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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hh9 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a two-domain esterase (CEX) active on acetylated mannans co-crystallized with mannopentaose | ||||||||||||
![]() | GDSL-like protein | ||||||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Esterase / carbohydrate / galactoglucomannan / deacetylation / biomass / gut flora | ||||||||||||
機能・相同性 | SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / GDSL-like protein![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Michalak, L. / La Rosa, S.L. / Rohr, A.K. / Aachmann, F.L. / Westereng, B. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A pair of esterases from a commensal gut bacterium remove acetylations from all positions on complex beta-mannans. 著者: Michalak, L. / La Rosa, S.L. / Leivers, S. / Lindstad, L.J. / Rohr, A.K. / Lillelund Aachmann, F. / Westereng, B. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 304.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 247.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42401.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ROSINTL182_05471 / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose | #3: 多糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→48.57 Å / Num. obs: 61043 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 8942 / CC1/2: 0.713 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6HFZ 解像度: 2.4→47.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 10.06 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.511 / ESU R Free: 0.285 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.84 Å
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拘束条件 |
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