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- PDB-6h57: Crystal structure of S. cerevisiae DEAH-box RNA helicase Dhr1, es... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h57
タイトルCrystal structure of S. cerevisiae DEAH-box RNA helicase Dhr1, essential for small ribosomal subunit biogenesis
要素Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1
キーワードHYDROLASE / protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / helicase activity / ribosome biogenesis / RNA helicase activity / RNA helicase / nucleolus ...Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / helicase activity / ribosome biogenesis / RNA helicase activity / RNA helicase / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain ...: / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Roychowdhury, A. / Graille, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-14-CE09-0016-02 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: The DEAH-box RNA helicase Dhr1 contains a remarkable carboxyl terminal domain essential for small ribosomal subunit biogenesis.
著者: Roychowdhury, A. / Joret, C. / Bourgeois, G. / Heurgue-Hamard, V. / Lafontaine, D.L.J. / Graille, M.
履歴
登録2018年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,20620
ポリマ－145,1711
非ポリマー1,03519
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area38980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.314, 115.800, 157.479
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1 / DEAH box RNA helicase DHR1 / Extracellular mutant protein 16


分子量: 145171.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ECM16, DHR1, YMR128W, YM9553.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q04217, RNA helicase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M MgCl2; 0.1 M Tris pH 8.5 and 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.83 Å / Num. obs: 45887 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 47.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 157599
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.3-2.383.30.99545080.4760.6111.17698.6
8.91-48.833.20.0238390.9990.0140.02791.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.26データスケーリング
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KX2

3kx2


解像度: 2.3→48.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.288 / SU Rfree Blow DPI: 0.217 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.217
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2174 4.74 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 45851 96.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 128.35 Å2 / Biso mean: 45.2 Å2 / Biso min: 20.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5837 Å20 Å20 Å2
2--4.0767 Å20 Å2
3----9.6603 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→48.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6340 0 61 274 6675
Biso mean--53.25 41.21 -
残基数----795
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2348SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes154HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes927HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6538HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion855SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7516SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6538HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8800HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.97
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 149 4.4 %
Rwork0.23 3238 -
all0.232 3387 -
obs--98.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.0332 Å / Origin y: -12.7859 Å / Origin z: 28.1618 Å
111213212223313233
T-0.0993 Å2-0.0138 Å20.0176 Å2--0.0773 Å2-0.0186 Å2---0.0214 Å2
L0.2632 °2-0.114 °2-0.0059 °2-0.3913 °2-0.0541 °2--0.1666 °2
S0.037 Å °-0.0142 Å °0.0197 Å °-0.0044 Å °-0.0641 Å °-0.0381 Å °0.0088 Å °-0.0007 Å °0.0271 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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