PDB-6h71: GI.1 human norovirus protruding domain in complex with Nano-94

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h71

タイトル

GI.1 human norovirus protruding domain in complex with Nano-94

要素

Capsid protein VP1
Nanobody (VHH) Nano-94

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / GI.1 / P domain / Nano-94

機能・相同性

機能・相同性情報

T=3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.313 Å

データ登録者

Kilic, T. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Nanobodies Targeting the Prototype Norovirus.
著者: Ruoff, K. / Kilic, T. / Devant, J. / Koromyslova, A. / Ringel, A. / Hempelmann, A. / Geiss, C. / Graf, J. / Haas, M. / Roggenbach, I. / Hansman, G.

履歴

登録	2018年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h71.cif.gz	317 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h71.ent.gz	259.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6h71_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h71_full_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示
XML形式データ	6h71_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	6h71_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h71	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h6yC 6h6zC 6h70C 6h72C 2zl5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6h72-d 4wc3-d 0502 4x7d-d 4wc2-d 4x7c-d 4wc7-d 4wc5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (4)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

B: Capsid protein VP1

C: Nanobody (VHH) Nano-94

D: Nanobody (VHH) Nano-94

ヘテロ分子

92.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.890, 111.060, 122.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.81, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 / CP / p59 分子量: 31182.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norwalk virus (strain GI/Human/United States/Norwalk/1968) (ウイルス) 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83884
#2: 抗体	Nanobody (VHH) Nano-94 分子量: 14928.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Alpaca / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.5) and 20% (w/v) PEG3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97895 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→49.4 Å / Num. obs: 53187 / % possible obs: 97.19 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 48.98 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05036 / R_pim(I) all: 0.03398 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 14.21
反射シェル	解像度: 2.31→2.4 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.5433 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 5051 / CC_1/2: 0.874 / R_pim(I) all: 0.3624 / R_rim(I) all: 0.6556 / % possible all: 92.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS	VERSION Nov 1, 2016	データ削減
XSCALE	VERSION Nov 1, 2016	データスケーリング
PHASER	VERSION Nov 1, 2016	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZL5

2zl5

解像度: 2.313→49.4 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	2658	5 %
R_work	0.1925	-	-
obs	0.1937	53108	97.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.313→49.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5967	0	16	129	6112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6171
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.62	8465
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.899	4018
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	950
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1109

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3134-2.3554	0.3495	127	0.3153	2421	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3554-2.4007	0.3137	139	0.277	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4007-2.4497	0.3085	141	0.2775	2676	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4497-2.503	0.3085	142	0.2567	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
2.503-2.5612	0.2814	139	0.2568	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5612-2.6253	0.2371	142	0.2503	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6253-2.6963	0.3173	140	0.2565	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6963-2.7756	0.2803	142	0.2481	2688	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7756-2.8652	0.2745	139	0.2291	2667	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8652-2.9676	0.2824	141	0.2193	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9676-3.0864	0.2225	142	0.2177	2693	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0864-3.2268	0.2238	140	0.2091	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2268-3.3969	0.2468	141	0.2042	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3969-3.6097	0.2254	140	0.1981	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6097-3.8883	0.214	139	0.1883	2650	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8883-4.2793	0.1992	142	0.1596	2690	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2793-4.8981	0.1623	141	0.141	2671	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8981-6.1692	0.1594	139	0.1635	2659	X-RAY DIFFRACTION	96
6.1692-49.4131	0.1914	142	0.1711	2673	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8927	3.4184	-0.838	10.0387	-3.6529	2.0306	-0.0891	-0.1	0.9838	0.1905	0.2133	1.5037	-0.327	-0.2964	-0.0712	0.5396	0.091	-0.0518	0.4497	0.0584	0.6972	155.2373	37.1873	128.1645
2	2.0579	1.7426	-0.4428	7.1967	-3.7873	1.9239	-0.0295	-0.1195	0.1405	-0.0594	-0.0868	-0.0517	0.0357	-0.0568	0.1241	0.4033	0.0022	-0.0209	0.4185	0.0298	0.3255	159.5045	25.1394	127.0588
3	0.4265	-0.1231	-0.6162	2.9422	2.9227	3.23	0.111	0.1449	-0.144	0.7691	0.1196	-0.0983	1.1174	1.1	-0.2771	1.1019	0.0961	-0.2494	0.8144	0.0176	0.5008	177.9792	-2.9284	193.1573
4	4.5847	-1.8952	-2.2082	4.7778	1.2846	5.8713	0.7006	0.5861	-0.0209	0.002	-0.3423	-0.1013	0.0574	0.6616	-0.4019	0.6809	-0.0784	-0.0608	0.7273	-0.0337	0.452	180.6373	8.2422	188.6679
5	0.8282	1.1517	1.3274	3.1078	5.1068	8.3698	0.4145	0.0063	-0.1561	0.3885	0.1216	-0.407	0.8267	0.8581	-0.5132	0.8702	0.0407	-0.1554	0.6965	-0.022	0.4611	178.5685	0.1286	188.6329
6	8.5689	-3.4545	-1.1976	2.3119	0.4279	9.5947	0.6555	-0.0689	0.6208	0.3666	0.4463	-0.1608	0.2496	0.2591	-1.1143	0.8528	-0.1747	0.0856	0.4544	-0.0438	0.4214	172.8187	10.3056	202.6905
7	2.9921	3.583	1.414	6.157	-1.8881	7.6878	0.2297	-0.1769	-0.2137	0.3529	0.0369	-0.0986	0.3711	0.2846	-0.3423	0.2597	0.0509	-0.0143	0.3408	0.0245	0.2733	156.1503	-12.0519	144.0588
8	2.612	0.5742	0.0741	3.5966	-0.7415	3.5901	-0.1384	0.1577	0.1698	0.0605	0.298	0.5702	-0.2662	-0.6218	-0.1832	0.4244	0.0212	-0.014	0.49	0.047	0.3993	149.5903	-0.1319	134.8223
9	1.421	0.2036	0.6209	2.963	-0.5539	2.237	0.0019	0.0141	0.0708	-0.0307	-0.0016	-0.1323	-0.1658	0.0489	0.0005	0.3204	0.0129	0.011	0.3365	0.0028	0.2678	163.0491	5.004	138.7497
10	5.1979	-0.129	2.1507	3.008	0.9575	5.5066	0.2065	-0.0037	-0.3515	0.0129	0.0682	0.1437	0.6951	-0.5607	-0.3028	0.514	-0.1233	-0.0782	0.366	0.0317	0.4144	147.8995	-17.3656	135.9375
11	4.5917	0.6442	2.5999	2.6051	0.8973	6.9052	0.2965	-0.4103	-0.1684	-0.1527	0.0167	0.2555	0.1549	-0.7004	-0.2269	0.4429	-0.17	-0.0355	0.4234	0.1204	0.4713	143.1771	-15.7833	136.2429
12	2.2458	-0.6262	0.246	2.0311	0.2431	4.1486	0.0033	-0.3677	-0.0896	0.3298	0.1225	-0.0983	0.2379	-0.054	-0.1733	0.4359	0.0073	-0.0716	0.3749	0.0342	0.2833	168.6452	-11.6031	156.488
13	2.7734	-2.2682	0.8196	4.2177	2.7654	5.1843	-0.1321	-0.407	-0.5379	0.8362	0.2303	0.5057	0.999	-1.0764	-0.0388	0.6895	-0.0348	0.0125	0.7087	0.098	0.4044	156.9265	-8.4673	165.381
14	2.1377	-0.1973	0.3613	2.9165	-0.6546	4.7878	-0.2275	-0.426	0.0963	0.5824	0.1536	-0.2091	-0.5652	-0.1783	0.0861	0.6813	0.0567	-0.0982	0.5285	-0.0793	0.3337	166.6975	3.6259	165.6746
15	5.8798	-3.0636	3.0947	8.4759	4.6125	7.3371	-0.3826	-1.0355	-0.383	1.384	0.0032	0.2727	0.7029	0.2396	0.4393	0.7129	0.0839	-0.1006	0.5507	0.0464	0.4458	172.0881	-10.6983	171.2528
16	1.5424	-0.0544	0.3803	4.1894	-0.4261	3.2393	0.0533	-0.1575	-0.1712	0.5779	-0.0847	-0.357	0.4178	0.5421	0.0476	0.5298	0.0669	-0.1181	0.5622	0.006	0.3834	178.4655	-13.8562	158.1823
17	5.0603	-1.4739	-0.4913	2.1183	1.3058	1.9973	-0.0151	-0.0313	-0.5329	0.1695	0.0054	-0.008	0.3946	0.3115	0.0078	0.5471	0.0473	-0.062	0.4426	0.0226	0.3409	169.6354	-24.2132	147.6613
18	3.8808	-0.041	0.6447	5.3501	-3.4126	4.4114	-0.0622	0.0776	-0.4373	0.0843	-0.4326	-0.7188	0.4747	0.4502	0.4384	0.5661	0.1689	-0.0541	0.5805	0.0252	0.5143	179.5048	-24.5415	147.9768
19	4.5887	-2.49	0.8608	5.2929	-2.4385	3.3338	0.212	-0.0143	-0.1006	-0.0601	-0.1916	-0.7097	0.414	0.6323	0.0038	0.6068	0.1659	-0.0483	0.6269	-0.0715	0.5271	182.6418	-25.6353	148.1428
20	2.6917	3.0163	-0.7407	8.8397	-2.2418	0.8228	-0.0724	-0.0131	0.215	-0.8451	0.2807	0.7239	0.2724	-0.0902	-0.2155	0.5334	0.0511	-0.105	0.3998	0.0645	0.4962	158.2115	32.1392	124.541
21	6.0591	3.0689	-0.5077	8.1271	0.4023	8.4176	0.6831	-1.35	-0.2087	1.3069	-0.6976	1.7286	0.1907	-0.8906	0.0608	0.6535	0.0981	0.1738	0.4924	0.0391	0.8605	150.8724	32.5331	133.3787

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 60 through 99 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 100 through 121 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 1 through 33 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 34 through 66 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 67 through 114 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 115 through 121 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 229 through 251 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 252 through 269 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 270 through 448 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 449 through 484 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 485 through 516 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 230 through 301 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 302 through 321 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 322 through 387 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 388 through 403 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 404 through 438 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 439 through 463 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 464 through 483 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 484 through 516 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 1 through 45 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 46 through 59 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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