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- PDB-6h0p: The structure of C100A mutant of Arabidopsis thaliana UDP-apiose/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h0p
タイトルThe structure of C100A mutant of Arabidopsis thaliana UDP-apiose/UDP-xylose synthase in complex with NADH and UDP-D-glucuronic acid
要素UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Enzyme catalysis / glycobiology / short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) / aldol cleavage / substrate-assisted reaction
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-sugar biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / cell wall organization / NAD binding / peroxisome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA-like, extended (e) SDRs / : / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID / UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Savino, S. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2019
タイトル: Deciphering the enzymatic mechanism of sugar ring contraction in UDP-apiose biosynthesis.
著者: Savino, S. / Borg, A.J.E. / Dennig, A. / Pfeiffer, M. / de Giorgi, F. / Weber, H. / Dubey, K.D. / Rovira, C. / Mattevi, A. / Nidetzky, B.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 1
B: UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8016
ポリマ－87,3132
非ポリマー2,4874
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.564, 144.564, 130.519
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 9999
2111B1 - 9999

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.784118, 0.620577, -0.006592), (0.620578, 0.784142, 0.002144), (0.006499, -0.002409, -0.999976)50.9014, -17.76119, -32.48728

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要素

#1: タンパク質 UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 1


分子量: 43656.684 Da / 分子数: 2 / 変異: C100A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AXS1, At2g27860, F15K20.4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZUY6
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-UGA / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID / UDP-GLUCURONIC ACID / UDP-グルクロン酸


分子量: 580.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N2O18P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 0.8 M sodium phosphate, 0.8 M potassium phosphate, and 0.1 M sodium-HEPES (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.47→48.44 Å / Num. obs: 20833 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 3.47→3.8 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4867 / CC1/2: 0.844 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H0N

6h0n


解像度: 3.47→48.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 63.427 / SU ML: 0.409 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.46 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23904 1073 5.2 %RANDOM
Rwork0.19589 ---
obs0.19806 19736 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 124.459 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.36 Å21.68 Å20 Å2
2--3.36 Å2-0 Å2
3----10.89 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.47→48.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5725 0 144 0 5869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0146011
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0175253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.231.6898222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3721.64912281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1315739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.34622.712295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.10115921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.661533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021089
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.02412.0832965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.02312.0832964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.59718.1453701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.59618.1463702
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.50112.3943046
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.512.3943046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.26618.4494522
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.05213415
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.02813412
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS数: 5402 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 10.16 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 3.468→3.558 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 82 -
Rwork0.36 1413 -
obs--98.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21990.23530.00460.2702-0.07080.55190.04870.00860.11790.07180.02470.1379-0.04490.0079-0.07330.07170.00770.03710.04690.00440.074113.0204-60.58852.1954
20.1830.10060.02510.38430.25020.7521-0.05770.15480.1293-0.03660.10310.0499-0.1024-0.0452-0.04540.0302-0.0336-0.0310.14390.11430.09623.5703-57.5468-34.2056
300000000000000-00.0635000.063500.0635000
400000000000000-00.0635000.063500.0635000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 800
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 800

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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