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万見
- PDB-6gzr: Solution NMR structure of the tetramethylrhodamine (TMR) aptamer ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gzr
タイトルSolution NMR structure of the tetramethylrhodamine (TMR) aptamer 3 in complex with 5-TAMRA
要素tetramethylrhodamine aptamer
キーワードRNA / RNA Aptamer / RNA-Ligand complex / three-way junction
機能・相同性5-carboxy methylrhodamine / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Duchardt-Ferner, E. / Ohlenschlager, O. / Kreutz, C.R. / Wohnert, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 902 ドイツ
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structure of an RNA aptamer in complex with the fluorophore tetramethylrhodamine.
著者: Duchardt-Ferner, E. / Juen, M. / Bourgeois, B. / Madl, T. / Kreutz, C. / Ohlenschlager, O. / Wohnert, J.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2017
タイトル: NMR resonance assignments for the tetramethylrhodamine binding RNA aptamer 3 in complex with the ligand 5-carboxy-tetramethylrhodamine.
著者: Duchardt-Ferner, E. / Juen, M. / Kreutz, C. / Wohnert, J.
履歴
登録2018年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tetramethylrhodamine aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9262
ポリマ－15,4941
非ポリマー4311
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Fluorescence spectroscopy NMR titrations
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8400 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: RNA鎖 tetramethylrhodamine aptamer


分子量: 15494.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: aptamer from SELEX / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)
#2: 化合物 ChemComp-FH8 / 5-carboxy methylrhodamine / N,N-ジメチル-6-(ジメチルアミノ)-9-(2,4-ジカルボキシラトフェニル)-3H-キサンテン-3-イリデンイミ(以下略)


分子量: 431.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H23N2O5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic3NOESY
222isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
232isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
2139isotropic23D f1-13C,15N filtered 1H,13C NOESYHSQC
248isotropic23D f1-13C,15N filtered 1H,13C NOESYHSQC
256isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
295isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
287isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
272isotropic1f1,f2 filtered NOESY
2103isotropic2HNN-COSY
2113isotropic2SELLR HNN-COSY
2123isotropic2Amino HNN-COSY
1143isotropic215N-1H CPMG-NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.2 mM unlabeled TMR3_48nt, 1.4 mM unlabeled 5-TAMRA, 95% H2O/5% D2Ounlabeled_sample95% H2O/5% D2O
solution21.2 mM [U-13C; U-15N] TMR3_48nt, 1.4 mM unlabeled 5-TAMRA, 95% H2O/5% D2O13C-15N_sample_H2O95% H2O/5% D2O
solution31.2 mM [U-15N] TMR3_48nt, 1.4 mM unlabeled 5-TAMRA, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
solution41.2 mM [U-13C; U-15N]-Ade,Cyt TMR3_48nt, 1.4 mM unlabeled 5-TAMRA, 95% H2O/5% D2OA,C-13C-15N_sample_H2O95% H2O/5% D2O
solution51.2 mM [U-13C; U-15N]-Gua,Ura TMR3_48nt, 1.4 mM unlabeled 5-TAMRA, 95% H2O/5% D2OG,U-13C-15N_sample_H2O95% H2O/5% D2O
solution61.2 mM [U-13C; U-15N]-Ade,Cyt TMR3_48nt, 1.4 mM unlabeled 5-TAMRA, 100% D2OA,C-13C-15N_sample_D2O100% D2O
solution71.2 mM [U-13C; U-15N]-Gua,Ura TMR3_48nt, 1.4 mM unlabeled 5-TAMRA, 100% D2OG,U-13C-15N_sample_D2O100% D2O
solution81.2 mM [U-13C; U-15N]-Ade TMR3_48nt, 1.4 mM unlabeled 5-TAMRA, 95% H2O/5% D2OA-13C-15N-sample_H2O95% H2O/5% D2O
solution91.2 mM [U-13C; U-15N] TMR3_48nt, 1.4 mM unlabeled 5-TAMRA, 100% D2O13C-15N_sample_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMTMR3_48ntunlabeled1
1.4 mM5-TAMRAunlabeled1
1.2 mMTMR3_48nt[U-13C; U-15N]2
1.4 mM5-TAMRAunlabeled2
1.2 mMTMR3_48nt[U-15N]3
1.4 mM5-TAMRAunlabeled3
1.2 mMTMR3_48nt[U-13C; U-15N]-Ade,Cyt4
1.4 mM5-TAMRAunlabeled4
1.2 mMTMR3_48nt[U-13C; U-15N]-Gua,Ura5
1.4 mM5-TAMRAunlabeled5
1.2 mMTMR3_48nt[U-13C; U-15N]-Ade,Cyt6
1.4 mM5-TAMRAunlabeled6
1.2 mMTMR3_48nt[U-13C; U-15N]-Gua,Ura7
1.4 mM5-TAMRAunlabeled7
1.2 mMTMR3_48nt[U-13C; U-15N]-Ade8
1.4 mM5-TAMRAunlabeled8
1.2 mMTMR3_48nt[U-13C; U-15N]9
1.4 mM5-TAMRAunlabeled9
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1130 mM K-Glutamate, 15 mM mMGlutamate buffer 283K7.5 1 bar283 K
2130 mM K-Glutamate, 15 mM NaCl mMGlutamate buffer 298 K7.5 1 bar298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001Cryogenic H,C,N triple resonance probe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002Cryogenic H,C,N triple resonance probe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9503Cryogenic H,C,N triple resonance probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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