+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h86 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Rebuilt and re-refined PDB entry 4R3Q: Crystal structure of SYCE3 | |||||||||
![]() | Synaptonemal complex central element protein 3 | |||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Meiosis / synaptonemal complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of developmental process / central element / positive regulation of reproductive process / synaptonemal complex assembly / reciprocal meiotic recombination / ectopic germ cell programmed cell death / chromosome / spermatogenesis / positive regulation of apoptotic process / cell division ...positive regulation of developmental process / central element / positive regulation of reproductive process / synaptonemal complex assembly / reciprocal meiotic recombination / ectopic germ cell programmed cell death / chromosome / spermatogenesis / positive regulation of apoptotic process / cell division / apoptotic process / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Davies, O.R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A molecular model for self-assembly of the synaptonemal complex protein SYCE3. 著者: Dunne, O.M. / Davies, O.R. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 86.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 429.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10480.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Citric acid, 7% 2-propanol, 1% PEG 20000, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 16498 / % possible obs: 96.89 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Rsym value: 0.486 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.901→23.661 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.32
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.901→23.661 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 31.5493 Å / Origin y: -11.0764 Å / Origin z: -0.2192 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |