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万見
- PDB-6h2b: Structure of the Macrobrachium rosenbergii Nodavirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h2b
タイトルStructure of the Macrobrachium rosenbergii Nodavirus
要素Capsid protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Nodavirus / Capsid / Virion
機能・相同性Viral coat protein subunit / Capsid protein alpha
機能・相同性情報
生物種Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Ho, K.H. / Gabrielsen, M. / Beh, P.L. / Kueh, C.L. / Thong, Q.X. / Streetley, J. / Tan, W.S. / Bhella, D.
資金援助 英国, マレーシア, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UU_12014/7 英国
UPM GP-IPS/2016/9509400 マレーシア
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2018
タイトル: Structure of the Macrobrachium rosenbergii nodavirus: A new genus within the Nodaviridae?
著者: Kok Lian Ho / Mads Gabrielsen / Poay Ling Beh / Chare Li Kueh / Qiu Xian Thong / James Streetley / Wen Siang Tan / David Bhella /
要旨: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) is a pathogen of freshwater prawns that poses a threat to food security and causes significant economic losses in the aquaculture industries of many ...Macrobrachium rosenbergii nodavirus (MrNV) is a pathogen of freshwater prawns that poses a threat to food security and causes significant economic losses in the aquaculture industries of many developing nations. A detailed understanding of the MrNV virion structure will inform the development of strategies to control outbreaks. The MrNV capsid has also been engineered to display heterologous antigens, and thus knowledge of its atomic resolution structure will benefit efforts to develop tools based on this platform. Here, we present an atomic-resolution model of the MrNV capsid protein (CP), calculated by cryogenic electron microscopy (cryoEM) of MrNV virus-like particles (VLPs) produced in insect cells, and three-dimensional (3D) image reconstruction at 3.3 Å resolution. CryoEM of MrNV virions purified from infected freshwater prawn post-larvae yielded a 6.6 Å resolution structure, confirming the biological relevance of the VLP structure. Our data revealed that unlike other known nodavirus structures, which have been shown to assemble capsids having trimeric spikes, MrNV assembles a T = 3 capsid with dimeric spikes. We also found a number of surprising similarities between the MrNV capsid structure and that of the Tombusviridae: 1) an extensive network of N-terminal arms (NTAs) lines the capsid interior, forming long-range interactions to lace together asymmetric units; 2) the capsid shell is stabilised by 3 pairs of Ca2+ ions in each asymmetric unit; 3) the protruding spike domain exhibits a very similar fold to that seen in the spikes of the tombusviruses. These structural similarities raise questions concerning the taxonomic classification of MrNV.
履歴
登録2018年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0129
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0129
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,9319
ポリマ－124,6913
非ポリマー2406
水00
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,495,875540
ポリマ－7,481,447180
非ポリマー14,428360
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 625 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)624,65645
ポリマ－623,45415
非ポリマー1,20230
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 750 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)749,58854
ポリマ－748,14518
非ポリマー1,44336
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 41563.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス)
遺伝子: CP
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: X2FE19
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Macrobrachium rosenbergii nodavirus / タイプ: VIRUS / 詳細: Capsid protein was expressed in Sf9 cells / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Macrobrachium rosenbergii nodavirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Macrobrachium rosenbergii
ウイルス殻名称: Capsid / 直径: 400 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 100 mM NaCl pH 7.4
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: VLPs were deposited onto a continuous carbon film that had been floated onto a quantifoil holey carbon film (R2/2)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 47170 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 36 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2459
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 2-20

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4RELION2.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION2.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 60939 / 詳細: Automated particle picking in Relion 2.1
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40883 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: Standard Relion workflow for icosahedral particle. / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 140 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
詳細: Model built largely ab initio, following docking of a homology model based on PDB 4LLF. The homology model matched in two strands at residues - 104-135 and 232-243. This served as the ...詳細: Model built largely ab initio, following docking of a homology model based on PDB 4LLF. The homology model matched in two strands at residues - 104-135 and 232-243. This served as the starting point for manual model building. The model was then subjected to real space refinement using Phenix.
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00778004
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.843140750
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.81631614
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0596381
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00412283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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