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- PDB-6hdu: Crystal structure of human Rab38 in complex with GTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hdu
タイトルCrystal structure of human Rab38 in complex with GTP
要素Ras-related protein Rab-38
キーワードSIGNALING PROTEIN / Rab small GTPase / membrane trafficking / cellular dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


BLOC-2 complex binding / AP-3 adaptor complex binding / phagosome acidification / AP-1 adaptor complex binding / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / endosome to melanosome transport / platelet dense granule organization / melanosome assembly / positive regulation of melanin biosynthetic process / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site ...BLOC-2 complex binding / AP-3 adaptor complex binding / phagosome acidification / AP-1 adaptor complex binding / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / endosome to melanosome transport / platelet dense granule organization / melanosome assembly / positive regulation of melanin biosynthetic process / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / GTP-dependent protein binding / RAB geranylgeranylation / melanosome membrane / melanosome organization / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein localization to membrane / positive regulation of protein localization to cell periphery / small GTPase-mediated signal transduction / phagocytic vesicle / vesicle-mediated transport / endomembrane system / small monomeric GTPase / mitochondrion organization / intracellular protein transport / trans-Golgi network / phagocytic vesicle membrane / melanosome / protein transport / cell body / early endosome / lysosome / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras-related protein Rab29/Rab38/Rab32 / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Ras-related protein Rab29/Rab38/Rab32 / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-38
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.793 Å
データ登録者McGrath, E. / Waschbusch, D. / Khan, A.R.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland12/1A/1239 アイルランド
引用ジャーナル: Small GTPases / 年: 2019
タイトル: LRRK2 binds to the Rab32 subfamily in a GTP-dependent mannerviaits armadillo domain.
著者: McGrath, E. / Waschbusch, D. / Baker, B.M. / Khan, A.R.
履歴
登録2018年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-38
B: Ras-related protein Rab-38
C: Ras-related protein Rab-38
D: Ras-related protein Rab-38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,75412
ポリマ－83,5644
非ポリマー2,1908
水12,611700
1
A: Ras-related protein Rab-38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4393
ポリマ－20,8911
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related protein Rab-38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4393
ポリマ－20,8911
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ras-related protein Rab-38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4393
ポリマ－20,8911
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ras-related protein Rab-38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4393
ポリマ－20,8911
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.045, 70.993, 74.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-38 / Melanoma antigen NY-MEL-1


分子量: 20891.076 Da / 分子数: 4 / 変異: Q69L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB38 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57729
#2: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus A9 10% PEG 20000 20% PEG 550 MME 0.02M divalent cations 0.1M bicine/Trizma base pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→49.28 Å / Num. obs: 66651 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.79→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.652 / Rrim(I) all: 0.718

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ff8

6ff8


解像度: 1.793→49.28 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.84 / 位相誤差: 25.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 3358 5.05 %
Rwork0.1884 --
obs0.1897 66457 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.793→49.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5517 0 132 700 6349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7967978
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4914433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054867
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005988
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7926-1.81820.2706910.27282333X-RAY DIFFRACTION86
1.8182-1.84530.27961210.25522629X-RAY DIFFRACTION100
1.8453-1.87410.31671210.25022656X-RAY DIFFRACTION100
1.8741-1.90490.26721540.22962616X-RAY DIFFRACTION100
1.9049-1.93770.24651270.22792649X-RAY DIFFRACTION100
1.9377-1.9730.24111250.22032629X-RAY DIFFRACTION100
1.973-2.01090.26361480.22182659X-RAY DIFFRACTION99
2.0109-2.05190.23931590.20192589X-RAY DIFFRACTION100
2.0519-2.09660.24931360.18732631X-RAY DIFFRACTION99
2.0966-2.14530.22041450.18562631X-RAY DIFFRACTION100
2.1453-2.1990.23661440.18832636X-RAY DIFFRACTION100
2.199-2.25840.21561550.17852635X-RAY DIFFRACTION100
2.2584-2.32490.22171390.18352637X-RAY DIFFRACTION100
2.3249-2.39990.21521390.18652623X-RAY DIFFRACTION100
2.3999-2.48570.22941470.19022630X-RAY DIFFRACTION100
2.4857-2.58520.21591290.19292654X-RAY DIFFRACTION100
2.5852-2.70290.22111390.18832657X-RAY DIFFRACTION100
2.7029-2.84540.19821670.19012630X-RAY DIFFRACTION100
2.8454-3.02360.20381320.1872668X-RAY DIFFRACTION100
3.0236-3.2570.19261390.1792648X-RAY DIFFRACTION100
3.257-3.58470.18721430.16832656X-RAY DIFFRACTION100
3.5847-4.10320.18321580.16412645X-RAY DIFFRACTION100
4.1032-5.16870.17641600.15852663X-RAY DIFFRACTION100
5.1687-49.29870.22211400.20842695X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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