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- PDB-5kh8: Solution structures of the apo state fluoride riboswitch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kh8
タイトルSolution structures of the apo state fluoride riboswitch
要素riboswitch (47-MER)
キーワードRNA / apo state / pseudoknot / riboswitch aptamer / transcriptional regulation
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR
データ登録者Zhang, Q. / Zhao, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM114432 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: An excited state underlies gene regulation of a transcriptional riboswitch.
著者: Zhao, B. / Guffy, S.L. / Williams, B. / Zhang, Q.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: riboswitch (47-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0541
ポリマ－15,0541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: RNA鎖 riboswitch (47-MER)


分子量: 15053.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
211isotropic12D 1H-1H NOESY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
132isotropic12D 1H-1H TOCSY
243isotropic12D 1H-15N HSQC
253isotropic12D 1H-13C HSQC
174isotropic12D 1H-13C HSQC
165isotropic12D 1H-13C HSQC
196isotropic12D 1H-13C HSQC
185isotropic12D (H)CCH COSY
1106isotropic12D (H)CCH COSY
1145isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1136isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1125isotropic231P spin-echo
1116isotropic231P spin-echo
1165isotropic2CH-(H)CCH spin-echo
1186isotropic2CH-(H)CCH spin-echo
1173anisotropic12D 1H-15N HSQC
1153anisotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM RNA (47mer), 10 mM magnesium chloride, 10 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 95% H2O/5% D2OUnlabeled H2O95% H2O/5% D2O
solution21.0 mM RNA (47mer), 10 mM magnesium chloride, 10 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 100% D2OUnlabeled D2O100% D2O
solution31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (47mer), 10 mM magnesium chloride, 10 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 95% H2O/5% D2OFully labeled H2O95% H2O/5% D2O
solution41.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (47mer), 10 mM magnesium chloride, 10 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 100% D2OFully labeled D2O100% D2O
solution51.0 mM [U-13C; U-15N]-Gua RNA (47mer), 10 mM magnesium chloride, 10 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 100% D2OG labeled D2O100% D2O
solution61.0 mM [U-13C; U-15N]-Ade ;[U-13C; U-15N]-Ura RNA (47mer), 10 mM magnesium chloride, 10 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 50 uM EDTA, 100% D2OAU labeled D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMRNA (47mer)natural abundance1
10 mMmagnesium chloridenatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMpotassium chloridenatural abundance1
50 uMEDTAnatural abundance1
1.0 mMRNA (47mer)natural abundance2
10 mMmagnesium chloridenatural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMpotassium chloridenatural abundance2
50 uMEDTAnatural abundance2
1.0 mMRNA (47mer)[U-100% 13C; U-100% 15N]3
10 mMmagnesium chloridenatural abundance3
10 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMpotassium chloridenatural abundance3
50 uMEDTAnatural abundance3
1.0 mMRNA (47mer)[U-100% 13C; U-100% 15N]4
10 mMmagnesium chloridenatural abundance4
10 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMpotassium chloridenatural abundance4
50 uMEDTAnatural abundance4
1.0 mMRNA (47mer)[U-13C; U-15N]-Gua5
10 mMmagnesium chloridenatural abundance5
10 mMsodium phosphatenatural abundance5
50 mMpotassium chloridenatural abundance5
50 uMEDTAnatural abundance5
1.0 mMRNA (47mer)[U-13C; U-15N]-Ade ;[U-13C; U-15N]-Ura6
10 mMmagnesium chloridenatural abundance6
10 mMsodium phosphatenatural abundance6
50 mMpotassium chloridenatural abundance6
50 uMEDTAnatural abundance6
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
180 mM303K6.4 ambient atm303 K
280 mM283K6.4 ambient atm283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
TopSpin3.2Bruker Biospinデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
Sparky3.11Goddardデータ解析
Sparky3.11Goddardpeak picking
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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