261	-0.1664	0.7894	1.0433	-0.3901	1.8824	-0.0136	-0.2328	0.2144	0.1788	0.0605	0.0517	-0.1593	-0.2352	-0.0469	-0.0713	0.0069	-0.0026	-0.086	-0.0437	-0.1908	40.4981	-6.4622	30.1477
2	2.2169	0.2186	1.3932	0.8397	0.3511	1.8258	0.0674	-0.1733	-0.1528	0.2907	0.0333	0.1443	0.0958	-0.1614	-0.1007	-0.1474	0.0192	0.0679	-0.0097	0.0228	-0.2315	28.6533	-27.335	35.593
3	1.2682	0.0778	0.8266	1.0566	0.4023	2.2745	0.0392	-0.0436	-0.3406	0.1266	-0.0583	0.0653	0.259	0.0775	0.0191	-0.1502	0.0557	-0.0823	-0.1286	0.0497	-0.0934	42.2223	-47.2593	29.1294
4	0.9341	-0.0061	0.361	0.9724	0.3539	2.7953	-0.0436	0.0258	-0.1329	-0.0782	-0.0082	-0.2766	-0.1649	0.3221	0.0518	-0.2104	0.0468	-0.0932	-0.1276	-0.0109	-0.0547	63.0687	-38.4166	17.816
5	1.0871	-0.3401	0.985	1.2641	-0.8177	3.0209	-0.0255	-0.0604	0.2267	-0.0771	-0.0391	-0.3369	-0.1522	0.1455	0.0646	-0.1645	-0.0509	-0.0239	-0.1133	-0.0508	-0.0986	61.8085	-13.1966	18.5124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

-
非ポリマー , 5種, 182分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

-非ポリマー , 5種, 182分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

-
非ポリマー , 5種, 182分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)