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万見
- PDB-6h4d: Crystal structure of RsgA from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h4d
タイトルCrystal structure of RsgA from Pseudomonas aeruginosa
要素Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CpGTPase / Ribosome maturation factor / YjeQ
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Probable gtpase engc; domain 3 / Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Probable gtpase engc; domain 3 / Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Rocchio, S. / Santorelli, D. / Travaglini-Allocatelli, C. / Federici, L. / Di Matteo, A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional investigation of the Small Ribosomal Subunit Biogenesis GTPase A (RsgA) from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Rocchio, S. / Santorelli, D. / Rinaldo, S. / Franceschini, M. / Malatesta, F. / Imperi, F. / Federici, L. / Travaglini-Allocatelli, C. / Di Matteo, A.
履歴
登録2018年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6383
ポリマ－37,1291
非ポリマー5092
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area590 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.405, 146.405, 146.405
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA


分子量: 37129.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: rsgA, PA4952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HUL3, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.07 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% Polyacrylic acid 5100 sodium salt, 0.1 M Hepes pH 7.5, 5% PEG 200, 0.02 M Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.8 Å / Num. obs: 12464 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.2 % / Biso Wilson estimate: 86.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 20.4 / Num. measured all: 214545 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.9-3.0818.21.3953564919550.750.3341.4352.5100
8.7-48.815.50.04585955530.9990.0120.0476099.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2rcn

2rcn


解像度: 2.9→46.297 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2865 646 5.21 %
Rwork0.248 11765 -
obs0.25 12411 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 186.78 Å2 / Biso mean: 88.6613 Å2 / Biso min: 39.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→46.297 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2076 0 29 32 2137
Biso mean--75.31 78.83 -
残基数----274
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9742913
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.501791
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9004-3.12430.38821260.311222922418
3.1243-3.43860.36681360.281422842420
3.4386-3.93590.34211240.260523172441
3.9359-4.9580.28171300.22423572487
4.958-46.30320.23791300.241625152645
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.3231 Å / Origin y: -15.5124 Å / Origin z: 15.8311 Å
111213212223313233
T0.5346 Å2-0.0646 Å2-0.0381 Å2-0.3845 Å2-0.0308 Å2--0.5306 Å2
L1.5484 °2-0.6272 °2-0.7351 °2-2.353 °20.2385 °2--2.369 °2
S0.1349 Å °-0.0787 Å °-0.2026 Å °-0.0583 Å °-0.2055 Å °0.4681 Å °0.04 Å °0.0182 Å °0.0724 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA40 - 600
2X-RAY DIFFRACTION1allZ8 - 57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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