PDB-6hcp: Crystal structure of BauA, the Ferric preacinetobactin receptor f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hcp

タイトル

Crystal structure of BauA, the Ferric preacinetobactin receptor from Acinetobacter baumannii

要素

BauA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / BauA / outer-membrane transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

: / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Moynie, L. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Preacinetobactin not acinetobactin is essential for iron uptake by the BauA transporter of the pathogenAcinetobacter baumannii.
著者: Moynie, L. / Serra, I. / Scorciapino, M.A. / Oueis, E. / Page, M.G. / Ceccarelli, M. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2018年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hcp.cif.gz	475 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hcp.ent.gz	386 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hcp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h7fC 6h7vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h7f-d 7l3q-d 6x40-d 7kds-1 7kqz-1 4z9n-d 1vnc-2 5jsb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BauA

B: BauA

C: BauA

ヘテロ分子

244 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, The biological assembly is unclear, SEC-MALS result is dependent of the detergent used., light scattering, The biological assembly is unclear, SEC-MALS result is dependent ...根拠: light scattering, The biological assembly is unclear, SEC-MALS result is dependent of the detergent used., light scattering, The biological assembly is unclear, SEC-MALS result is dependent of the detergent used., light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.200, 219.520, 101.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1547- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 33 - 703 / Label seq-ID: 36 - 706

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	BauA / Probable ferric acinetobactin receptor 分子量: 76346.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: bauA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76HJ9
#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	... ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1995 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 8000 Hepes KCl ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→57.24 Å / Num. obs: 339550 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 25109 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.83→57.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.964 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17662	17140	5 %	RANDOM
R_work	0.15552	-	-	-
obs	0.15659	322409	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	0 Å²	0.74 Å²
2-	-	-0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.83→57.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15402	0	733	1995	18130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.014	17154
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	15556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.16	1.69	23123
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.917	1.74	36524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.045	5	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.46	23.529	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.447	15	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.521	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	19209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3195
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.31	3.037	8462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.306	3.036	8461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.896	4.536	10686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.896	4.536	10687
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.62	3.719	8692
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.615	3.718	8689
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.4	5.292	12432
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.633	38.238	18088
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.448	36.992	17364
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	22345	0.06
1	2	B	22345	0.06
2	1	A	22115	0.07
2	2	C	22115	0.07
3	1	B	22087	0.07
3	2	C	22087	0.07

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.877 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	1268	-
R_work	0.251	23807	-
obs	-	-	99.58 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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