PDB-7kds: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 in complex with Aden...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kds

タイトル

Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 in complex with Adenosine-5'-propylphosphate from Candida albicans

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase 2

キーワード

LIGASE / SSGCID / ACS2 / Acetate--CoA ligase 2 / Acyl-activating enzyme 2 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA biosynthetic process / AMP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 in complex with Adenosine-5'-propylphosphate from Candida albicans
著者: Abendroth, J. / Fox III, D. / DeBouver, N.D. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kds.cif.gz	261 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kds.ent.gz	209.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kds_validation.pdf.gz	768.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kds_full_validation.pdf.gz	770.4 KB	表示
XML形式データ	7kds_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	7kds_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ifiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dyn-2 7l3q-d 7l4g-d 3tg6-3 4dyp-2 7kno-d 6zt9-d 4dyb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-CaalA.00629.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

ヘテロ分子

76.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

ヘテロ分子

A: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

ヘテロ分子

A: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
229 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.920, 166.920, 166.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-701- NA

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 2 / Acetate--CoA ligase 2 / Acyl-activating enzyme 2 分子量: 75908.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: ACS2, CAALFM_C104290CA, CaO19.1064, CaO19.8666 / プラスミド: CaalA.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NJN3, acetate-CoA ligase
#2: 化合物	ChemComp-PRX / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-PROPYL ESTER / ADENOSINE-5'-PROPYLPHOSPHATE / 5′-アデニル酸プロピル分子量: 389.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₀N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Microlytics MCSG1 screen, condition G10: 100mM Mg-formate, 15% (wV) PEG 3350: CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 10mg/ml + 1mM Propyl-AMP + 1mM TCEP: tray: 313278g10: cryo: 25% EG + compounds: puck cfh0-10

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月17日 / 詳細: DCM, Si-111

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 18239 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 38.471 % / B_iso Wilson estimate: 104.656 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 0.855 / Net I/σ(I): 34.52

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.9-2.98	35.162	2.617	1.55	1305	0.634	2.655	100
2.98-3.06	39.121	1.945	2.34	1276	0.838	1.97	100
3.06-3.15	40.643	1.44	3.35	1265	0.879	1.458	100
3.15-3.24	40.217	0.95	5.18	1197	0.957	0.962	100
3.24-3.35	38.581	0.644	7.63	1180	0.975	0.652	100
3.35-3.47	39.72	0.455	10.75	1148	0.99	0.461	100
3.47-3.6	38.654	0.321	14.82	1100	0.994	0.326	100
3.6-3.74	40.523	0.228	21.16	1074	0.997	0.23	100
3.74-3.91	39.87	0.172	27.23	1018	0.998	0.174	100
3.91-4.1	38.17	0.12	36.8	991	0.999	0.122	100
4.1-4.32	39.023	0.09	48.02	938	0.999	0.092	100
4.32-4.59	38.299	0.072	56.52	887	1	0.072	100
4.59-4.9	39.442	0.061	66.97	857	1	0.062	100
4.9-5.29	38.19	0.059	66.93	784	1	0.06	100
5.29-5.8	37.823	0.057	69.59	736	1	0.058	100
5.8-6.48	37.864	0.05	75.68	669	1	0.05	100
6.48-7.49	37.422	0.043	85.39	609	1	0.044	100
7.49-9.17	34.824	0.036	102.26	518	1	0.036	100
9.17-12.97	34.831	0.031	116.72	425	1	0.032	100
12.97-50	29.076	0.032	107.47	262	1	0.033	96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19rc2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 5ifi

5ifi

解像度: 2.9→48.19 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2666	1881	10.34 %
R_work	0.2319	16307	-
obs	0.2355	18188	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 212.22 Å² / B_iso mean: 118.4022 Å² / B_iso min: 74.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→48.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4801	0	27	4	4832
B_iso mean	-	-	111.65	99.77	-
残基数	-	-	-	-	654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4954
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.493	6785
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.83	1675
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	762
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	899

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.9-2.98	0.3461	122	0.3542	1253	1375
2.98-3.07	0.3872	139	0.3231	1212	1351
3.07-3.17	0.3497	153	0.3188	1218	1371
3.17-3.28	0.402	145	0.3485	1229	1374
3.28-3.41	0.3626	139	0.3123	1221	1360
3.41-3.57	0.33	120	0.2792	1258	1378
3.57-3.75	0.3374	146	0.2589	1225	1371
3.75-3.99	0.2955	148	0.2577	1241	1389
3.99-4.3	0.2748	140	0.2266	1257	1397
4.3-4.73	0.23	157	0.1817	1251	1408
4.73-5.41	0.2381	124	0.2132	1289	1413
5.42-6.81	0.2526	173	0.2273	1274	1447
6.83-48.19	0.227	175	0.2072	1379	1554

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9036	-0.2966	0.4418	2.5645	0.6338	3.5055	-0.1661	-0.1675	-0.0252	0.0305	-0.1007	0.3533	-0.4062	-0.4763	0.3032	0.7663	0.0326	-0.0003	0.7854	0.0001	0.7633	22.2599	-27.9957	-30.1901
2	0.901	0.6251	0.5014	2.822	1.3322	1.545	-0.1236	-0.2021	0.6263	0.1439	-0.2317	0.4603	-0.4982	-0.5243	0.3103	0.9694	0.1897	-0.0606	1.1073	-0.1616	1.0609	25.7687	-11.4706	-15.8385

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 370 )	A	20 - 370
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 371 through 683 )	A	371 - 683

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