PDB-6h3p: Crystal structure of the cytoplasmic chorismate mutase from Zea mays

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h3p

タイトル

Crystal structure of the cytoplasmic chorismate mutase from Zea mays

要素

Chorismate mutase

キーワード

PLANT PROTEIN / Chorismate mutase / Zea mays

機能・相同性

機能・相同性情報

chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Altegoer, F. / Bange, G.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: A kiwellin disarms the metabolic activity of a secreted fungal virulence factor.
著者: Han, X. / Altegoer, F. / Steinchen, W. / Binnebesel, L. / Schuhmacher, J. / Glatter, T. / Giammarinaro, P.I. / Djamei, A. / Rensing, S.A. / Reissmann, S. / Kahmann, R. / Bange, G.

履歴

登録	2018年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h3p.cif.gz	207.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h3p.ent.gz	169.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h3p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h3p_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h3p_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	6h3p_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	6h3p_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/6h3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/6h3p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fpfC 6fpgC 6hjwC 3csmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1csm-d 4ljq-6 5w6y-d 2yfs-d 1np7-2 3m07-d 5w5o-8 5w5o-4 6sze-d 6b7o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chorismate mutase

B: Chorismate mutase

56.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.598, 162.598, 55.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Chorismate mutase 分子量: 28377.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B4FAF1, UniProt: B4FUP5*PLUS, chorismate mutase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.97 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodiumacetate, 24 % PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→45.77 Å / Num. obs: 23339 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.34 / Net I/σ(I): 7.26
反射シェル	解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 1.628 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 2321 / CC_1/2: 0.582 / % possible all: 99.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CSM

3csm

解像度: 2.7→45.76 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.58

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	1221	5.23 %
R_work	0.1843	-	-
obs	0.1868	23328	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3890	0	0	153	4043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3978
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	5400
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.957	2448
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	610
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.8081	0.3231	150	0.2589	2431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8081-2.9359	0.2655	124	0.2412	2432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9359-3.0907	0.2955	154	0.2355	2418	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0907-3.2842	0.2755	130	0.2103	2428	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2842-3.5377	0.2473	146	0.186	2415	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5377-3.8936	0.2126	110	0.1695	2483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8936-4.4566	0.2108	141	0.1474	2457	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4566-5.6134	0.2044	128	0.1582	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6134-46.9451	0.185	138	0.1783	2537	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8582	-0.2573	-0.6212	2.2108	-0.4142	1.1392	-0.2437	-0.1591	-0.1366	-0.1649	0.4707	0.1261	0.0642	-0.038	0.0433	0.1793	-0.1307	-0.0316	0.2362	-0.004	0.1942	103.2962	46.2732	81.1218
2	2.3866	-1.1344	0.5395	1.3869	0.2298	1.1829	0.044	0.2714	0.3212	-0.1817	-0.2213	-0.3181	-0.1281	0.0549	0.0815	0.2702	-0.05	0.0391	0.2448	0.0341	0.2345	110.7399	68.1592	74.8888
3	2.3061	-0.6901	0.9177	1.2026	0.0206	1.5516	0.2406	0.0371	-0.2292	0.1635	-0.1902	-0.6272	0.3447	0.2479	0.1076	0.348	-0.0259	-0.0136	0.3464	-0.0228	0.3717	122.7918	51.2338	77.0121
4	1.6964	-0.2856	0.241	1.8967	0.056	1.4225	-0.0976	0.1708	-0.0466	-0.2982	0.1938	-0.0814	-0.0976	-0.1075	0.0199	0.2293	-0.0626	0.0255	0.28	-0.002	0.2036	107.6159	53.1637	72.4703
5	2.2793	0.3202	-0.2065	1.0642	0.4776	1.4682	-0.0635	0.5027	-0.4438	-0.2098	0.1221	-0.1366	0.2642	-0.0009	0.0013	0.4176	-0.1155	-0.0054	0.3387	-0.0837	0.3825	102.7583	36.8597	66.4771
6	0.9487	-0.5082	0.6076	1.6702	-0.0315	0.4615	-0.0736	0.7531	0.0159	0.1916	0.3318	1.2044	1.136	-1.6231	0.0997	0.4425	-0.2582	0.0222	0.6279	0.001	0.4275	83.6685	51.0474	93.8156
7	2.3643	-0.9429	0.13	2.6376	0.8317	2.3122	-0.1049	0.7656	-0.3677	-0.2853	-0.076	0.1914	0.1764	-0.2032	0.0006	0.3445	-0.1434	-0.0427	0.3014	-0.0225	0.2215	102.123	46.4401	69.4962
8	0.8475	-0.1542	0.275	2.0382	-0.6806	0.6217	-0.0551	-0.1778	-0.0575	-0.0032	0.0312	-0.1687	0.0288	0.1716	-0.0315	0.2159	-0.0589	-0.0139	0.2791	-0.0296	0.14	111.1606	59.6032	93.0819
9	1.1199	-0.2449	-0.4106	1.3557	0.5595	1.5003	0.0745	0.0424	0.1425	-0.1389	0.0043	-0.0719	-0.2502	-0.0557	-0.0953	0.2483	-0.049	0.0226	0.304	0.0318	0.2329	108.4621	66.7902	96.2043
10	1.1265	0.4746	-0.0826	1.527	0.1251	1.5842	0.1442	-0.1714	0.0167	0.2498	-0.1347	0.1419	0.003	-0.0347	-0.0148	0.2033	-0.0294	0.0054	0.3139	0.0474	0.1858	97.1024	60.2351	105.7191

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 98 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 99 through 163 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 164 through 204 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 205 through 217 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 218 through 253 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 9 through 67 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 68 through 163 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 164 through 253 )

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新型コロナ情報

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