PDB-6h3h: Fab fragment of antibody against fullerene C60

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h3h

タイトル

Fab fragment of antibody against fullerene C60

要素

Anti-fullerene antibody Fab fragment Heavy chain
Anti-fullerene antibody Fab fragment Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY FAB FULLERENE C60

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Osipov, E.M. / Tikhonova, T.V.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Acta Naturae / 年: 2019
タイトル: Structure of the Anti-C60 Fullerene Antibody Fab Fragment: Structural Determinants of Fullerene Binding.
著者: Osipov, E.M. / Hendrickson, O.D. / Tikhonova, T.V. / Zherdev, A.V. / Solopova, O.N. / Sveshnikov, P.G. / Dzantiev, B.B. / Popov, V.O.

履歴

登録	2018年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h3h.cif.gz	184.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h3h.ent.gz	145.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h3h_validation.pdf.gz	473.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h3h_full_validation.pdf.gz	479.9 KB	表示
XML形式データ	6h3h_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	6h3h_validation.cif.gz	53 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/6h3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/6h3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mfbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3if1-2 5b4m-1 1y0l-3 5mub-1 6a9k-1 6u3z-1 6a9k-2 1y0l-2 5cip-1 4kzd-2 1ruq-d 6n16-2 6dwa-1 4x7s-d 4jfy-2 5k9j-d 2fgw-d 1t4k-1 5mv3-6 4s1d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Anti-fullerene antibody Fab fragment Heavy chain

B: Anti-fullerene antibody Fab fragment Light chain

C: Anti-fullerene antibody Fab fragment Heavy chain

D: Anti-fullerene antibody Fab fragment Light chain

ヘテロ分子

94.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Anti-fullerene antibody Fab fragment Heavy chain

B: Anti-fullerene antibody Fab fragment Light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Anti-fullerene antibody Fab fragment Heavy chain

D: Anti-fullerene antibody Fab fragment Light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.330, 138.180, 83.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Anti-fullerene antibody Fab fragment Heavy chain 分子量: 23775.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Spleen
#2: 抗体	Anti-fullerene antibody Fab fragment Light chain 分子量: 23129.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: SPLEEN
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25 % w/v PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: RAYONIX SX-165mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月27日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→28.83 Å / Num. obs: 69665 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.91→2.02 Å / 冗長度: 4.8 % / Num. unique obs: 10963 / CC_1/2: 0.83 / R_rim(I) all: 0.569 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS	v2014	データ削減
XSCALE	v2014	データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MFB

1mfb

解像度: 1.92→28.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 4.271 / SU ML: 0.119 / SU R Cruickshank DPI: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.149 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.149

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23354	3520	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18819	-	-	-
obs	0.19051	66144	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0 Å²	-0.23 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.92→28.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6491	0	54	456	7001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	6759
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.911	1.945	9256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.237	5.011	876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.691	24.174	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.547	15	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.392	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	5013
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.705	2.907	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.786	4.334	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.39	3.108	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.271	39.594	10059
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.915→1.965 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	254	-
R_work	0.277	4553	-
obs	-	-	94 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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