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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hfr | ||||||
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タイトル | Human dihydroorotase mutant F1563Y co-crystallized with carbamoyl aspartate at pH 7.0 | ||||||
要素 | CAD protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / de novo pyrimidine biosynthesis / CAD / TIM-barrel / carboxylated lysine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aspartate binding / response to cortisol / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / dihydroorotase / citrulline biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / glutaminase ...aspartate binding / response to cortisol / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) / carbamoyl-phosphate synthase (ammonia) activity / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / dihydroorotase / citrulline biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / glutaminase / aspartate carbamoyltransferase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / glutaminase activity / UTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / response to caffeine / response to testosterone / glutamine metabolic process / response to amine / response to starvation / 'de novo' UMP biosynthetic process / animal organ regeneration / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cellular response to epidermal growth factor stimulus / lactation / xenobiotic metabolic process / liver development / cell projection / female pregnancy / peptidyl-threonine phosphorylation / response to insulin / terminal bouton / nuclear matrix / heart development / protein autophosphorylation / protein kinase activity / neuronal cell body / enzyme binding / protein-containing complex / zinc ion binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29949373933 Å | ||||||
データ登録者 | Ramon-Maiques, S. / Grande Garcia, A. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018 タイトル: Characterization of the catalytic flexible loop in the dihydroorotase domain of the human multi-enzymatic protein CAD. 著者: Del Cano-Ochoa, F. / Grande-Garcia, A. / Reverte-Lopez, M. / D'Abramo, M. / Ramon-Maiques, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hfr.cif.gz | 288.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hfr.ent.gz | 194.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hfr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6hfr_validation.pdf.gz | 458.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6hfr_full_validation.pdf.gz | 459.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6hfr_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6hfr_validation.cif.gz | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/6hfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/6hfr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6hfdC 6hfeC 6hffC 6hfhC 6hfiC 6hfjC 6hfkC 6hflC 6hfnC 6hfpC 6hfqC 6hfsC 6hfuC 6hg1C 6hg2C 6hg3C 4c6iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42917.992 Da / 分子数: 1 / 変異: F1563Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAD / プラスミド: pOPIN-M / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTI / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P27708, carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolysing), aspartate carbamoyltransferase, dihydroorotase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NCD / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein at 2-3 mg/ml in 20 mM Tris pH 8, 0.15 M NaCl, 0.02 mM zinc sulfate, 0.2 mM TCEP with 4 mM carbamoyl asparate. Mother liquor: 2.5-3 M potassium formate, 0.1 M HEPES pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.29949373933→46.7487412518 Å / Num. obs: 97702 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 15.8611365966 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.29949373933→1.35 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 9576 / CC1/2: 0.894 / Rrim(I) all: 0.622 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4C6I 解像度: 1.29949373933→46.7487412518 Å / SU ML: 0.0818415125436 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33823887622 / 位相誤差: 12.3578535767
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.6323181115 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.29949373933→46.7487412518 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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