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万見
- PDB-6hee: Crystal structure of Extracellular Domain 1 (ECD1) of FtsX from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hee
タイトルCrystal structure of Extracellular Domain 1 (ECD1) of FtsX from S. pneumonie in complex with undecyl-maltoside
要素Cell division protein FtsX
キーワードCELL CYCLE / cell division / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease family / cell division site / cell division / plasma membrane / Cell division protein FtsX
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 2
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Martinez-Caballero, S. / Alcorlo-Pages, M. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Structure of the Large Extracellular Loop of FtsX and Its Interaction with the Essential Peptidoglycan Hydrolase PcsB in Streptococcus pneumoniae.
著者: Rued, B.E. / Alcorlo, M. / Edmonds, K.A. / Martinez-Caballero, S. / Straume, D. / Fu, Y. / Bruce, K.E. / Wu, H. / Havarstein, L.S. / Hermoso, J.A. / Winkler, M.E. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsX
B: Cell division protein FtsX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3665
ポリマ－26,6512
非ポリマー7153
水37821
1
A: Cell division protein FtsX
ヘテロ分子

B: Cell division protein FtsX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3665
ポリマ－26,6512
非ポリマー7153
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.610, 84.610, 106.189
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsX


分子量: 13325.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: ftsX, SPD_0660 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04LE4
#2: 化合物 ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: ammonium sulfate, sodium and potassium tartrate and sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42.31 Å / Num. obs: 17731 / % possible obs: 98.89 % / 冗長度: 22.1 % / Rpim(I) all: 0.004 / Net I/σ(I): 44.14
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rpim(I) all: 0.092

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化開始モデル: 6HE6

6he6


解像度: 2.3→42.31 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2976 922 5.2 %
Rwork0.2607 --
obs0.2626 17717 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1732 0 47 21 1800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9872429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1641086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.42130.40911360.32132332X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.5730.30521370.30612333X-RAY DIFFRACTION100
2.573-2.77170.38761360.29822348X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-3.05050.36081330.30342370X-RAY DIFFRACTION100
3.0505-3.49180.33651170.28642408X-RAY DIFFRACTION100
3.4918-4.39870.28781230.2342432X-RAY DIFFRACTION100
4.3987-44.98160.2531400.24542572X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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