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- PDB-6hcp: Crystal structure of BauA, the Ferric preacinetobactin receptor f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hcp
タイトルCrystal structure of BauA, the Ferric preacinetobactin receptor from Acinetobacter baumannii
要素BauA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BauA / outer-membrane transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / BauA
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Moynie, L. / Naismith, J.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Preacinetobactin not acinetobactin is essential for iron uptake by the BauA transporter of the pathogenAcinetobacter baumannii.
著者: Moynie, L. / Serra, I. / Scorciapino, M.A. / Oueis, E. / Page, M.G. / Ceccarelli, M. / Naismith, J.H.
履歴
登録2018年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BauA
B: BauA
C: BauA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,267110
ポリマ－229,0403
非ポリマー15,227107
水35,9401995
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, The biological assembly is unclear, SEC-MALS result is dependent of the detergent used., light scattering, The biological assembly is unclear, SEC-MALS result is dependent ...根拠: light scattering, The biological assembly is unclear, SEC-MALS result is dependent of the detergent used., light scattering, The biological assembly is unclear, SEC-MALS result is dependent of the detergent used., light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35720 Å2
ΔGint351 kcal/mol
Surface area74330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.200, 219.520, 101.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1547-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 33 - 703 / Label seq-ID: 36 - 706

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 BauA / Probable ferric acinetobactin receptor


分子量: 76346.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: bauA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76HJ9
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物...
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1995 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 8000 Hepes KCl ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→57.24 Å / Num. obs: 339550 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 25109 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→57.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.964 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17662 17140 5 %RANDOM
Rwork0.15552 ---
obs0.15659 322409 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20.74 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.83→57.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15402 0 733 1995 18130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01417154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.01715556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.161.6923123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9171.7436524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.04552162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4623.529782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.447152561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5211564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.22190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0219209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.313.0378462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3063.0368461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8964.53610686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8964.53610687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.623.7198692
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6153.7188689
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.45.29212432
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.63338.23818088
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.44836.99217364
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A223450.06
12B223450.06
21A221150.07
22C221150.07
31B220870.07
32C220870.07
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.877 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 1268 -
Rwork0.251 23807 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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