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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h5e | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the GatD/MurT Enzyme Complex from Staphylococcus aureus with bound AMPPNP | |||||||||
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![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / cell wall biosynthesis / peptidoglycan / antibiotic resistance | |||||||||
機能・相同性 | ![]() lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolysing) / carbon-nitrogen ligase activity on lipid II / acid-amino acid ligase activity / glutaminase / cobalamin biosynthetic process / glutaminase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / zinc ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Noeldeke, E.R. / Niemann, V. / Stoerk, E. / Stehle, T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of cell wall peptidoglycan amidation by the GatD/MurT complex of Staphylococcus aureus. 著者: Noldeke, E.R. / Muckenfuss, L.M. / Niemann, V. / Muller, A. / Stork, E. / Zocher, G. / Schneider, T. / Stehle, T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 518.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 424.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 28539.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: N315 / 遺伝子: SA1707 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 49250.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: BTN44_02275, C3B39_12565, EP54_01845, EQ90_00760, HMPREF3211_01062 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 387分子 












#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-144 / | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.21 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.1 詳細: 100 mM Tris pH 9.1 350 mM MgCl2 18 % PEG 8000 13 % Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.139→50 Å / Num. obs: 82581 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 51.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/av σ(I): 19.36 / Net I/σ(I): 19.37 |
反射 シェル | 解像度: 2.139→2.216 Å / 冗長度: 12.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 8030 / CC1/2: 0.847 / Rpim(I) all: 0.661 / Rrim(I) all: 2.369 / % possible all: 97.95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6GS2 解像度: 2.139→49.075 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.32
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.139→49.075 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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