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- PDB-6heg: Crystal structure of Escherichia coli DEAH/RHA helicase HrpB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6heg
タイトルCrystal structure of Escherichia coli DEAH/RHA helicase HrpB
要素ATP-dependent RNA helicase HrpB
キーワードHYDROLASE / DEAH/RHA Helicase RNA helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent helicase HrpB / ATP-dependent RNA helicase HrpB, C-terminal / ATP-dependent helicase C-terminal / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain ...ATP-dependent helicase HrpB / ATP-dependent RNA helicase HrpB, C-terminal / ATP-dependent helicase C-terminal / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / PHOSPHATE ION / ATP-dependent RNA helicase HrpB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.019 Å
データ登録者Xin, B.G. / Chen, W.F. / Rety, S. / Dai, Y.X. / Xi, X.G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370798, 11574252, 11774407 中国
Chinese Academy of SciencesG-quadruplex HELI 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli DEAH/RHA helicase HrpB.
著者: Xin, B.G. / Chen, W.F. / Rety, S. / Dai, Y.X. / Xi, X.G.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase HrpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,3489
ポリマ－89,2481
非ポリマー1,1008
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area37420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.550, 106.372, 180.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase HrpB


分子量: 89247.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: hrpB, yadO, b0148, JW0144
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P37024, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: Na Citrate 0.12M PEG 2000 MME 20% (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.019→53.1942 Å / Num. obs: 19075 / % possible obs: 99.89 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 65.88 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1844 / Rpim(I) all: 0.07963 / Rrim(I) all: 0.2013 / Net I/σ(I): 8.16
反射 シェル解像度: 3.019→3.127 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.7887 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 1863 / CC1/2: 0.777 / Rpim(I) all: 0.3396 / Rrim(I) all: 0.8601 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14rc1_3177: ???)精密化
XDSBUILT 20180409データ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XAU

2xau


解像度: 3.019→53.186 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2629 946 4.96 %5%
Rwork0.2078 ---
obs0.2106 19068 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.019→53.186 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6061 0 62 0 6123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0318446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5163829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061100
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0193-3.17850.3691320.27762529X-RAY DIFFRACTION100
3.1785-3.37760.32791510.24982507X-RAY DIFFRACTION100
3.3776-3.63830.34051180.24942575X-RAY DIFFRACTION100
3.6383-4.00430.30711150.20662587X-RAY DIFFRACTION100
4.0043-4.58350.24931370.17892569X-RAY DIFFRACTION100
4.5835-5.77360.211320.18742624X-RAY DIFFRACTION100
5.7736-53.19420.22121610.1962731X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.024-0.3626-0.38671.51420.08951.86950.1273-0.01720.0166-0.0986-0.1384-0.0176-0.376-0.005100.2746-0.0028-0.01240.21550.00420.184246.077857.4282103.9458
20.451-0.0409-0.52430.6123-0.18921.56840.10420.01150.029-0.064-0.0406-0.09330.048-0.035400.224-0.02150.00040.24580.01820.223756.53939.983595.7067
30.7070.03310.64760.9060.60651.3160.0811-0.313-0.0338-0.1129-0.191-0.3219-0.1473-0.1079-0.13860.2171-0.0415-0.02440.30310.14040.387271.060236.2899118.4809
41.01850.64070.09010.6750.18710.0735-0.31760.0552-0.162-0.06880.0870.17670.03780.1376-0.02150.3597-0.04710.03110.3360.10480.430738.9493-2.4626121.9738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 175 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 176 through 414 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 415 through 558 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 559 through 792 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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