PDB-6h0c: Flv1 flavodiiron core from Synechocystis sp. PCC6803

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h0c

タイトル

Flv1 flavodiiron core from Synechocystis sp. PCC6803

要素

Putative diflavin flavoprotein A 3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavodiiron protein / non-canonical residues / cyanobacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / 酸化還元酵素 / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.592 Å

データ登録者

Borges, P.T. / Romao, C.V. / Saraiva, L. / Goncalves, V.L. / Carrondo, M.A. / Teixeira, M. / Frazao, C.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2019
タイトル: Analysis of a new flavodiiron core structural arrangement in Flv1-Delta FlR protein from Synechocystis sp. PCC6803.
著者: Borges, P.T. / Romao, C.V. / Saraiva, L.M. / Goncalves, V.L. / Carrondo, M.A. / Teixeira, M. / Frazao, C.

履歴

登録	2018年7月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h0c.cif.gz	178.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h0c.ent.gz	140.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h0dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4au9-2 2uvh-d 6foh-d 2bvf-1 1nt4-2 5ag1-1 3t01-d 3mzo-3 4qpa-1 3szz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (3)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (2)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (3)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
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イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative diflavin flavoprotein A 3

ヘテロ分子

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.878, 87.755, 70.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.94, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-746- HOH

#1: タンパク質	Putative diflavin flavoprotein A 3 分子量: 44484.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: dfa3, sll1521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P74373, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1 ul of protein at 15 mg/ml with 1 ul of 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 23-25% (v/v) PEG 4000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→57.23 Å / Num. obs: 58995 / % possible obs: 95.72 % / 冗長度: 2.6 % / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.59→1.7 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.592→57.225 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 18.83
詳細: THE REFINEMENT OF FLV1 FLAVODIIRON CORE FROM SYNECHOCYSTIS CONVERGED TO RWORK AND RFREE OF 0.153 AND 0.198, RESPECTIVELY, USING A RFREE TEST SET SIZE OF 1.50% (880 REFLECTIONS). THE FINAL ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.148	-	-
R_work	0.148	-	-
obs	0.148	58995	95.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.592→57.225 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3134	0	14	344	3492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3233
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.923	4396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.517	1175
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	491
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	578

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5916-1.6097	0.3398	1746	0.3398	1746	X-RAY DIFFRACTION	85
1.6097-1.6287	0.3161	1997	0.3161	1997	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6287-1.6485	0.3064	2016	0.3064	2016	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6485-1.6694	0.3044	1995	0.3044	1995	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6694-1.6914	0.2966	1952	0.2966	1952	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6914-1.7145	0.2869	2044	0.2869	2044	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7145-1.739	0.2733	1929	0.2733	1929	X-RAY DIFFRACTION	97
1.739-1.765	0.2724	1942	0.2724	1942	X-RAY DIFFRACTION	94
1.765-1.7926	0.251	1983	0.251	1983	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7926-1.822	0.2592	2022	0.2592	2022	X-RAY DIFFRACTION	98
1.822-1.8534	0.2633	1966	0.2633	1966	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8534-1.8871	0.2399	2010	0.2399	2010	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8871-1.9234	0.2221	2004	0.2221	2004	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9234-1.9626	0.2188	1990	0.2188	1990	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9626-2.0053	0.2041	1998	0.2041	1998	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0053-2.052	0.2081	1978	0.2081	1978	X-RAY DIFFRACTION	96
2.052-2.1033	0.1944	1928	0.1944	1928	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1033-2.1602	0.1904	1961	0.1904	1961	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1602-2.2237	0.1838	1974	0.1838	1974	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2237-2.2955	0.1786	1999	0.1786	1999	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2955-2.3775	0.178	1995	0.178	1995	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3775-2.4727	0.1681	1984	0.1681	1984	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4727-2.5853	0.1618	1987	0.1618	1987	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5853-2.7216	0.1547	1905	0.1547	1905	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7216-2.8921	0.1457	1967	0.1457	1967	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8921-3.1154	0.1348	2001	0.1348	2001	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1154-3.4289	0.112	1994	0.112	1994	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4289-3.9249	0.0974	1903	0.0974	1903	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9249-4.9446	0.0793	1914	0.0793	1914	X-RAY DIFFRACTION	93
4.9446-57.2622	0.1001	1911	0.1001	1911	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7656	0.3583	-0.1096	0.3195	-0.2927	0.8245	-0.1244	0.2639	-0.0053	-0.233	0.2749	-0.1203	0.1123	-0.0928	-0	0.2662	-0.0078	0.0067	0.3351	-0.0272	0.2077	14.5787	48.3194	33.3369
2	0.3373	0.3404	0.0718	0.4593	-0.1203	0.6363	-0.0771	0.1845	0.0464	0.0242	0.2815	-0.2569	-0.1149	0.0567	-0.0001	0.2234	0.0125	0.0216	0.2762	-0.047	0.32	20.8202	58.9909	39.8857
3	0.062	0.1697	0.1878	0.5511	0.5586	0.6761	-0.025	-0.1929	0.2038	0.2783	0.3849	-0.3072	0.0687	0.3882	0.0276	0.2185	0.0215	0.0126	0.35	-0.1625	0.5399	30.0111	57.6291	42.017
4	0.2529	-0.045	0.1642	0.2903	-0.2537	0.2984	-0.0207	-0.2879	0.1484	0.6125	0.166	-0.4772	-0.1923	0.2499	0.0431	0.3433	0.0385	-0.1246	0.3011	-0.1066	0.4293	27.4068	57.6585	53.0316
5	1.038	0.2827	-0.1124	0.9842	-0.3687	0.4363	-0.0422	0.0989	0.0211	0.154	0.1442	0.0259	-0.0377	-0.2215	-0.0001	0.2321	0.0662	-0.001	0.272	0.0027	0.2133	7.7576	51.5701	45.5973
6	0.1046	0.1017	0.12	0.2162	0.1145	0.1267	-0.0045	0.0855	0.0029	0.1128	0.0523	0.0636	0.0061	-0.3798	0	0.2471	0.0867	0.0354	0.3601	0.0138	0.225	2.3582	52.609	50.5642
7	0.1646	0.0143	0.1793	0.1742	-0.0309	0.1874	0.0641	-0.0124	0.1475	-0.1568	0.0027	0.0653	0.0778	-0.2442	-0.0001	0.176	0.0129	-0.0253	0.4148	-0.0025	0.267	-0.5863	49.7923	40.4621
8	0.4444	-0.5439	0.4218	0.636	-0.5807	1.2823	-0.0275	0.0015	0.0392	0.0268	-0.0037	-0.0564	0.1953	-0.0785	0	0.2414	-0.0126	0.0064	0.2136	-0.0138	0.2441	14.9901	33.0697	56.3719
9	0.4875	-0.205	0.0768	0.263	0.2767	0.6221	0.1449	-0.02	0.1569	0.0291	-0.0879	-0.1699	0.7275	0.083	0.0175	0.3565	0.0323	0.0113	0.2301	0.0121	0.286	22.2091	24.9445	59.6205
10	0.1575	0.0199	0.3586	0.7694	0.105	1.0138	0.1681	0.1637	-0.1957	-0.2072	-0.0715	-0.1219	0.8647	0.1993	0.0021	0.4628	0.0445	0.0015	0.2342	-0.0328	0.2969	19.9821	21.8644	51.8213

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 28:60)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 61:114)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 115:123)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 124:154)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 155:234)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 235:253)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 254:268)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 269:355)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 356:377)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 378:428)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)