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万見
- PDB-6h5t: Intersectin SH3A short isoform -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h5t
タイトルIntersectin SH3A short isoform
要素Intersectin-1
キーワードENDOCYTOSIS / SH3 domain / intersectin 1 / splice isoform
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / proline-rich region binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / endosomal transport / NRAGE signals death through JNK / intracellular vesicle / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle ...clathrin-dependent synaptic vesicle endocytosis / proline-rich region binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / endosomal transport / NRAGE signals death through JNK / intracellular vesicle / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / clathrin-coated pit / EPHB-mediated forward signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / recycling endosome / G alpha (12/13) signalling events / protein localization / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / lamellipodium / nuclear envelope / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / molecular adaptor activity / intracellular signal transduction / neuron projection / calcium ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. ...Intersectin-1, AP2 binding region / Intersectin and clathrin adaptor AP2 binding region / Pleckstrin homology domain / : / Cytoskeletal-regulatory complex EF hand / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / SH3 Domains / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / EF-hand, calcium binding motif / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / ACETATE ION / Intersectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.689 Å
データ登録者Driller, J.H. / Gerth, F. / Freund, C. / Wahl, M.C. / Loll, B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB958 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Exon Inclusion Modulates Conformational Plasticity and Autoinhibition of the Intersectin 1 SH3A Domain.
著者: Gerth, F. / Japel, M. / Sticht, J. / Kuropka, B. / Schmitt, X.J. / Driller, J.H. / Loll, B. / Wahl, M.C. / Pagel, K. / Haucke, V. / Freund, C.
履歴
登録2018年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_database_proc
改定 1.32019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intersectin-1
B: Intersectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5269
ポリマ－21,4662
非ポリマー1,0607
水3,045169
1
A: Intersectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2845
ポリマ－10,7331
非ポリマー5514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Intersectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2424
ポリマ－10,7331
非ポリマー5093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.792, 86.792, 141.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-902-

CL

21B-1029-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Intersectin-1 / SH3 domain-containing protein 1A / SH3P17


分子量: 10733.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITSN1, ITSN, SH3D1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15811

-
非ポリマー , 5種, 176分子

#2: 化合物 ChemComp-7PG / 2,5,8,11,14,17,20,23-OCTAOXAPENTACOSAN-25-OL / オクタエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 384.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36O9
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% (v/v) polyethylene glycol 550 mono-methyl ether, 100 mM MES-NaOH at pH 6.5, and 10 mM ZnSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.895 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.689→50 Å / Num. obs: 30662 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.689→1.79 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4848 / Rrim(I) all: 0.96 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.689→30.692 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1908 1533 5 %
Rwork0.1756 --
obs0.1763 30640 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.689→30.692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1049 0 25 169 1243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2451600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.101716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086156
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6886-1.74310.28051370.27922589X-RAY DIFFRACTION99
1.7431-1.80540.28881380.23832620X-RAY DIFFRACTION100
1.8054-1.87770.24631370.21482600X-RAY DIFFRACTION100
1.8777-1.96310.21351360.18812579X-RAY DIFFRACTION100
1.9631-2.06660.19711380.18262626X-RAY DIFFRACTION100
2.0666-2.1960.19341390.18312630X-RAY DIFFRACTION100
2.196-2.36550.19081380.16712638X-RAY DIFFRACTION100
2.3655-2.60350.181410.16982665X-RAY DIFFRACTION100
2.6035-2.97990.17681390.17972648X-RAY DIFFRACTION100
2.9799-3.75340.20031420.16562703X-RAY DIFFRACTION100
3.7534-30.69670.16131480.15762809X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.76391.1807-0.31592.70150.11182.6513-0.1061-0.0478-0.3527-0.0347-0.0009-0.05910.4008-0.10390.09030.256-0.01630.04870.1527-0.00350.167139.648325.910658.1821
22.45751.1064-0.1013.45080.03492.00090.02630.1003-0.0267-0.064-0.00410.38220.0371-0.0872-0.03330.1354-0.0134-0.01140.1332-0.03140.210929.871631.529835.4267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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