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万見
- PDB-6h7w: Model of retromer-Vps5 complex assembled on membrane. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h7w
タイトルModel of retromer-Vps5 complex assembled on membrane.
要素
  • (Putative vacuolar protein sorting-associated ...) x 3
  • (Vacuolar protein sorting-associated protein ...) x 3
キーワードPROTEIN TRANSPORT / retromer / endosome / sorting nexin / BAR / membrane trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


retromer, cargo-selective complex / early endosome to Golgi transport / protein retention in Golgi apparatus / retromer complex / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / late endosome / endosome / endosome membrane ...retromer, cargo-selective complex / early endosome to Golgi transport / protein retention in Golgi apparatus / retromer complex / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / late endosome / endosome / endosome membrane / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin Vps5, BAR domain / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Vacuolar protein sorting protein 26 related / Vacuolar protein sorting-associated protein 26 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 ...Sorting nexin Vps5, BAR domain / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Vacuolar protein sorting protein 26 related / Vacuolar protein sorting-associated protein 26 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Arrestin-like, C-terminal / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Putative vacuolar protein sorting-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.4 Å
データ登録者Kovtun, O. / Leneva, N. / Ariotti, N. / Rohan, T.S. / Owen, D.J. / Briggs, J.A.G. / Collins, B.M.
資金援助 英国, オーストラリア, 7件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
Wellcome Trust207455/Z/17/Z 英国
Australian Research CouncilDP160101743 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (Australia)APP1042082 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (Australia)APP1058734 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (Australia)APP1041929 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (Australia)APP1136021 オーストラリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of the membrane-assembled retromer coat determined by cryo-electron tomography.
著者: Oleksiy Kovtun / Natalya Leneva / Yury S Bykov / Nicholas Ariotti / Rohan D Teasdale / Miroslava Schaffer / Benjamin D Engel / David J Owen / John A G Briggs / Brett M Collins /
要旨: Eukaryotic cells traffic proteins and lipids between different compartments using protein-coated vesicles and tubules. The retromer complex is required to generate cargo-selective tubulovesicular ...Eukaryotic cells traffic proteins and lipids between different compartments using protein-coated vesicles and tubules. The retromer complex is required to generate cargo-selective tubulovesicular carriers from endosomal membranes. Conserved in eukaryotes, retromer controls the cellular localization and homeostasis of hundreds of transmembrane proteins, and its disruption is associated with major neurodegenerative disorders. How retromer is assembled and how it is recruited to form coated tubules is not known. Here we describe the structure of the retromer complex (Vps26-Vps29-Vps35) assembled on membrane tubules with the bin/amphiphysin/rvs-domain-containing sorting nexin protein Vps5, using cryo-electron tomography and subtomogram averaging. This reveals a membrane-associated Vps5 array, from which arches of retromer extend away from the membrane surface. Vps35 forms the 'legs' of these arches, and Vps29 resides at the apex where it is free to interact with regulatory factors. The bases of the arches connect to each other and to Vps5 through Vps26, and the presence of the same arches on coated tubules within cells confirms their functional importance. Vps5 binds to Vps26 at a position analogous to the previously described cargo- and Snx3-binding site, which suggests the existence of distinct retromer-sorting nexin assemblies. The structure provides insight into the architecture of the coat and its mechanism of assembly, and suggests that retromer promotes tubule formation by directing the distribution of sorting nexin proteins on the membrane surface while providing a scaffold for regulatory-protein interactions.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0154
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0154
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein
C: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein
B: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
A: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
D: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
G: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
E: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
K: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
O: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
P: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
M: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
N: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
H: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
F: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
V: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
L: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
S: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
Q: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
T: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
R: Vacuolar protein sorting-associated protein 35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)750,87220
ポリマ－750,87220
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Retromer core and Vps5 assemble in solution and can be isolated in heterogenous peak migrating as >1MDa complex on Superose 6 SEC.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Vacuolar protein sorting-associated protein ... , 3種, 6分子 JCSTQR

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein


分子量: 34308.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0009750 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S0E6
#5: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 29


分子量: 21470.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0002370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZB5
#6: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 35


分子量: 96140.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0035730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S709

-
Putative vacuolar protein sorting-associated ... , 3種, 14分子 BAGEPNHFDKVLOM

#2: タンパク質
Putative vacuolar protein sorting-associated protein


分子量: 42060.762 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0068290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SH11
#3: タンパク質
Putative vacuolar protein sorting-associated protein


分子量: 14897.982 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0068290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SH11
#4: タンパク質 Putative vacuolar protein sorting-associated protein


分子量: 25477.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0068290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SH11

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane. / タイプ: COMPLEX
詳細: Vps26/Vps35/Vps29 trimer recruited to the membrane via Vps5 PX-BAR protein.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES-KOHC8H19KN2O5S1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The solution-assembled complex was incubated with Folch liposomes at room temperature.
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 292 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 6500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 3.17 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2
詳細: Tomographic tilt series were acquired with the dose-symmetric tilt-scheme (Hagen et al., J Struct Biol. 2017)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 10

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM4.8画像取得
4CTFFIND4CTF補正
5IMODCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
11AV3最終オイラー角割当
12TOM最終オイラー角割当
15NAMDモデル精密化
画像処理詳細: After motion correction in "alignframes" (IMOD), each of the images in the tilt series was low-pass filtered according to the electron-dose acquired by the sample (Grant and Grigorieff, 2015).
CTF補正詳細: CTF correction was performed with ctfphaseflip IMOD command using defocus values measured by CTFFIND4 on non-dose-filtered images.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 11.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16037 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: geometrical seeding alogn the surface of manually traced tubules
Num. of tomograms: 71 / Num. of volumes extracted: 194885 / Reference model: reference-free
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
詳細: Note that the associated PDB model was not generated by fitting into this map! It was generated by fitting into the associated local high-resolution maps and then combined. Initial global ...詳細: Note that the associated PDB model was not generated by fitting into this map! It was generated by fitting into the associated local high-resolution maps and then combined. Initial global ridgid body fitting was done using Chimera, followed by MDFF within NAMD for flexible fitting. Note that side chain positions are not reliable in model generated by refinement into a map at this resolution.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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