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- PDB-6haq: AFGH61B WILD-TYPE COPPER LOADED -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6haq
タイトルAFGH61B WILD-TYPE COPPER LOADED
要素Endoglucanase, putative
キーワードOXIDOREDUCTASE / lytic polysaccharide monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / Auxiliary Activity family 9 / : / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (II) ION / AA9 family lytic polysaccharide monooxygenase B
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Lo Leggio, L. / Poulsen, J.C.N. / Weihe, C.D.
引用ジャーナル: Carbohydr. Res. / 年: 2018
タイトル: Structure of a lytic polysaccharide monooxygenase from Aspergillus fumigatus and an engineered thermostable variant.
著者: Lo Leggio, L. / Weihe, C.D. / Poulsen, J.N. / Sweeney, M. / Rasmussen, F. / Lin, J. / De Maria, L. / Wogulis, M.
履歴
登録2018年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase, putative
B: Endoglucanase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7776
ポリマ－48,3692
非ポリマー4074
水15,187843
1
A: Endoglucanase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4693
ポリマ－24,1851
非ポリマー2852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoglucanase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3073
ポリマ－24,1851
非ポリマー1232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.300, 49.110, 53.960
Angle α, β, γ (deg.)75.860, 88.380, 76.310
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase, putative


分子量: 24184.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_4G07850 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)
参照: UniProt: Q4WP32, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Sample preincubated with 2 mM copper(II) acetate. Reservoir consisting of 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 22% polyacrylic acid 5100 sodium salt.
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.35 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.35 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→31.08 Å / Num. obs: 82114 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.37→1.39 Å / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.863 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 84.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H1Z

6h1z


解像度: 1.37→27.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.509 / SU ML: 0.043 / SU R Cruickshank DPI: 0.0583 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.057
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1555 3737 5 %RANDOM
Rwork0.1049 ---
obs0.1074 71213 83.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.12 Å2 / Biso mean: 18.554 Å2 / Biso min: 9.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-1.15 Å21.43 Å2
2--0.07 Å2-1.75 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.37→27.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3404 0 20 849 4273
Biso mean--35.02 35.26 -
残基数----456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0143695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9921.6685098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0791.6527456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8245499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.39124.756164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05115515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.377157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0231.551891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9811.5481889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4182.3432377
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.72836865
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.9025506
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.36757083
LS精密化 シェル解像度: 1.371→1.407 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 128 -
Rwork0.222 2672 -
all-2800 -
obs--42.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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