PDB-2p6j: Full-sequence computational design and solution structure of a th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p6j

タイトル

Full-sequence computational design and solution structure of a thermostable protein variant

要素

designed engrailed homeodomain variant UVF

キーワード

DE NOVO PROTEIN (De novo) /

HELIX-TURN-HELIX (ヘリックスターンヘリックス) /

COMPUTATIONAL PROTEIN DESIGN / ENGRAILED HOMEODOMAIN

機能・相同性

Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

unidentified (未定義)

手法

溶液NMR /

simulated annealing, distance geometry

データ登録者

Shah, P.S. / Hom, G.K. / Ross, S.A. / Lassila, J.K. / Crowhurst, K.A. / Mayo, S.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Full-sequence Computational Design and Solution Structure of a Thermostable Protein Variant.
著者: Shah, P.S. / Hom, G.K. / Ross, S.A. / Lassila, J.K. / Crowhurst, K.A. / Mayo, S.L.

履歴

登録	2007年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 999

sequence Full sequence was computationally designed. The sequence is not availabe in UniProt ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p6j.cif.gz	753.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p6j.ent.gz	637.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p6j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/2p6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/2p6j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6h5t-1 5tzf-7 2j7i-2 4rcb-d 2zdj-4 3a0j-1 1y2y-d 2r8d-d 6v2h-5 2cw1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: designed engrailed homeodomain variant UVF

6.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	43 / 100	structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	designed engrailed homeodomain variant UVF 分子量: 6605.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	aliphatic 3D 13C-separated NOESY
1	2	1	aromatic 3D 13C-separated NOESY
1	3	1	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Hydrogen bond restraints were derived from protection factors measured by H/D exchange. Torsion angle restraints were ...

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	Uniform (random) labeling with 13C, 15N: U-13C, U-15N, 95% H2O, 5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	Uniform (random) labeling with 15N: U-15N, 95% H2O, 5% D2O	95% H2O/5% D2O
3	Uniform (random) labeling with 13C, 15N: U-13C, U-15N, 100% D2O	100% D2O

試料状態

イオン強度: 50 mM sodium phosphate / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	varian	collection
NMRPipe		Delaglio, F. et al.	解析
NMRView	4	Johnson, B.A. et al.	データ解析
ARIA	1.2	Nilges, M. et al.	精密化
ARIA	1.2	Nilges, M. et al.	構造決定

精密化

手法:

simulated annealing, distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1321 restraints: 1245 are NOE-derived distance constraints, 57 are dihedral angle restraints and 19 distance restraints are from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 43

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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