PDB-6h65: Crystal structure of the branched-chain-amino-acid aminotransfera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h65

タイトル

Crystal structure of the branched-chain-amino-acid aminotransferase from Haliangium ochraceum

要素

Branched-chain-amino-acid aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Haliangium ochraceum / branched-chain-amino-acid aminotransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / : / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Haliangium ochraceum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Boyko, K.M. / Timofeev, V.I. / Bezsudnova, E.Y. / Nikolaeva, A.Y. / Rakitina, T.V. / Popov, V.O.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the branched-chain-amino-acid aminotransferase from Haliangium ochraceum
著者: Boyko, K.M. / Timofeev, V.I. / Bezsudnova, E.Y. / Nikolaeva, A.Y. / Rakitina, T.V. / Popov, V.O.

履歴

登録	2018年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h65.cif.gz	723.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h65.ent.gz	625 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h65_validation.pdf.gz	498.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h65_full_validation.pdf.gz	550.4 KB	表示
XML形式データ	6h65_validation.xml.gz	70.3 KB	表示
CIF形式データ	6h65_validation.cif.gz	92.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4chi-d 3owg-1 3u86-d 6xu3-1 6xwb-1 1wrv-5 6thq-1 6fte-1 2h2q-4 6snl-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

C: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

D: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

E: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

F: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

215 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

E: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

F: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.080, 164.930, 254.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-515- HOH
2	1	C-524- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	12 - 315
2	1	B	12 - 315
1	2	A	12 - 315
2	2	C	12 - 315
1	3	A	12 - 316
2	3	D	12 - 316
1	4	A	12 - 315
2	4	E	12 - 315
1	5	A	12 - 315
2	5	F	12 - 315
1	6	B	12 - 316
2	6	C	12 - 316
1	7	B	12 - 315
2	7	D	12 - 315
1	8	B	12 - 316
2	8	E	12 - 316
1	9	B	12 - 315
2	9	F	12 - 315
1	10	C	12 - 315
2	10	D	12 - 315
1	11	C	11 - 316
2	11	E	11 - 316
1	12	C	11 - 315
2	12	F	11 - 315
1	13	D	12 - 315
2	13	E	12 - 315
1	14	D	12 - 315
2	14	F	12 - 315
1	15	E	11 - 315
2	15	F	11 - 315

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Branched-chain-amino-acid aminotransferase / BCAT 分子量: 35653.660 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Haliangium ochraceum (strain DSM 14365 / JCM 11303 / SMP-2) (バクテリア) 参照: UniProt: D0LR31, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: MES 0.1 M pH 6.0, CaCl2 0.2M, MPD 50%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 80822 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.9 % / R_rim(I) all: 0.0111 / Net I/σ(I): 8.28
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / R_rim(I) all: 0.901

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→47.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 25.424 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.434 / ESU R Free: 0.248

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23477	3978	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1993	-	-	-
obs	0.20108	76842	97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.799 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.36 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.35→47.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14470	0	90	111	14671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	14909
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.088	1.648	20275
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.065	5	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.03	20.498	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.522	15	2469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.253	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	11196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.175	2.643	7340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.32	3.959	9167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.025	2.909	7566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.466	35.964	21706
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9613	0.07
1	2	B	9613	0.07
2	1	A	9628	0.07
2	2	C	9628	0.07
3	1	A	9664	0.08
3	2	D	9664	0.08
4	1	A	9572	0.08
4	2	E	9572	0.08
5	1	A	9585	0.08
5	2	F	9585	0.08
6	1	B	9758	0.08
6	2	C	9758	0.08
7	1	B	9639	0.07
7	2	D	9639	0.07
8	1	B	9693	0.08
8	2	E	9693	0.08
9	1	B	9656	0.07
9	2	F	9656	0.07
10	1	C	9620	0.08
10	2	D	9620	0.08
11	1	C	9734	0.08
11	2	E	9734	0.08
12	1	C	9573	0.08
12	2	F	9573	0.08
13	1	D	9605	0.08
13	2	E	9605	0.08
14	1	D	9574	0.08
14	2	F	9574	0.08
15	1	E	9553	0.08
15	2	F	9553	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	283	-
R_work	0.319	5695	-
obs	-	-	98.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2922	-0.1489	0.1128	1.5993	-0.6562	0.7653	-0.1525	0.1641	0.4703	-0.1619	-0.03	-0.0495	-0.1627	-0.0054	0.1825	0.174	-0.0447	-0.156	0.5034	0.08	0.2482	54.3689	-2.9636	47.9285
2	1.3995	-0.0442	0.446	0.5955	-0.41	1.2077	-0.0452	-0.1246	0.0038	0.1743	-0.1289	-0.3095	-0.0806	0.2498	0.1741	0.0661	-0.0628	-0.0866	0.5429	0.1073	0.1797	25.5067	6.4086	15.8226
3	0.935	-0.3188	-0.0512	2.0451	0.687	1.1049	-0.0434	-0.167	0.2107	0.1784	-0.0785	0.0212	-0.2862	-0.1768	0.1219	0.1531	0.0676	-0.0421	0.6159	-0.0641	0.0636	-16.0491	18.2256	15.4844
4	2.5222	-0.188	-0.1106	1.0503	-0.2156	0.9545	-0.1574	0.1884	-0.2628	-0.3174	-0.0801	-0.327	0.1313	0.1325	0.2376	0.1226	0.0172	0.1369	0.4852	0.0531	0.1707	65.9444	-44.0377	48.4555
5	1.3923	0.8784	-0.4142	1.387	-0.5787	1.4675	-0.0774	-0.1507	-0.1956	0.0914	-0.0617	-0.0181	0.3485	-0.0975	0.1392	0.1625	-0.0087	0.0499	0.4732	0.0051	0.0684	-5.4118	-23.6079	16.5327
6	1.5612	0.7109	0.2254	1.5861	0.6373	0.8738	-0.1538	0.2376	-0.0444	-0.3172	-0.1301	0.3774	-0.0881	-0.1582	0.2839	0.0664	0.0309	-0.0659	0.5376	-0.1049	0.1506	24.5161	-33.4301	46.5881
7	1.1169	-0.4417	0.9662	0.2247	-0.475	1.0083	-0.1003	0.1626	0.0415	0.0303	-0.0154	-0.06	-0.0693	0.043	0.1157	0.0115	-0.0003	-0.0012	0.4747	-0.1261	0.0589	24.8087	-13.2307	31.7741
8	0.1315	-0.0829	0.0994	0.0834	-0.0736	0.1126	-0.0645	0.0035	0.0432	0.0569	-0.006	-0.0329	-0.0598	-0.0028	0.0706	0.0589	-0.0115	-0.0202	0.4015	-0.0059	0.0687	20.4932	-8.0901	31.4158

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 316
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	12 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	10 - 317
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	12 - 316
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	11 - 317
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	11 - 316
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 6
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 112

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)