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- PDB-6hau: KSHV PAN RNA Mta-response element fragment complexed with the glo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hau
タイトルKSHV PAN RNA Mta-response element fragment complexed with the globular domain of herpesvirus saimiri ORF57
要素
  • MRE fragment of PAN RNA
  • mRNA export factor ICP27 homolog
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Homodimer / ICP27 / IHD / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / host cell nucleus / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus ICP27-like / Herpesvirus transcriptional regulator family
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / RNA / RNA (> 10) / mRNA export factor ICP27 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Saimiriine herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Tunnicliffe, R.B. / Levy, C. / Ruiz Nivia, H.D. / Sandri-Goldin, R.M. / Golovanov, A.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI107803 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural identification of conserved RNA binding sites in herpesvirus ORF57 homologs: implications for PAN RNA recognition.
著者: Tunnicliffe, R.B. / Levy, C. / Ruiz Nivia, H.D. / Sandri-Goldin, R.M. / Golovanov, A.P.
履歴
登録2018年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年4月10日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA export factor ICP27 homolog
B: mRNA export factor ICP27 homolog
D: MRE fragment of PAN RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0506
ポリマ－66,8603
非ポリマー1903
水7,764431
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALLS of Apo protein indicated homo-dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area24240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.657, 105.261, 118.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 mRNA export factor ICP27 homolog / 52 kDa immediate-early phosphoprotein / EB2 protein homolog


分子量: 30739.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saimiriine herpesvirus 2 (strain 11) (ヘルペスウイルス)
株: 11 / 遺伝子: EJRF1, ORF57 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 express / 参照: UniProt: P13199
#2: RNA鎖 MRE fragment of PAN RNA


分子量: 5382.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: PAN RNA Mta-responsive element fragment, bases 34-50
由来: (合成) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.06 M divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate), 0.1 M (Imidazole, MES) Buffer System pH 6.5, 50 % v/v GOL_P4K (Morpheus HT96 A3 Molecular Dimensions)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.858→78.71 Å / Num. obs: 62577 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 28.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07311 / Rrim(I) all: 0.07854 / Net I/σ(I): 18.23
反射 シェル解像度: 1.858→1.925 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.7248 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique obs: 6135 / CC1/2: 0.798 / Rrim(I) all: 0.7766 / % possible all: 99.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Apo HVS ORF57

解像度: 1.86→78.71 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.81
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 5953 5 %Random
Rwork0.158 ---
obs0.16 62543 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→78.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4304 119 6 431 4860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9246428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0412879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8582-1.87930.27332230.27053817X-RAY DIFFRACTION100
1.8793-1.90140.27422100.2563692X-RAY DIFFRACTION99
1.9014-1.92460.24972100.23253716X-RAY DIFFRACTION100
1.9246-1.9490.25031850.22783859X-RAY DIFFRACTION100
1.949-1.97460.23092070.21193735X-RAY DIFFRACTION99
1.9746-2.00170.22791950.19913731X-RAY DIFFRACTION100
2.0017-2.03030.21761850.19153814X-RAY DIFFRACTION100
2.0303-2.06060.21632360.19153751X-RAY DIFFRACTION100
2.0606-2.09280.1921960.19473773X-RAY DIFFRACTION100
2.0928-2.12710.21452090.19163720X-RAY DIFFRACTION100
2.1271-2.16380.22391820.18243833X-RAY DIFFRACTION100
2.1638-2.20310.1881860.1613723X-RAY DIFFRACTION100
2.2031-2.24550.16832140.15453772X-RAY DIFFRACTION100
2.2455-2.29130.19871700.15093804X-RAY DIFFRACTION100
2.2913-2.34120.20752180.14693766X-RAY DIFFRACTION100
2.3412-2.39560.19321780.14553767X-RAY DIFFRACTION100
2.3956-2.45560.18571910.15033815X-RAY DIFFRACTION100
2.4556-2.52190.19431930.14933761X-RAY DIFFRACTION100
2.5219-2.59620.23821670.14993801X-RAY DIFFRACTION100
2.5962-2.680.18082170.15163769X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.77580.20561650.16143818X-RAY DIFFRACTION100
2.7758-2.88690.21751810.15243735X-RAY DIFFRACTION100
2.8869-3.01830.1862040.15673802X-RAY DIFFRACTION100
3.0183-3.17740.20921820.15823778X-RAY DIFFRACTION100
3.1774-3.37650.19432370.16113730X-RAY DIFFRACTION100
3.3765-3.63720.21881960.15293777X-RAY DIFFRACTION100
3.6372-4.00320.17071970.14213775X-RAY DIFFRACTION100
4.0032-4.58240.17721790.12243796X-RAY DIFFRACTION100
4.5824-5.77310.16491920.12833774X-RAY DIFFRACTION100
5.7731-78.78340.18532480.17293709X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7313-0.11160.04261.92040.7561.4603-0.0696-0.10660.09320.308-0.06430.1576-0.143-0.12120.08590.24690.0179-0.00110.2104-0.03660.2162-2.8393-2.179220.8443
20.98270.03960.05271.20930.21120.6064-0.06630.0720.1186-0.08050.04630.0038-0.10170.01630.0130.1568-0.00280.00120.1903-0.00730.1442-3.908-9.352-1.716
33.6536-2.24220.79344.79793.26924.30140.43560.59951.3612-0.60370.12560.0353-2.1305-0.2085-0.30560.94190.04070.16160.47710.20171.27849.159513.91863.3161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN 'A' AND RESID 145 THROUGH 417)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN 'B' AND RESID 145 THROUGH 417)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN 'D' AND RESID 34 THROUGH 47)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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