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- PDB-6vfo: Solution structure of the PHD of mouse UHRF1 (NP95) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vfo
タイトルSolution structure of the PHD of mouse UHRF1 (NP95)
要素E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Histone / Plant Homeodomain / NP95 / H3K9me3
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3 ubiquitin ligase activity / hemi-methylated DNA-binding / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / mitotic spindle assembly / protein autoubiquitination / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / heterochromatin / heterochromatin formation ...histone H3 ubiquitin ligase activity / hemi-methylated DNA-binding / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / mitotic spindle assembly / protein autoubiquitination / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / heterochromatin / heterochromatin formation / methylated histone binding / positive regulation of protein metabolic process / replication fork / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / nuclear matrix / ubiquitin protein ligase activity / histone binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / DNA repair / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / UHRF1, tandem tudor domain / UHRF1/2-like / Tandem tudor domain within UHRF1 / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily ...: / UHRF1, tandem tudor domain / UHRF1/2-like / Tandem tudor domain within UHRF1 / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Lemak, A. / Houliston, S. / Duan, S. / Arrowsmith, C.H.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2015-05939 カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Alternative splicing and allosteric regulation modulate the chromatin binding of UHRF1.
著者: Tauber, M. / Kreuz, S. / Lemak, A. / Mandal, P. / Yerkesh, Z. / Veluchamy, A. / Al-Gashgari, B. / Aljahani, A. / Cortes-Medina, L.V. / Azhibek, D. / Fan, L. / Ong, M.S. / Duan, S. / ...著者: Tauber, M. / Kreuz, S. / Lemak, A. / Mandal, P. / Yerkesh, Z. / Veluchamy, A. / Al-Gashgari, B. / Aljahani, A. / Cortes-Medina, L.V. / Azhibek, D. / Fan, L. / Ong, M.S. / Duan, S. / Houliston, S. / Arrowsmith, C.H. / Fischle, W.
履歴
登録2020年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8904
ポリマ－8,6941
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Nuclear protein 95 / Nuclear zinc finger protein Np95 / RING-type E3 ubiquitin transferase UHRF1 / ...Nuclear protein 95 / Nuclear zinc finger protein Np95 / RING-type E3 ubiquitin transferase UHRF1 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / mUhrf1 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 1


分子量: 8693.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Uhrf1, Np95 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VDF2, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic23D HNCO
141isotropic23D CBCA(CO)NH
151isotropic23D HNCA
1101isotropic23D HBHA(CO)NH
191isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
181isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
171isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 200 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] PHD, 5 mM DTT, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 mM TCEP, 150 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O
Label: Double_labeled / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMPHD[U-99% 13C; U-99% 15N]1
5 mMDTTnatural abundance1
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
5 mMTCEPnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 290 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
ABACUSLemak and Arrowsmithchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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