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- PDB-6hf6: Crystal structure of the Protease 1 (E29A,E60A,E80A) from Pyrococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hf6
タイトルCrystal structure of the Protease 1 (E29A,E60A,E80A) from Pyrococcus horikoshii co-crystallized with Tb-Xo4.
要素Deglycase PH1704
キーワードHYDROLASE / meshandcollect / de novo phasing / SAD / crystallization / Tb-Xo4 / crystallophore / Lanthanide complex / multi-crystals data collection / ccCluster
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deglycase / protein deglycase activity / peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deglycase PfpI / PfpI endopeptidase domain profile. / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tb-Xo4 / MALONATE ION / TERBIUM(III) ION / Deglycase PH1704
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Engilberge, S. / Wagner, T. / Santoni, G. / Breyton, C. / Shima, S. / Franzetti, B. / Riobe, F. / Maury, O. / Girard, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2019
タイトル: Protein crystal structure determination with the crystallophore, a nucleating and phasing agent.
著者: Engilberge, S. / Wagner, T. / Santoni, G. / Breyton, C. / Shima, S. / Franzetti, B. / Riobe, F. / Maury, O. / Girard, E.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deglycase PH1704
B: Deglycase PH1704
C: Deglycase PH1704
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,04013
ポリマ－55,4293
非ポリマー2,61110
水9,944552
1
A: Deglycase PH1704
B: Deglycase PH1704
C: Deglycase PH1704
ヘテロ分子

A: Deglycase PH1704
B: Deglycase PH1704
C: Deglycase PH1704
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,08026
ポリマ－110,8586
非ポリマー5,22220
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area12160 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area34480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.620, 124.620, 130.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Deglycase PH1704 / Intracellular protease PH1704


分子量: 18476.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1704 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O59413, protein deglycase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-7MT / Tb-Xo4


分子量: 556.353 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N5O4Tb
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物
ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein concentration : 10 mg.ml-1 Crystallization drop : 1.5 ul of protein and 1.5 ul of the precipitant. Crystallization solution : 2.8 to 3.4 Sodium malonate pH 5.5. Note : Tb-Xo4 was ...詳細: Protein concentration : 10 mg.ml-1 Crystallization drop : 1.5 ul of protein and 1.5 ul of the precipitant. Crystallization solution : 2.8 to 3.4 Sodium malonate pH 5.5. Note : Tb-Xo4 was solubilized with the protein solution for a final concentration of 10 mM, 1 hour before to perform the crystallization drop.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.648 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.99 Å / Num. obs: 69275 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 30.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / Rpim(I) all: 0.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU R Cruickshank DPI: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.093
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 3384 4.89 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.163 69185 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.5527 Å20 Å20 Å2
2--8.5527 Å20 Å2
3----17.1053 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3906 0 115 553 4574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018146HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9914760HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1770SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1258HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8146HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion503SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9149SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 249 4.92 %
Rwork0.2033 4816 -
all0.2034 5065 -
obs--99.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7212-0.038-0.41470.92920.10330.5284-0.01850.2919-0.0855-0.06430.0286-0.01790.0183-0.0044-0.0102-0.1402-0.0184-0.016-0.043-0.0549-0.001833.797426.4045-14.488
22.19060.4554-0.16731.06610.05570.9098-0.06160.1283-0.1511-0.00650.0171-0.05520.0282-0.00750.0445-0.1629-0.00090.0173-0.0647-0.04930.022463.381629.7272-14.9103
31.2274-0.3034-0.43651.59820.84741.39730.13370.0660.4467-0.17440.0840.0034-0.24630.0124-0.2177-0.17320.00610.0883-0.15680.00560.223567.710560.3439-13.8824
42.3279-0.98440.1940.3483-0.17660.1307-0.00440.05970.16590.10810.04610.1347-0.1980.2399-0.0417-0.09640.0265-0.07-0.058-0.14930.035948.691244.9728-9.8334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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