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- PDB-6he6: Crystal structure of Extracellular Domain 1 (ECD1) of FtsX from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6he6
タイトルCrystal structure of Extracellular Domain 1 (ECD1) of FtsX from S. pneumonie in complex with dodecane-trimethylamine
要素Cell division protein FtsX
キーワードCELL CYCLE / cell division / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cell cycle / membrane => GO:0016020 / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3040 / Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE-TRIMETHYLAMINE / Cell division protein FtsX / Cell division protein FtsX
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Martinez-Caballero, S. / Alcorlo-Pages, M. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Mbio / : 2019
タイトル: Structure of the Large Extracellular Loop of FtsX and Its Interaction with the Essential Peptidoglycan Hydrolase PcsB in Streptococcus pneumoniae.
著者: Rued, B.E. / Alcorlo, M. / Edmonds, K.A. / Martinez-Caballero, S. / Straume, D. / Fu, Y. / Bruce, K.E. / Wu, H. / Havarstein, L.S. / Hermoso, J.A. / Winkler, M.E. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2018年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsX
B: Cell division protein FtsX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8803
ポリマ-26,6512
非ポリマー2281
45025
1
A: Cell division protein FtsX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5542
ポリマ-13,3261
非ポリマー2281
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cell division protein FtsX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3261
ポリマ-13,3261
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.870, 75.870, 97.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsX


分子量: 13325.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ERS044004_00806 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0I6INF5, UniProt: Q04LE4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CAT / DODECANE-TRIMETHYLAMINE / ドデシルトリメチルアミニウム


分子量: 228.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C15H34N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: ammonium sulfate, sodium and potassium tartrate and sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.05 Å / Num. obs: 19939 / % possible obs: 96.69 % / 冗長度: 24.4 % / Rpim(I) all: 0.006 / Net I/σ(I): 23.12
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rpim(I) all: 0.444

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N8N
解像度: 2→47.05 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2819 951 4.78 %
Rwork0.2411 --
obs0.2431 19881 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1870 0 16 25 1911
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8892609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1341651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.10550.41131290.36952666X-RAY DIFFRACTION100
2.1055-2.23740.41491470.32592617X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.41010.37951260.32832629X-RAY DIFFRACTION99
2.4101-2.65270.32661430.29812679X-RAY DIFFRACTION100
2.6527-3.03650.32811380.29562708X-RAY DIFFRACTION100
3.0365-3.82540.26551290.24442740X-RAY DIFFRACTION100
3.8254-47.06340.24481390.19632891X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59760.67590.01040.75050.06070.02230.8523-0.35880.524-0.50251.0871-0.93880.1578-1.17260.03161.7197-0.1899-0.20671.19650.18071.397629.48382.045328.6974
21.0585-0.16070.51982.6972-0.65170.7802-0.07390.0245-0.29710.19590.2512-0.39290.923-0.30120.00080.5904-0.0241-0.08690.6163-0.03230.530121.1909-1.724413.9753
30.2263-0.40410.52750.0174-0.00070.52610.0387-0.02110.3992-0.41560.0607-0.1801-0.3025-0.19250.00010.5170.03530.08520.5814-0.09730.717630.0343-0.8141-2.706
40.84870.9132-0.28130.69340.17381.50320.5330.07110.2266-0.2927-0.0764-0.6935-0.3442-0.51550.00010.57340.1189-0.00630.4538-0.01970.469823.24147.007915.4069
50.4861-0.5271-0.0520.332-0.0760.1039-0.2143-0.10280.4305-0.5601-0.9924-0.46090.4618-0.5778-0.00320.614-0.1287-0.08060.53550.06150.678828.1262-13.251520.4257
60.44440.49270.72210.21820.40890.5811-0.2408-0.26580.33990.4016-0.2444-0.55960.18160.3413-0.00210.7646-0.15080.03250.64150.00330.493624.3922-19.696916.539
71.5942-0.4264-0.32381.9201-0.50821.12490.42130.0867-0.0310.0094-0.08740.0518-0.0135-1.2693-0.00080.51540.0734-0.09230.7975-0.00290.439415.0614.192818.4184
80.11860.1261-0.08480.2552-0.04590.0095-0.03220.33530.82940.32580.5772-0.3915-0.4722-0.8642-0.00240.9473-0.0663-0.10771.09720.10190.971740.0688-7.646520.8229
91.8145-0.5741-0.00471.2379-0.0650.77950.0890.23710.19240.4687-0.17020.1240.6319-0.81330.00110.5578-0.1013-0.00990.58110.02280.409335.6914-16.166235.6026
100.1166-0.0708-0.52260.39810.90561.52780.13280.0510.55030.30870.355-0.24250.19790.4502-0.00130.44240.0389-0.0040.5614-0.0230.54141.2176-11.650242.4106
110.2740.1175-0.22250.404-0.10310.2438-0.4962-0.79492.01150.21410.55980.9065-0.595-0.47110.01560.46530.0102-0.01260.71240.29490.99824.3614-8.333831.1481
120.28720.16640.72670.08090.37881.71161.1954-0.58750.8926-0.0715-0.5438-1.2617-1.8609-1.87310.00770.99620.03430.15830.8622-0.10781.211914.3598-10.380128.9761
130.67030.73950.66640.96761.28521.2198-0.3284-0.0206-0.05260.2165-0.02210.19180.5097-0.21130.00030.3915-0.03270.05450.57810.12910.52332.5631-15.15632.9263
140.99910.5825-0.08311.27520.12250.0188-0.88230.0085-0.88130.15770.26-0.05082.1001-0.1976-0.01581.05070.01930.01590.54040.05740.534140.9803-25.023732.003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 8 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 9 through 26 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 41 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 42 through 60 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 61 through 71 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 72 through 88 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 89 through 118 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 8 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 9 through 26 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 27 through 60 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 61 through 70 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 71 through 80 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 81 through 96 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 97 through 118 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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