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万見
- PDB-6h5h: A computationally designed dRP lyase domain reconstructed from tw... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h5h
タイトルA computationally designed dRP lyase domain reconstructed from two heterologous fragments
要素polb4
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Protein design / dRP lyase domain
機能・相同性DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing / NOESY back-calculation
データ登録者ElGamacy, M. / Coles, M. / Lupas, A.N.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Asymmetric protein design from conserved supersecondary structures.
著者: ElGamacy, M. / Coles, M. / Lupas, A.
履歴
登録2018年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: polb4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4431
ポリマ－13,4431
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4660 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)22 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 polb4


分子量: 13443.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic13D HNCO
122isotropic13D HNCA
132isotropic13D C(CO)NH
142isotropic13D H(CCO)NH
192isotropic13D CCH-TOCSY
151isotropic23D 15N-HSQC NOESY
162isotropic23D 13C-HSQC NOESY
172isotropic23D CNH-NOESY
181isotropic23D NNH-NOESY
1101isotropic22D 15N-filtered NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1500 uM [U-15N] polb4, 150 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution2500 uM [U-13C; U-15N] polb4, 150 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O13C,15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMpolb4[U-15N]1
150 mMpotassium phosphatenatural abundance1
500 uMpolb4[U-13C; U-15N]2
150 mMpotassium phosphatenatural abundance2
試料状態イオン強度: 0.15 M / Label: conditions_1 / pH: 7.1 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
SparkyGoddardデータ解析
X-PLORBrungerstructure calculation
ShineRiss, M. and Coles, M.精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
simulated annealing3
NOESY back-calculation4Structures justified against the input NOESY spectra
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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