PDB-6eud: Crystal structure of E. coli DExH-box NTPase HrpB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eud

タイトル

Crystal structure of E. coli DExH-box NTPase HrpB

要素

ATP-dependent RNA helicase HrpB

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / HrpB / DEAH/RHA helicase / bacterial helicase

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Wahl, M.C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of the Escherichia coli DExH-Box NTPase HrpB.
著者: Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Absmeier, E. / Klauck, E. / Wen, Y. / Antelmann, H. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2017年10月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eud.cif.gz	333.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eud.ent.gz	269.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eud	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6heg-d 5lgr-d 5lgq-d 5lgp-d 5k45-d 5lgs-d 2y1w-d 20222 5dwq-d 5k3o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent RNA helicase HrpB

ヘテロ分子

89.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.710, 131.410, 166.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ATP-dependent RNA helicase HrpB 分子量: 89521.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hrpB, yadO, b0148, JW0144 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37024, RNA helicase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES-NaOH, pH 6.5, 5% [w/v] PEG 6000, 10 % [v/v] MPD, 0.1 M LiCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763, 0.9795

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月5日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9763	1
2	0.9795	1

反射

解像度: 2.4→48 Å / Num. obs: 43551 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 1.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 3189 / CC_1/2: 0.584 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→47.623 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2386	2138	4.91 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.1903	43549	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.623 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6241	0	8	308	6557

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.087	8651
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.594	2444
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	994
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1142

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4558	0.3109	137	0.2801	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4558-2.5172	0.314	137	0.2683	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5172-2.5853	0.3496	141	0.2575	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5853-2.6613	0.3368	127	0.2408	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6613-2.7472	0.2748	145	0.2384	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7472-2.8454	0.2861	140	0.2383	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8454-2.9593	0.3152	133	0.2324	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9593-3.094	0.312	158	0.2276	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.094-3.257	0.284	115	0.1984	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.257-3.4611	0.2399	154	0.19	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4611-3.7282	0.2319	132	0.1756	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7282-4.1032	0.2106	148	0.1545	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1032-4.6965	0.199	152	0.1461	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6965-5.9153	0.2163	139	0.1668	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9153-47.6326	0.18	180	0.1597	2960	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8449	0.2521	-0.0074	3.5431	-2.7241	6.6584	-0.067	-0.4619	-0.7466	0.3288	-0.281	-0.0239	2.0708	0.5279	0.2449	1.122	0.0368	0.0862	0.6173	0.0784	0.5654	-3.1381	-3.3281	79.9537
2	0.4682	-0.0359	-0.4896	0.3852	0.7329	2.1809	-0.0109	0.0466	-0.1274	0.0376	-0.0423	0.0249	0.2151	-0.2244	0.0311	0.2943	-0.0176	-0.0264	0.2687	0.0177	0.3118	7.6117	15.3168	74.1922
3	2.2445	-1.5539	0.5395	2.4167	-0.403	0.8337	0.0951	0.1402	0.2495	-0.0523	-0.0428	-0.2772	-0.0784	-0.0086	-0.0621	0.3084	-0.0203	0.0232	0.2467	0.0555	0.3261	-8.5663	48.5914	45.3927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -2:129)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 130:519)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 520:805)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)