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万見
- PDB-6h78: E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h78
タイトルE1 enzyme for ubiquitin like protein activation.
要素Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
キーワードTRANSFERASE / Ubiquitin like protein activating enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


UFM1 activating enzyme activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of type II interferon production / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / response to endoplasmic reticulum stress / erythrocyte differentiation ...UFM1 activating enzyme activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of type II interferon production / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / response to endoplasmic reticulum stress / erythrocyte differentiation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Soudah, N. / Padala, P. / Hassouna, F. / Mashahreh, B. / Lebedev, A.A. / Isupov, M.N. / Cohen-Kfir, E. / Wiener, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: An N-Terminal Extension to UBA5 Adenylation Domain Boosts UFM1 Activation: Isoform-Specific Differences in Ubiquitin-like Protein Activation.
著者: Soudah, N. / Padala, P. / Hassouna, F. / Kumar, M. / Mashahreh, B. / Lebedev, A.A. / Isupov, M.N. / Cohen-Kfir, E. / Wiener, R.
履歴
登録2018年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
C: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
D: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
E: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
F: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
G: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
H: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
I: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
J: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
K: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
L: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
M: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
N: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
O: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
P: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)545,129123
ポリマ－532,54816
非ポリマー12,582107
水15,259847
1
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,30718
ポリマ－66,5682
非ポリマー1,73916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9710 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
2
C: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
D: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,05914
ポリマ－66,5682
非ポリマー1,49112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9130 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area21550 Å2
手法PISA
3
E: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
F: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,12115
ポリマ－66,5682
非ポリマー1,55313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9360 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area21320 Å2
手法PISA
4
G: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
H: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,05914
ポリマ－66,5682
非ポリマー1,49112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9480 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area20620 Å2
手法PISA
5
I: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
J: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,18316
ポリマ－66,5682
非ポリマー1,61514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9490 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
6
K: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
L: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,15716
ポリマ－66,5682
非ポリマー1,58814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9250 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area21020 Å2
手法PISA
7
M: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
N: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,99713
ポリマ－66,5682
非ポリマー1,42911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8670 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area21470 Å2
手法PISA
8
O: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
P: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,24517
ポリマ－66,5682
非ポリマー1,67715
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.860, 151.933, 153.543
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 / Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 ...Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 domain-containing protein 1


分子量: 33284.230 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA5, UBE1DC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZZ9

-
非ポリマー , 6種, 954分子

#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 %
結晶化温度: 293.13 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→107.98 Å / Num. obs: 156266 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 1.447 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 7783 / CC1/2: 0.163 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H8V

3h8v


解像度: 2.7→107.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.932 / ESU R Free: 0.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24224 1693 1.1 %RANDOM
Rwork0.18957 ---
obs0.19014 156266 87.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.184 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.45 Å20 Å20.48 Å2
2--2.17 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→107.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34387 0 713 847 35947
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01235985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.65848461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.81454466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.05722.9521799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.917156148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.51715209
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.24642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0226412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.8144.75817846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.8377.12222267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.7785.49518139
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined17.08291.342150249
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 123 -
Rwork0.316 11549 -
obs--87.68 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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