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- PDB-6h86: Rebuilt and re-refined PDB entry 4R3Q: Crystal structure of SYCE3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h86
タイトルRebuilt and re-refined PDB entry 4R3Q: Crystal structure of SYCE3
要素Synaptonemal complex central element protein 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Meiosis / synaptonemal complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of developmental process / central element / positive regulation of reproductive process / synaptonemal complex assembly / reciprocal meiotic recombination / ectopic germ cell programmed cell death / chromosome / spermatogenesis / positive regulation of apoptotic process / cell division ...positive regulation of developmental process / central element / positive regulation of reproductive process / synaptonemal complex assembly / reciprocal meiotic recombination / ectopic germ cell programmed cell death / chromosome / spermatogenesis / positive regulation of apoptotic process / cell division / apoptotic process / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Synaptonemal complex central element protein 3 / Synaptonemal complex central element protein 3
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptonemal complex central element protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Davies, O.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust104158/Z/14/Z 英国
Royal SocietyRG170118 英国
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: A molecular model for self-assembly of the synaptonemal complex protein SYCE3.
著者: Dunne, O.M. / Davies, O.R.
#1: ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Structural insight into the central element assembly of the synaptonemal complex.
著者: Lu, J. / Gu, Y. / Feng, J. / Zhou, W. / Yang, X. / Shen, Y.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptonemal complex central element protein 3
B: Synaptonemal complex central element protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9602
ポリマ－20,9602
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SEC-SAXS ab initio envelope conforms the dimeric structure, light scattering, SEC-MALS confirms a dimeric structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area9070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.576, 75.576, 101.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-126-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Synaptonemal complex central element protein 3 / Testis-specific expressed protein 2 / TSEG-2


分子量: 10480.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Syce3, Tseg2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5KM66
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Citric acid, 7% 2-propanol, 1% PEG 20000, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 16498 / % possible obs: 96.89 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rsym value: 0.486

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2997: ???)精密化
PHENIXモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
精密化解像度: 1.901→23.661 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 830 5.05 %
Rwork0.1922 --
obs0.1934 16432 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→23.661 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1258 0 0 73 1331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2321810
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.67880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9007-2.01970.28711240.25952232X-RAY DIFFRACTION83
2.0197-2.17550.24371270.21052699X-RAY DIFFRACTION99
2.1755-2.39430.19621450.1922667X-RAY DIFFRACTION100
2.3943-2.74030.22221520.18282692X-RAY DIFFRACTION100
2.7403-3.45070.24411490.19282695X-RAY DIFFRACTION100
3.4507-23.66320.19471330.18632617X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.5493 Å / Origin y: -11.0764 Å / Origin z: -0.2192 Å
111213212223313233
T0.1974 Å20.0307 Å20.0159 Å2-0.1543 Å20.0051 Å2--0.3206 Å2
L1.3911 °2-0.6777 °20.1131 °2-2.1868 °2-0.1001 °2--6.5242 °2
S-0.1082 Å °-0.1374 Å °0.0465 Å °-0.1162 Å °0.045 Å °-0.012 Å °-0.348 Å °-0.193 Å °0.0897 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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