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- PDB-6gzm: Crystal Structure of Human CKIdelta with A86 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gzm
タイトルCrystal Structure of Human CKIdelta with A86
要素Casein kinase I isoform delta
キーワードTRANSFERASE / CDK9 / kinase inhibitor / A86
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / tau-protein kinase / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport ...positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / tau-protein kinase / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport / tau-protein kinase activity / Golgi organization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spindle assembly / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / spindle microtubule / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / spindle / Wnt signaling pathway / endocytosis / : / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / actin cytoskeleton / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cilium / ciliary basal body / cadherin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-LCI / Casein kinase I isoform delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Ben-neriah, Y. / Venkatachalam, A. / Minzel, W. / Fink, A. / Snir-Alkalay, I. / Vacca, J.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Small Molecules Co-targeting CKI alpha and the Transcriptional Kinases CDK7/9 Control AML in Preclinical Models.
著者: Minzel, W. / Venkatachalam, A. / Fink, A. / Hung, E. / Brachya, G. / Burstain, I. / Shaham, M. / Rivlin, A. / Omer, I. / Zinger, A. / Elias, S. / Winter, E. / Erdman, P.E. / Sullivan, R.W. / ...著者: Minzel, W. / Venkatachalam, A. / Fink, A. / Hung, E. / Brachya, G. / Burstain, I. / Shaham, M. / Rivlin, A. / Omer, I. / Zinger, A. / Elias, S. / Winter, E. / Erdman, P.E. / Sullivan, R.W. / Fung, L. / Mercurio, F. / Li, D. / Vacca, J. / Kaushansky, N. / Shlush, L. / Oren, M. / Levine, R. / Pikarsky, E. / Snir-Alkalay, I. / Ben-Neriah, Y.
履歴
登録2018年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase I isoform delta
B: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8739
ポリマ－68,6212
非ポリマー1,2517
水14,988832
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area27050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.232, 73.659, 89.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase I isoform delta / CKId / Tau-protein kinase CSNK1D


分子量: 34310.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK1D, HCKID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P48730, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-LCI / [4-[[4-[5-(cyclopropylmethyl)-1-methyl-pyrazol-4-yl]-5-fluoranyl-pyrimidin-2-yl]amino]cyclohexyl]azanium


分子量: 345.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H26FN6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The construct used for crystallization was that of the wild type protein with the mutation R13N. Crystals of CK1d in complex with A-86 were obtained using hanging drop vapour diffusion set- ...詳細: The construct used for crystallization was that of the wild type protein with the mutation R13N. Crystals of CK1d in complex with A-86 were obtained using hanging drop vapour diffusion set-ups. CK1d at a concentration of 13.6 mg/ml (50 mM HEPES, 266 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 5 mM B-OG, pH 7.5) was pre-incubated with 2 mM (5.1-fold molar excess) of A-86 (150 mM in DMSO) for 1 h. 1 ul of the protein solution was then mixed with 1 ul of reservoir solution (0.1 M Na3-Citrate, pH 4.9, 18 %(w/v) PEG 3350) and equilibrated at 20 C over 0.4 ml of reservoir solution. Well diffracting crystals appeared over night

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データ収集

回折平均測定温度: 110.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→29.19 Å / Num. obs: 80180 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.4 % / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique obs: 11624 / Rrim(I) all: 0.57 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3uyt

3uyt


解像度: 1.59→29.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.08 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24976 3911 4.9 %RANDOM
Rwork0.18869 ---
obs0.19153 75238 95.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å2-0.39 Å2
2--2.91 Å2-0 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.59→29.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4788 0 87 832 5707
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9857256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.985311702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1795649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78622.677254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52415977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6341546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021201
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7672.5042503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7672.5042504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8383.7533136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8373.7523137
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5132.8332871
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5122.8332872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2514.0964095
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.40332.3226660
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.76430.7446338
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.631 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 286 -
Rwork0.284 5512 -
obs--95.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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