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万見
- PDB-6hdd: OBP chaperonin in the nucleotide-free state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hdd
タイトルOBP chaperonin in the nucleotide-free state
要素Putative chaperonin GroEL
キーワードCHAPERONE / chaperonin / nucleotide-free
機能・相同性Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / ATP binding / Putative chaperonin GroEL
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage OBP (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Semenyuk, P.I. / Stanishneva-Konovalova, T.B. / Sokolova, O.S.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research19-04-00605 ロシア
Russian Foundation for Basic Research18-04-01281 ロシア
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM reveals an asymmetry in a novel single-ring viral chaperonin.
著者: Tatiana B Stanishneva-Konovalova / Pavel I Semenyuk / Lidia P Kurochkina / Evgeny B Pichkur / Alexander L Vasilyev / Mikhail V Kovalchuk / Mikhail P Kirpichnikov / Olga S Sokolova /
要旨: Chaperonins are ubiquitously present protein complexes, which assist the proper folding of newly synthesized proteins and prevent aggregation of denatured proteins in an ATP-dependent manner. They ...Chaperonins are ubiquitously present protein complexes, which assist the proper folding of newly synthesized proteins and prevent aggregation of denatured proteins in an ATP-dependent manner. They are classified into group I (bacterial, mitochondrial, chloroplast chaperonins) and group II (archaeal and eukaryotic cytosolic variants). However, both of these groups do not include recently discovered viral chaperonins. Here, we solved the symmetry-free cryo-EM structures of a single-ring chaperonin encoded by the gene 246 of bacteriophage OBP Pseudomonas fluorescens, in the nucleotide-free, ATPγS-, and ADP-bound states, with resolutions of 4.3 Å, 5.0 Å, and 6 Å, respectively. The structure of OBP chaperonin reveals a unique subunit arrangement, with three pairs of subunits and one unpaired subunit. Each pair combines subunits in two possible conformations, differing in nucleotide-binding affinity. The binding of nucleotides results in the increase of subunits' conformational variability. Due to its unique structural and functional features, OBP chaperonin can represent a new group.
履歴
登録2018年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0204
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative chaperonin GroEL
B: Putative chaperonin GroEL
C: Putative chaperonin GroEL
D: Putative chaperonin GroEL
E: Putative chaperonin GroEL
F: Putative chaperonin GroEL
G: Putative chaperonin GroEL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)400,8187
ポリマ－400,8187
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area21050 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area162960 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Putative chaperonin GroEL


分子量: 57259.703 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas phage OBP (ファージ) / 遺伝子: OBP_246 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G9I9H9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: OBP chaperonin in the nucleotide-free state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.42 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage OBP (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 100 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127180 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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