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- PDB-6hgq: Crystal Structure of Human APRT wild type in complex with Hypoxan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hgq
タイトルCrystal Structure of Human APRT wild type in complex with Hypoxanthine, PRPP and Mg2+
要素Adenine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective APRT disrupts adenine salvage / adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase activity / adenine phosphoribosyltransferase / GMP salvage / grooming behavior / Purine salvage / IMP salvage / AMP salvage ...Defective APRT disrupts adenine salvage / adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase activity / adenine phosphoribosyltransferase / GMP salvage / grooming behavior / Purine salvage / IMP salvage / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / AMP binding / secretory granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Adenine phosphoribosyl transferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYPOXANTHINE / Chem-PRP / Adenine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
Model detailsAPO
データ登録者Nioche, P. / Huyet, J. / Ozeir, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for substrate selectivity and nucleophilic substitution mechanisms in human adenine phosphoribosyltransferase catalyzed reaction.
著者: Ozeir, M. / Huyet, J. / Burgevin, M.C. / Pinson, B. / Chesney, F. / Remy, J.M. / Siddiqi, A.R. / Lupoli, R. / Pinon, G. / Saint-Marc, C. / Gibert, J.F. / Morales, R. / Ceballos-Picot, I. / ...著者: Ozeir, M. / Huyet, J. / Burgevin, M.C. / Pinson, B. / Chesney, F. / Remy, J.M. / Siddiqi, A.R. / Lupoli, R. / Pinon, G. / Saint-Marc, C. / Gibert, J.F. / Morales, R. / Ceballos-Picot, I. / Barouki, R. / Daignan-Fornier, B. / Olivier-Bandini, A. / Auge, F. / Nioche, P.
履歴
登録2018年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine phosphoribosyltransferase
C: Adenine phosphoribosyltransferase
D: Adenine phosphoribosyltransferase
B: Adenine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,28817
ポリマ－77,9944
非ポリマー2,29413
水6,215345
1
A: Adenine phosphoribosyltransferase
B: Adenine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1909
ポリマ－38,9972
非ポリマー1,1937
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
2
C: Adenine phosphoribosyltransferase
D: Adenine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0988
ポリマ－38,9972
非ポリマー1,1016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.060, 49.800, 71.810
Angle α, β, γ (deg.)90.080, 93.220, 102.310
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ACDB

#1: タンパク質
Adenine phosphoribosyltransferase / APRT


分子量: 19498.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: protein bought from Euromedex, cat# ATGP0483 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APRT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07741, adenine phosphoribosyltransferase
#4: 糖
ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 354分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン


分子量: 136.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: NaOAc, PEG4000, Glycerol, Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→71.69 Å / Num. all: 47031 / Num. obs: 47031 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.4 % / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.073 / Net I/av σ(I): 6.098 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 112869
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-22.40.1564.4184
2-2.122.40.1185.4186.6
2.12-2.272.40.1016.1189.9
2.27-2.452.40.0857.2192.5
2.45-2.692.40.0758193.7
2.69-32.40.0718.1193.9
3-3.472.40.0717.9192.8
3.47-4.252.30.0668.2191.5
4.25-6.012.30.0599.1190.9
6.01-40.9072.60.04213.7185.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
MxCuBEデータ収集
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FCH

6fch


解像度: 1.9→71.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 7.478 / SU ML: 0.104 / SU R Cruickshank DPI: 0.1925 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2137 2388 5.1 %RANDOM
Rwork0.1754 ---
obs0.1773 44643 90.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.71 Å2 / Biso mean: 22.045 Å2 / Biso min: 6.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.71 Å2-0.24 Å2-0.41 Å2
2---0.98 Å2-0.1 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→71.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5448 0 138 345 5931
Biso mean--14.13 33.9 -
残基数----709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195866
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1422.037980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.578313399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1845736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.30423.418237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.412151031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.741548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3431.3182875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3311.3172874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9291.9633598
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 173 -
Rwork0.205 3079 -
all-3252 -
obs--84.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60510.1748-0.00231.11610.20541.4138-0.0640.0602-0.01520.02120.0170.050.1-0.09160.0470.021-0.00880.00320.0145-0.00520.005821.8481-10.06490.9191
20.52870.1270.10111.1068-0.12391.4087-0.02670.02870.0264-0.0589-0.0028-0.0639-0.09380.09860.02940.0185-0.00430.00510.01040.00480.008221.6227-15.1418-35.0238
31.2124-0.1730.13542.1775-0.23661.007-0.0196-0.0037-0.1151-0.01070.00470.10110.1516-0.05430.01490.0327-0.00210.00690.0077-0.00160.015714.824-35.2862-29.0687
40.9871-0.3315-0.02792.43330.52541.2129-0.0470.00010.1170.0440.036-0.089-0.13980.04930.01090.0345-0.0056-0.01680.00210.00050.019827.76569.79248.5342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2C2 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3D4 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4B4 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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