PDB-6h70: GI.1 human norovirus protruding domain in complex with Nano-62 an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h70

タイトル

GI.1 human norovirus protruding domain in complex with Nano-62 and 2-fucosyllactose (2FL)

要素

Capsid protein VP1
Nanobody (VHH) Nano-62

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / GI.1 / P domain / Nano-62 / 2-fucosyllactose

機能・相同性

機能・相同性情報

T=3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Kilic, T. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Nanobodies Targeting the Prototype Norovirus.
著者: Ruoff, K. / Kilic, T. / Devant, J. / Koromyslova, A. / Ringel, A. / Hempelmann, A. / Geiss, C. / Graf, J. / Haas, M. / Roggenbach, I. / Hansman, G.

履歴

登録	2018年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h70.cif.gz	335.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h70.ent.gz	270.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6h70_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h70_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6h70_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	6h70_validation.cif.gz	51.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h70	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h6yC 6h6zC 6h71C 6h72C 2zl5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6h6z-d 4c8r-2 6a50-d 4zgv-1 5ejm-1 2jla-1 3iyx-d 1o9l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (4)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

B: Capsid protein VP1

C: Nanobody (VHH) Nano-62

D: Nanobody (VHH) Nano-62

ヘテロ分子

94.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.170, 89.210, 62.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 6分子 ABCD

#1: タンパク質

Capsid protein VP1 / CP / p59

分子量: 31182.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norwalk virus (strain GI/Human/United States/Norwalk/1968) (ウイルス)
株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83884

#2: 抗体

Nanobody (VHH) Nano-62

分子量: 15651.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Alpaca / 由来: (組換発現)

Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#3: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 552分子

#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.5) and 20% (w/v) PEG3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→46.76 Å / Num. obs: 76837 / % possible obs: 96.69 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.04978 / R_pim(I) all: 0.03497 / R_rim(I) all: 0.06114 / Net I/σ(I): 12.27
反射シェル	解像度: 1.83→1.89 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.4232 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 7591 / CC_1/2: 0.809 / R_pim(I) all: 0.294 / R_rim(I) all: 0.5177 / % possible all: 96.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZL5

2zl5

解像度: 1.83→46.76 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	3842	5 %
R_work	0.1617	-	-
obs	0.1632	76823	96.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→46.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6144	0	84	546	6774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.855	8821
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.884	3721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1002
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1144

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8281-1.8512	0.3457	133	0.293	2533	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8512-1.8756	0.3062	145	0.2609	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8756-1.9013	0.2881	145	0.2457	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9013-1.9284	0.2599	143	0.2174	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9284-1.9572	0.2276	145	0.2041	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9572-1.9878	0.2581	144	0.1984	2733	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9878-2.0204	0.2405	143	0.1954	2729	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0204-2.0552	0.2254	141	0.1936	2663	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0552-2.0926	0.2363	142	0.1804	2692	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0926-2.1329	0.2451	144	0.1783	2737	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1329-2.1764	0.2164	142	0.1745	2710	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1764-2.2237	0.1818	145	0.1554	2751	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2237-2.2754	0.2198	143	0.1589	2717	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2754-2.3324	0.2115	143	0.1613	2710	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3324-2.3954	0.2008	146	0.1577	2773	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3954-2.4659	0.197	142	0.1718	2702	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4659-2.5455	0.2109	139	0.1679	2647	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5455-2.6364	0.1891	143	0.1661	2710	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6364-2.742	0.1869	143	0.1626	2719	X-RAY DIFFRACTION	97
2.742-2.8668	0.2168	143	0.1674	2708	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8668-3.0179	0.1734	141	0.1657	2694	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0179-3.2069	0.1906	142	0.1612	2681	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2069-3.4545	0.1736	141	0.1623	2689	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4545-3.802	0.2029	140	0.1511	2660	X-RAY DIFFRACTION	96
3.802-4.3518	0.1657	141	0.1331	2686	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3518-5.4814	0.1384	142	0.1205	2688	X-RAY DIFFRACTION	95
5.4814-46.7754	0.1523	141	0.159	2671	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4127	-0.1818	-0.2251	1.7748	-0.9207	1.3708	0.0469	-0.0708	-0.0121	0.0668	-0.0288	-0.0063	-0.0128	0.0146	-0.0315	0.1591	-0.0149	-0.0027	0.1358	-0.0315	0.1246	178.1666	2.1888	89.4293
2	5.1929	-1.8886	0.337	1.3526	-0.4894	1.1912	0.0327	0.1974	-0.1996	-0.0998	0.0295	0.2147	0.1405	-0.2348	-0.079	0.1886	-0.0476	-0.0206	0.2029	-0.0292	0.185	160.3453	1.4084	80.834
3	0.8892	-0.1608	0.08	0.9217	-0.0788	0.6874	-0.04	-0.0155	-0.0126	0.0635	0.0667	0.1049	0.0215	-0.1394	-0.0277	0.186	-0.0081	0.0077	0.1882	-0.0058	0.1778	165.2552	7.6563	88.6432
4	4.766	-0.9066	-0.6067	1.643	-0.685	3.4759	0.1402	-0.157	0.2354	0.1659	-0.1153	-0.1834	-0.2068	0.2392	-0.0093	0.2202	0.0137	-0.0054	0.1465	-0.0244	0.1936	188.3164	-1.7208	95.0337
5	2.7487	0.5564	-0.7994	3.5594	-2.3087	4.2516	-0.0659	-0.1638	-0.0124	0.252	-0.0175	-0.0778	-0.1456	0.1518	0.095	0.1293	0.0245	-0.0268	0.1616	-0.0286	0.2053	188.478	-3.8551	96.2408
6	1.1894	0.193	-0.3728	2.1124	-0.0906	1.0419	-0.0358	0.4559	-0.1157	-0.192	-0.0071	0.0246	0.1379	-0.0556	0.0502	0.2523	-0.0395	-0.0032	0.3182	-0.0588	0.1665	176.8212	2.6327	63.776
7	1.2639	-0.0329	-0.204	1.3815	0.3271	0.9148	-0.0407	0.1354	0.1669	-0.0346	0.04	-0.0705	-0.075	0.0627	-0.0032	0.1859	-0.0301	-0.0104	0.1879	0.0159	0.1664	180.0011	20.0689	73.1805
8	1.2962	-0.0454	0.0438	1.8701	0.9233	1.3004	-0.049	0.3319	0.0948	-0.2688	0.0846	-0.0301	-0.0762	0.0244	-0.0423	0.2433	-0.037	-0.0098	0.2633	0.0363	0.1676	176.1676	18.2501	61.8474
9	1.455	-0.0621	-0.4427	1.5056	0.0232	2.5733	-0.1487	0.3312	-0.172	-0.3095	0.0902	0.0741	0.2056	-0.0587	0.0398	0.2959	-0.0496	0.0244	0.2501	-0.0886	0.223	179.6743	-7.422	59.9912
10	5.1009	0.5632	-1.0885	0.6838	-0.774	1.073	-0.2748	1.0258	0.2657	-0.1895	0.179	-0.2131	-0.0124	0.3851	-0.0038	0.2883	-0.0913	0.0313	0.6173	0.0074	0.4375	210.1101	10.3696	70.1569
11	8.579	-4.4803	1.9002	7.6405	0.1166	2.0494	0.2922	-0.4834	0.0661	0.4001	-0.2253	0.0104	0.0417	0.157	-0.116	0.2978	-0.0512	0.0463	0.4785	-0.0556	0.4183	209.8605	7.2401	80.6875
12	5.3722	-0.3325	2.5943	7.9956	-2.0365	8.3574	0.1255	0.7632	0.8182	0.2275	-0.183	-0.3836	-0.3375	0.5902	0.0072	0.2305	-0.0672	0.0054	0.3563	-0.0193	0.5183	212.6749	14.7539	77.0682
13	8.2356	-3.1756	-3.1839	2.8206	0.077	2.0594	-0.122	0.6797	0.0467	-0.0494	0.3029	-0.7728	0.0276	0.4252	-0.2943	0.2695	-0.0551	0.0491	0.805	-0.1768	0.7683	225.5028	7.445	71.7677
14	5.3325	1.1779	-2.1772	0.9352	-0.6064	0.9725	-0.0886	0.7209	0.0273	-0.2678	0.2077	-0.3276	0.028	0.8311	0.0894	0.2361	-0.0578	0.0786	0.7037	-0.061	0.3947	207.6176	5.3366	69.4407
15	2.5425	2.1044	-4.2371	2.2489	-3.4454	7.2565	0.5326	-0.8523	0.6953	0.9051	-0.5716	1.2644	0.0014	0.1581	-0.0011	0.2746	-0.0302	0.0663	0.3389	-0.0467	0.418	156.4901	-18.0764	87.8503
16	3.4164	-0.408	-1.6959	0.4879	2.1373	9.3393	-0.1418	0.3483	-0.6652	0.1346	0.1858	0.1263	0.76	-0.3046	0.0149	0.1897	-0.0824	0.0426	0.2316	-0.0259	0.6524	147.6053	-38.9158	83.9116
17	1.3769	0.2579	-0.1462	3.9537	-0.4111	0.9048	-0.0454	-0.1591	-0.2086	0.0081	0.0264	0.2592	0.0834	0.0703	-0.0082	0.2385	-0.0439	0.0468	0.1969	-0.0337	0.3679	158.1335	-20.6829	81.4865
18	0.709	-0.9979	0.9842	5.5025	-1.8097	3.0283	0.0491	-0.2411	-0.1311	-0.0189	0.0595	0.3149	0.1	0.1421	-0.137	0.2602	-0.0176	0.0575	0.3156	-0.0002	0.4301	163.9771	-29.8419	80.9326
19	2.1977	-0.919	1.4786	3.2484	-3.0754	3.311	-0.3467	0.6772	-0.2782	-1.1385	0.3328	0.5016	0.2651	-0.3543	0.0225	0.4294	-0.0445	0.0014	0.3963	-0.0577	0.4732	160.4132	-21.506	70.2967
20	5.6956	2.258	0.3229	5.8951	-0.5482	5.1253	-0.0487	0.5362	-0.3067	-0.4637	0.0345	-0.0038	0.1118	-0.2445	-0.0442	0.2494	-0.087	0.0127	0.2483	0.0113	0.3049	154.7731	-26.9565	74.3914
21	2.0472	1.474	-0.5175	1.0315	-0.4463	1.5231	-0.0188	0.0192	-0.2536	-0.0553	-0.0273	0.0977	0.1479	-0.009	0.0317	0.239	-0.0217	0.04	0.1888	-0.0526	0.4183	160.042	-27.6266	79.5349
22	3.8677	-3.6727	-5.2982	3.6813	4.803	7.6871	-0.2032	-0.3611	0.0675	0.0412	0.1796	-0.0953	0.1085	0.4453	0.1011	0.2264	-0.055	0.0235	0.2863	0.0024	0.3832	167.0562	-21.8621	85.2241
23	6.8653	5.0458	3.3287	6.2417	5.7932	7.287	0.318	-0.3733	-0.5257	0.1893	-0.5098	0.4628	1.1023	-0.3359	0.1987	0.4475	-0.0403	0.0565	0.2448	0.0259	0.5586	152.6955	-38.1352	87.9647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 228 through 269 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 270 through 321 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 322 through 455 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 456 through 491 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 492 through 517 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 228 through 269 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 270 through 345 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 346 through 438 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 439 through 516 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 52 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 53 through 64 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 65 through 83 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 84 through 91 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 92 through 126 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 1 through 7 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 8 through 17 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 18 through 39 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 40 through 52 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 53 through 60 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 61 through 77 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 78 through 109 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 110 through 119 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 120 through 126 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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