PDB-6hcd: Structure of universal stress protein from Archaeoglobus fulgidus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hcd

タイトル

Structure of universal stress protein from Archaeoglobus fulgidus

要素

UNIVERSAL STRESS PROTEIN

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Shumilin, I.A. / Loch, J.I. / Cymborowski, M. / Xu, X. / Edwards, A. / Di Leo, R. / Shabalin, I.G. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Evol Appl / 年: 2013
タイトル: Structural and functional insight into the universal stress protein family.
著者: Tkaczuk, K.L. / A Shumilin, I. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Minor, W.

履歴

登録	2018年8月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2018年8月29日	ID: 3DLO
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2022年5月4日	Group: Atomic model / Structure summary / カテゴリ: atom_site / audit_author Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _audit_author.identifier_ORCID
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hcd.cif.gz	228.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hcd.ent.gz	183.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hcd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hcd_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hcd_full_validation.pdf.gz	476.3 KB	表示
XML形式データ	6hcd_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	6hcd_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/6hcd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pfsC 3qtbC 3tnjC 3dlo PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2f93-d 5gie-1 4znk-d 1v0o-1 4zr0-1 4znj-d 4ese-d 3a3z-d 2f95-d 4wzg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC7551

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UNIVERSAL STRESS PROTEIN

B: UNIVERSAL STRESS PROTEIN

C: UNIVERSAL STRESS PROTEIN

D: UNIVERSAL STRESS PROTEIN

ヘテロ分子

70.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UNIVERSAL STRESS PROTEIN

B: UNIVERSAL STRESS PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: UNIVERSAL STRESS PROTEIN

D: UNIVERSAL STRESS PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.174, 99.158, 57.387
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	ILE	ILE	A	A	3 - 133	24 - 154
2	1	TYR	TYR	ILE	ILE	B	B	3 - 133	24 - 154
1	2	TYR	TYR	ILE	ILE	A	A	3 - 133	24 - 154
2	2	TYR	TYR	ILE	ILE	C	C	3 - 133	24 - 154
1	3	ILE	ILE	ILE	ILE	A	A	2 - 133	23 - 154
2	3	ILE	ILE	ILE	ILE	D	D	2 - 133	23 - 154
1	4	TYR	TYR	LYS	LYS	B	B	3 - 134	24 - 155
2	4	TYR	TYR	LYS	LYS	C	C	3 - 134	24 - 155
1	5	TYR	TYR	ILE	ILE	B	B	3 - 133	24 - 154
2	5	TYR	TYR	ILE	ILE	D	D	3 - 133	24 - 154
1	6	TYR	TYR	ILE	ILE	C	C	3 - 133	24 - 154
2	6	TYR	TYR	ILE	ILE	D	D	3 - 133	24 - 154

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	UNIVERSAL STRESS PROTEIN 分子量: 17339.494 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF_0826 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus RIL / 参照: UniProt: O29432
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子量: 179.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M BIS-TRIS PH5.5, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 25%PEG3350.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月22日 / 詳細: MIRROR

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 38249 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 0.81 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	4.3	0.762	1886	0.746	0.408	0.867	0.939	100
1.93-1.97	4.4	0.683	1935	0.807	0.36	0.774	0.926	99.9
1.97-2.01	4.4	0.553	1864	0.859	0.289	0.626	0.899	100
2.01-2.05	4.5	0.506	1937	0.888	0.263	0.572	0.876	100
2.05-2.09	4.5	0.494	1890	0.869	0.257	0.558	0.9	100
2.09-2.14	4.6	0.412	1920	0.914	0.211	0.464	0.942	100
2.14-2.19	4.6	0.354	1875	0.926	0.181	0.398	0.919	100
2.19-2.25	4.6	0.313	1935	0.958	0.159	0.352	0.849	99.9
2.25-2.32	4.6	0.262	1880	0.974	0.132	0.294	0.817	100
2.32-2.39	4.6	0.217	1939	0.98	0.11	0.244	0.87	100
2.39-2.48	4.7	0.175	1875	0.989	0.089	0.197	0.825	100
2.48-2.58	4.6	0.159	1941	0.988	0.081	0.179	0.833	100
2.58-2.7	4.6	0.114	1919	0.994	0.058	0.128	0.779	100
2.7-2.84	4.6	0.094	1889	0.994	0.048	0.106	0.743	99.9
2.84-3.02	4.6	0.071	1933	0.994	0.036	0.08	0.744	100
3.02-3.25	4.5	0.05	1879	0.997	0.026	0.057	0.713	99.9
3.25-3.58	4.5	0.037	1951	0.997	0.019	0.042	0.672	99.9
3.58-4.09	4.5	0.031	1922	0.998	0.016	0.036	0.705	99.9
4.09-5.16	4.1	0.026	1922	0.997	0.014	0.03	0.68	100
5.16-50	4.7	0.027	1957	0.998	0.014	0.031	0.584	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DLO

3dlo
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.9→32.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 7.351 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20736	1666	4.8 %	RANDOM
R_work	0.16743	-	-	-
obs	0.16936	33097	91.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.148 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6 Å²	0 Å²	-1.17 Å²
2-	-	-0.97 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→32.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4125	0	69	221	4415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.014	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.114	1.683	5787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.823	1.664	9749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.365	5	537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.268	20.278	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.481	15	780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.041	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4761
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.973	0.715	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.732	0.711	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.599	1.036	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.598	1.036	2666
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	18.095	1.71	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	18.115	1.713	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	17.509	2.096	3119
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	16.944	11.516	4724
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	16.945	11.525	4725
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3802	0.13
1	2	B	3802	0.13
2	1	A	3938	0.1
2	2	C	3938	0.1
3	1	A	3727	0.12
3	2	D	3727	0.12
4	1	B	3862	0.13
4	2	C	3862	0.13
5	1	B	3791	0.1
5	2	D	3791	0.1
6	1	C	3721	0.12
6	2	D	3721	0.12

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	55	-
R_work	0.211	1232	-
obs	-	-	46.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0692	2.0845	-0.7035	2.2954	-0.2124	1.677	0.036	-0.1019	-0.1895	0.1249	-0.063	-0.0629	0.0628	-0.0379	0.0271	0.1505	-0.0301	0.0126	0.1708	0.0366	0.2115	9.337	53.315	30.77
2	0.869	0.8199	0.902	2.138	0.3022	2.3265	-0.128	0.0732	0.0308	-0.0422	0.0905	-0.0205	-0.0123	0.081	0.0374	0.0843	-0.0054	0.045	0.1795	0.006	0.1174	11.225	56.649	28.354
3	14.6659	13.3661	7.4794	15.1132	9.9505	8.9232	-0.4139	0.5673	0.0832	-0.6673	0.3395	0.1156	0.0466	0.3052	0.0743	0.3822	0.0099	0.1048	0.2335	-0.0305	0.1436	10.192	43.49	13.946
4	0.9395	0.5562	-0.2363	1.9296	0.3759	1.0954	-0.0563	0.0022	-0.1033	-0.0218	0.0611	0.0191	0.0526	0.0465	-0.0049	0.0945	-0.0061	0.0399	0.1596	0.0005	0.1046	7.754	51.411	27.986
5	1.112	0.0819	0.096	0.4525	-1.1288	3.9107	-0.0068	0.1318	0.0352	-0.0058	0.0369	0.0432	-0.0725	-0.0195	-0.0301	0.1312	-0.0128	-0.0014	0.1668	0.0127	0.1512	-1.031	62.982	21.837
6	5.279	1.1329	-1.5562	4.176	-1.2581	3.752	0.114	-0.1189	0.1067	0.1314	0.0002	0.1743	-0.1424	-0.2142	-0.1141	0.1663	0.0323	0.0404	0.1536	-0.0092	0.1125	-3.867	71.306	40.079
7	0.666	-1.4668	0.6045	3.4778	-1.2625	0.6205	-0.01	0.0023	-0.1053	0.0881	0.0891	0.2319	-0.0635	0.0399	-0.0791	0.1391	0.0053	0.0254	0.168	-0.0027	0.1248	0.972	74.867	39.147
8	30.082	5.0247	41.6414	12.7548	15.2714	63.4693	-0.062	-2.8921	0.2936	0.9977	-1.0162	1.0356	0.7244	-4.4076	1.0782	0.5998	-0.22	0.0999	0.7551	-0.2957	0.666	-20.028	87.018	35.057
9	0.9228	-0.1775	0.3566	2.7261	-0.5866	1.6313	-0.0055	-0.0429	0.0128	0.0346	0.0341	0.2814	-0.1759	-0.1032	-0.0286	0.089	0.0177	0.0557	0.1381	-0.0028	0.1384	-4.108	77.452	37.46
10	0.6777	0.8012	0.8546	1.0196	0.8595	1.628	-0.1092	-0.0257	0.1084	-0.1943	0.0004	0.1792	-0.1057	-0.0493	0.1088	0.1857	0.0021	-0.0359	0.1587	0.0116	0.1822	-6.431	66.35	25.505
11	9.0603	0.8537	-2.79	4.7802	-2.1238	2.237	0.0054	-0.0044	0.2884	0.3033	0.1088	0.0066	-0.1865	-0.076	-0.1142	0.2112	0.0278	0.0509	0.1526	-0.044	0.1267	13.777	76	66.889
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13	8.0284	-4.8266	-6.8783	21.1063	1.1436	13.5302	-0.0257	-0.1494	0.276	-0.9518	0.0235	0.4452	-1.0719	-1.8383	0.0022	0.4192	0.2497	-0.1542	0.6942	-0.2552	0.5811	-0.815	89.355	58.182
14	10.2464	-3.5603	8.6405	5.7116	-3.8308	10.6441	-0.1604	-0.2416	0.323	0.4009	0.0475	0.3709	-0.4515	-0.1205	0.113	0.1864	0.0059	0.125	0.1406	-0.0359	0.1402	8.975	80.376	72.754
15	0.232	-0.0642	-0.2412	1.813	0.3218	0.8105	-0.0009	-0.0142	0.0402	-0.0431	-0.0067	0.0337	-0.0948	-0.0148	0.0075	0.0895	-0.0091	0.0659	0.1599	0.0002	0.1305	15.127	75.562	57.985
16	5.0902	0.2623	-2.9652	5.2441	-3.4189	12.2541	-0.2486	-0.2734	-0.5193	-0.152	-0.2204	-0.4259	0.6822	0.4757	0.469	0.1704	0.0279	0.0462	0.209	0.0323	0.1785	23.976	48.69	79.946
17	0.6127	0.1714	0.272	1.9737	0.0005	0.9764	-0.0812	-0.0507	-0.0427	-0.1577	-0.0363	-0.1581	-0.0052	0.0346	0.1176	0.064	-0.0008	0.0753	0.1692	0.0277	0.1417	29.948	58.386	59.03
18	13.7786	8.9621	7.5022	21.532	10.8216	15.5875	-0.0692	0.904	-0.4481	-0.7161	0.7291	-0.7471	0.0405	1.0408	-0.66	0.1305	-0.0084	0.095	0.1612	-0.0311	0.2066	35.897	47.233	47.108
19	1.9657	0.7797	0.0325	2.3358	0.5734	0.6548	0	-0.0646	-0.1405	-0.091	-0.0216	-0.0474	0.057	0.0247	0.0216	0.0927	0.0124	0.0759	0.1549	0.0288	0.1143	27.545	54.161	59.209
20	2.4367	-0.8547	1.7544	2.0714	-0.0541	3.9013	0.0088	0.1348	0.0262	-0.2016	-0.0473	0.0122	-0.0516	0.0437	0.0385	0.1107	0.006	0.029	0.1388	-0.0074	0.1246	18.255	63.987	52.911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	46 - 57
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	58 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	106 - 134
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 22
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	23 - 45
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	46 - 50
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	51 - 107
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	108 - 134
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	3 - 16
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	17 - 45
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	46 - 50
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	51 - 72
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	73 - 134
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	-5 - 3
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	4 - 47
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	48 - 57
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	58 - 105
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	106 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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